白蛉的數(shù)值分類和基于DNA條形碼的分子系統(tǒng)學(xué)研究
發(fā)布時(shí)間:2018-02-25 18:32
本文關(guān)鍵詞: 白蛉亞科 白蛉 生物系統(tǒng)學(xué) 數(shù)值分類 聚類分析 分子系統(tǒng)學(xué) DNA條形碼 COI 出處:《暨南大學(xué)》2010年碩士論文 論文類型:學(xué)位論文
【摘要】: 【目的】 對(duì)中國(guó)白蛉進(jìn)行數(shù)值分類研究,探索種間分類關(guān)系;并通過(guò)分子系統(tǒng)學(xué)分析探討DNA條形碼用于白蛉種類鑒定的有效性及系統(tǒng)發(fā)育探索的可行性;綜合傳統(tǒng)分類學(xué)、數(shù)值分類及DNA條形碼的分子系統(tǒng)學(xué),以期補(bǔ)充完善白蛉系統(tǒng)學(xué)。 【方法】 1.采用選取中國(guó)白蛉40個(gè)種作為分類單元、68項(xiàng)形態(tài)特征為分類指標(biāo),通過(guò)SPSS15.0軟件進(jìn)行系統(tǒng)聚類分析,用樹狀圖輸出結(jié)果。 2.選點(diǎn)采集白蛉標(biāo)本;以傳統(tǒng)分類方法進(jìn)行種類鑒定;進(jìn)行COI序列擴(kuò)增及測(cè)序;測(cè)序結(jié)果通過(guò)BioEdit軟件進(jìn)行手工校對(duì),用DNAstar中的Seqman進(jìn)行序列拼接,經(jīng)在NCBI中Blast相似性搜索,確保為目標(biāo)序列:最后用MEGA v4.1軟件自帶的Clustal W程序進(jìn)行序列比對(duì),并進(jìn)行序列組成分析、遺傳距離計(jì)算和分子系統(tǒng)樹的構(gòu)建。 【結(jié)果】 1.聚類分析結(jié)果與傳統(tǒng)分類中的屬級(jí)分類及白蛉屬的亞屬級(jí)分類情況完全吻合,顯示出分類穩(wěn)定性較強(qiáng);而在司蛉屬內(nèi)對(duì)個(gè)別蛉種分類地位給予了一些啟示:應(yīng)氏司蛉、馬來(lái)司蛉、南京司蛉、蘭洲司蛉和吐魯番司蛉可能居于亞屬水平的一個(gè)多種亞屬或組的位置;歌樂(lè)山司蛉、方亮司蛉、云南司蛉和尼克組,則可能占據(jù)著一個(gè)新的屬級(jí)階元的位置。 2.筠連秦蛉、冷氏白蛉、云勝白蛉、鱗喙司蛉標(biāo)本的COI序列長(zhǎng)度包括引物序列在內(nèi)皆為709bp,堿基使用頻率有明顯的A、T偏向性;平均轉(zhuǎn)換顛換比為39/34=1.14;種內(nèi)距離平均為0.0094,遠(yuǎn)小于種間距離平均值0.1590;基于鄰接法(NJ)、最小進(jìn)化法(ME)、最大簡(jiǎn)約法(MP)、非加權(quán)組平均法(UPGMA)構(gòu)建的分子系統(tǒng)樹顯示各蛉種皆形成高支持率的單系,并具有穩(wěn)定的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu),支持傳統(tǒng)分類結(jié)果。 【結(jié)論】 數(shù)值分類結(jié)果與傳統(tǒng)分類大體一致,驗(yàn)證了傳統(tǒng)分類的可靠性,并揭示了司蛉屬中一些蛉種不確定分類問(wèn)題;COI序列的遺傳距離和分子系統(tǒng)樹分析結(jié)果顯示DNA條形碼能夠很好的對(duì)白蛉進(jìn)行物種識(shí)別和系統(tǒng)發(fā)育探索,構(gòu)建綜合多方位資料的白蛉DNA條形碼數(shù)據(jù)庫(kù)系統(tǒng)具有可行性和重要意義。
[Abstract]:[Objective]
Study on numerical classification of Chinese sandflies, explore interspecific relationship and classification; through molecular phylogenetic analysis of DNA barcode for development effectiveness and feasibility of system identification of the species of sandflies; integrated traditional taxonomy, molecular system of numerical taxonomy and DNA bar code, in order to complement the sandfly system.
[method]
The 1. selected 40 species as China sandfly taxa and 68 morphological characteristics as the classification index, cluster analysis was carried out by SPSS15.0 software, using the tree output.
Collect samples of 2. selected sandfly species identification; in the traditional classification method; COI sequence amplification and sequencing; sequencing results by BioEdit software for manual proofreading of sequence in DNAstar Seqman Blast, the similarity in NCBI search, ensure the target sequence: finally MEGA v4.1 software Clustal W program sequences and sequence analysis, construction of genetic distance calculation and molecular phylogenetic tree.
[results]
1. cluster analysis of subgenus classification classification and genus Phlebotomus results with the traditional classification in the genus completely consistent, showing strong stability and classification; in the genus sergentomyia in individual species classification status has given some enlightenment: Yings sergentomyia, Malaysia sergentomyia, Nanjing sergentomyia, Lan Zhou sergentomyia and Turpan sergentomyia may reside in a variety of subgenus or groups and the location of the subgenus level; Geleshan sergentomyia, Fang Liang sergentomyia, Yunnan sergentomyia and Nicky group, is likely to occupy a new genus level position.
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本文編號(hào):1534679
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