本文關(guān)鍵詞：多位點序列分型技術(shù)在揭示隱孢子蟲和賈第蟲傳播特征中的應(yīng)用

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【摘要】：隱孢子蟲(Cryptosporidium)和賈第蟲(Giardia)是能夠在人類和多種脊椎動物中進行共患傳播的重要寄生蟲,常常導(dǎo)致腹瀉癥狀,嚴(yán)重危害著人類和動物的健康。由這兩種寄生蟲引發(fā)的寄生蟲病曾在世界的多個國家和地區(qū)暴發(fā)流行,因此隱孢子蟲病和賈第蟲病已然成為重要的世界性公共衛(wèi)生安全問題。多位點序列分型技術(shù)(MLST)由于可從多個位點分析亞型的遺傳特征,因此被廣泛用于群體遺傳結(jié)構(gòu)和亞型傳播動態(tài)的分析。然而,目前采用MLST技術(shù)對這兩種寄生蟲在易感兒童,尤其是福利機構(gòu)中的流行傳播情況卻報道較少,并且人們對于重要的人獸共患蟲種-火雞隱孢子蟲(C meleagridis)的研究也相對較少,對于它的群體遺傳結(jié)構(gòu)類型以及能否跨種傳播的信息了解不多。 本課題采集了62份來自兒童、艾滋病病人和鳥類的C. meleagridis樣本用于進行群體遺傳學(xué)分析。首先基于SSU rRNA基因使用PCR-RFLP結(jié)合測序確定這些樣本的蟲種,并采用MLST技術(shù)對gp60、 CP47、 MSC6-5、RPGR、 TSP8等5個多態(tài)性位點進行遺傳多樣性及群體遺傳結(jié)構(gòu)的研究。在gp60、 RPGR、 MSC6-5、 TSP8、 CP47這5個基因位點分別發(fā)現(xiàn)了8個、3個、3個、2個和1個獨特的基因亞型,并且所有基因位點間呈現(xiàn)完全的連鎖不平衡。所得到的亞型被分為兩個組,大多數(shù)位于組1,并且在組1內(nèi)的亞型無明顯的群體分化,屬于組1的14個MLST基因型中有2個在艾滋病病人和鳥類中均被發(fā)現(xiàn)。這些實驗結(jié)果首次闡釋了C. meleagridis為克隆性群體遺傳結(jié)構(gòu)類型,并提供了C. meleagridis可以在人類和鳥類之間發(fā)生跨種傳播的證據(jù)。 本課題還采集了396份福利院兒童的樣本,對樣品中隱孢子蟲和賈第蟲進行檢測,基于SSU rRNA基因?qū)﹄[孢子蟲的陽性率進行判斷,進一步采用MLST技術(shù)在gp60、CP47、 CP56、 MSC6-7、 RPGR、 hsp70和DZ-HRGP這7個多態(tài)性位點進行隱孢子蟲的亞型多樣性分析�；趖pi、 bg和gdh三個基因位點,采用MLST技術(shù)對賈第蟲的陽性率和亞型多樣性進行分析。發(fā)現(xiàn)這兩種寄生蟲的陽性率分別為9.85%(39/396)和30.30%(120/396)。通過對蟲種/基因型的分析發(fā)現(xiàn),隱孢子蟲和賈第蟲均為單一亞型,其中隱孢子蟲為人隱孢子蟲(C. hominis)蟲種的IaA14R4亞型,賈第蟲為藍氏賈第蟲(G. duodenalis)的A2基因型。進一步采用MLST技術(shù)進行亞型分析,發(fā)現(xiàn)有16個C. hominis樣本被分成了2個亞型,其中有15個樣本的亞型信息完全一致,只有1個樣本在hsp70基因位點中發(fā)生了1個點突變；120個賈第蟲樣本被分成了3個亞型,其中屬于AII-1基因型的有83個,AII-8基因型的有33個,AII-13基因型的有4個。AII-1基因型在3批樣本中均為優(yōu)勢亞型,AII-8基因型僅在第1批和第3批樣本中被發(fā)現(xiàn),而AII-13基因型僅在第1批樣本中被發(fā)現(xiàn)。這些基因型的分布特點說明了在該福利院中存在著多個賈第蟲的來源,并且AlI-1基因型在該福利院中呈現(xiàn)出較為穩(wěn)定的傳播態(tài)勢。結(jié)合兩種寄生蟲較高的感染率、感染蟲種/基因型單一以及被感染兒童年齡分布等特點,推斷在該福利院中存在隱孢子蟲和賈第蟲暴發(fā)的情況。 以上研究結(jié)果對于闡明C. meleagridis的人獸共患性以及兒童感染隱孢子蟲和賈第蟲的流行特征具有重要意義,對于推動多位點序列分型技術(shù)在隱孢子蟲和賈第蟲傳播研究中的應(yīng)用具有積極作用。
【關(guān)鍵詞】：隱孢子蟲 賈第蟲 多位點序列分型 易感人群
【學(xué)位授予單位】：華東理工大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2014
【分類號】：R38
【目錄】：

