本文關(guān)鍵詞：我國部分地區(qū)HIV-1毒株的分離培養(yǎng)與基因序列特征研究　出處：《中國人民解放軍軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院》2008年碩士論文　論文類型：學(xué)位論文

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【摘要】： 分離我國流行的HIV毒株并進(jìn)行相關(guān)基因序列特征的分析是建立我國HIV毒種庫,認(rèn)識我國HIV的生物學(xué)特征、分析其流行和變異重組規(guī)律的重要基礎(chǔ);全基因組的序列測定有助于闡明毒株的進(jìn)化特征,可以為有關(guān)病毒流行特征等方面的研究提供一個完整、清楚的遺傳學(xué)和分子生物學(xué)背景。本研究首先對我國部分地區(qū)流行的HIV-1毒株進(jìn)行分離培養(yǎng),對其中的部分毒株進(jìn)行了gag, pol, env基因特征進(jìn)行分析,對2株病毒進(jìn)行了全基因組序列測定和研究。 目的分離我國部分地區(qū)流行的HIV-1毒株,了解分離毒株的生物學(xué)及基因序列特征。 方法用外周血單核細(xì)胞(PBMCs)體外共培養(yǎng)的方法從我國HIV-1感染者中分離原代HIV-1毒株,分析毒株的體外生長動力學(xué)特征和融合誘導(dǎo)性。提取病毒基因組RNA,反轉(zhuǎn)錄PCR擴(kuò)增病毒的gag,pol,env區(qū)基因并進(jìn)行序列測定,使用軟件Clustal,BioEdit version,MEGA3.1對基因序列特征進(jìn)行分析。提取NX2、SH52兩個HIV-1毒株的前病毒基因組DNA,套式PCR方法擴(kuò)增全長基因組并分段測序,使用SimPlot軟件進(jìn)行基因序列重組分析。 結(jié)果將本室凍存的67株初步分離呈陽性反應(yīng)的毒株復(fù)蘇傳代,得到37株穩(wěn)定傳代的病毒;從5個省市的270名HIV-1感染者外周血中分離出58株HIV-1原代毒株。分離株的體外生長動力學(xué)呈現(xiàn)快/高、慢/高、慢/低三種類型。病毒載量越高分離的陽性率(HC=78.959,χ~2_((1)0.01)=6.63.P0.01)越高、同時病毒分離株呈快高型生長的比例增大。 52株分離株的序列呈現(xiàn)B(歐美B、泰國B’)、CRF01_AE重組、CRF_BC重組和G 4種亞型;以B亞型分布最廣,CRF01_AE重組株主要分布在廣西,上海發(fā)現(xiàn)G亞型病毒。V3環(huán)頂端四肽GPGR廣泛的分布于B亞型和CRF_AE亞型中。CRF01_AE亞型毒株的V3環(huán)平均凈電荷數(shù)略高于B亞型;基因離散率分析顯示,env基因離散率遠(yuǎn)高于gag和pol基因;CRF01_AE亞型病毒pol和env區(qū)基因離散率均在三種亞型中最高。表型預(yù)測顯示多數(shù)為利用CCR5輔助受體、M嗜性的毒株。 擴(kuò)增得到NX2 08BC重組亞型和SH52 G亞型全長基因組序列。NX2 CRF08_BC重組亞型在3個位置發(fā)生重組,分別位于gag,pol和nef區(qū),重組位點位于1000nt,2600nt和9200nt。 結(jié)論傳代分離出我國部分地區(qū)的HIV-1流行毒株95株;毒株呈現(xiàn)多種體外復(fù)制動力學(xué)特征,并與血漿HIV-1病毒載量水平相關(guān);毒株呈現(xiàn)多種亞型(B、CRF01_AE重組、CRF_BC和G),在不同傳播途徑和地區(qū)具有不同的分布;env基因離散率遠(yuǎn)高于gag和pol基因, HIV-1毒株多數(shù)是不致細(xì)胞病變的M嗜性、NSI表型;V3環(huán)序列變化較大。得到2株HIV-1毒株的全長基因組序列,亞型分別為CRF08_BC和G亞型。
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【學(xué)位授予單位】：中國人民解放軍軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2008
【分類號】：R373

【參考文獻(xiàn)】

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本文編號：1348108