• 摘要5-7
• Abstract7-12
• 第1章 緒論12-29
• 1.1 前言12
• 1.2 隱孢子蟲和賈第蟲概述12-21
• 1.2.1 隱孢子蟲概述12-17
• 1.2.2 賈第蟲概述17-21
• 1.3 隱孢子蟲和賈第蟲的致病特點及流行分布21-22
• 1.3.1 隱孢子蟲的致病特點21
• 1.3.2 隱孢子蟲的流行分布21-22
• 1.3.3 賈第蟲的致病特點22
• 1.3.4 賈第蟲的流行分布22
• 1.4 隱孢子蟲和賈第蟲的傳播途徑22-24
• 1.4.1 隱孢子蟲的傳播途徑22-23
• 1.4.2 賈第蟲的傳播途徑23-24
• 1.5 常用基因分型技術(shù)在隱孢子蟲和賈第蟲基因分型中的應(yīng)用24-27
• 1.5.1 PCR限制性酶切分型技術(shù)(PCR-RFLP)24-25
• 1.5.2 PCR-DNA測序分析技術(shù)25
• 1.5.3 Real-time PCR分析技術(shù)25-26
• 1.5.4 多位點分型技術(shù)(MLT)26
• 1.5.5 多位點序列分型技術(shù)(MLST)26-27
• 1.6 本研究的主要內(nèi)容及意義27-29
• 第2章 火雞隱孢子蟲群體遺傳結(jié)構(gòu)的調(diào)查分析29-52
• 2.1 引言29-30
• 2.2 實驗材料30-31
• 2.2.1 實驗樣品來源及采集方法30
• 2.2.2 實驗儀器30
• 2.2.3 實驗試劑30-31
• 2.3 實驗方法31-37
• 2.3.1 實驗樣本DNA的提取31-32
• 2.3.2 隱孢子蟲蟲種/基因型的鑒定32-35
• 2.3.3 PCR產(chǎn)物的DNA測序及分析35
• 2.3.4 C.meleagridis的群體結(jié)構(gòu)分析35-37
• 2.4 實驗結(jié)果37-49
• 2.4.1 隱孢子蟲的蟲種鑒定37-38
• 2.4.2 MLST PCR結(jié)果分析38
• 2.4.3 C.meleagridis的gp60亞型及多態(tài)性分析38-41
• 2.4.4 基因內(nèi)的遺傳多樣性分析41-43
• 2.4.5 基于等位基因型分布的多位點分析43-47
• 2.4.6 群體亞結(jié)構(gòu)分析47-49
• 2.5 討論49-51
• 2.6 本章小結(jié)51-52
• 第3章 福利院兒童中隱孢子蟲和賈第蟲的流行分布調(diào)查52-66
• 3.1 引言52
• 3.2 實驗材料52-53
• 3.2.1 實驗樣品來源及采集方法52-53
• 3.2.2 實驗儀器53
• 3.2.3 實驗試劑53
• 3.3 實驗方法53-56
• 3.3.1 實驗樣本DNA的提取53
• 3.3.2 隱孢子蟲蟲種/基因型和基因亞型的鑒定53-54
• 3.3.3 隱孢子蟲的多位點序列分析54-55
• 3.3.4 賈第蟲的檢測及分型55-56
• 3.3.5 統(tǒng)計學(xué)分析56
• 3.4 實驗結(jié)果56-62
• 3.4.1 隱孢子蟲感染率的檢測結(jié)果56
• 3.4.2 隱孢子蟲蟲種和基因亞型的分布56-57
• 3.4.3 隱孢子蟲感染的年齡、性別分布57-58
• 3.4.4 隱孢子蟲感染與腹瀉分析58
• 3.4.5 福利院兒童隱孢子蟲的MLST分析58-59
• 3.4.6 賈第蟲感染率的檢測結(jié)果59-60
• 3.4.7 賈第蟲基因型及多位點基因型(MLG)分析60-61
• 3.4.8 賈第蟲感染的年齡、性別分布61-62
• 3.4.9 賈第蟲感染與腹瀉分析62
• 3.4.10 福利院兒童隱孢子蟲與賈第蟲混合感染的情況分析62
• 3.5 討論62-65
• 3.6 本章小結(jié)65-66
• 第4章 結(jié)論與展望66-68
• 4.1 結(jié)論66
• 4.2 展望66-68
• 參考文獻68-81
• 攻讀碩士學(xué)位期間的研究成果81-82
• 致謝82

【參考文獻】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前8條

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本文編號：1119276