發(fā)布時(shí)間：2017-10-10 07:12

  本文關(guān)鍵詞：HIV-1病毒中NCp7鋅指區(qū)域與配體相互作用的理論研究

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【摘要】：采用量子化學(xué)方法和ABEEM方法對選取的鋅指蛋白和配體進(jìn)行理論研究。 1．本文采用B3LYP/6-311++G(d，p)方法，優(yōu)化4個(gè)鋅指蛋白分子和31個(gè)配體分子的幾何構(gòu)型，使用HF/STO-3G計(jì)算優(yōu)化后體系的Mulliken電荷分布。使用線性回歸和最小二乘法，擬合確定了ABEEM參數(shù)（包括參考電荷，價(jià)態(tài)電負(fù)性和價(jià)態(tài)硬度）。使用ABEEM參數(shù)，，計(jì)算獲得了4個(gè)鋅指蛋白（Finger1，F(xiàn)inger1-1，F(xiàn)inger2，F(xiàn)inger2-2）和11個(gè)配體的電荷分布。ABEEM方法所計(jì)算的電荷分布與從頭計(jì)算方法的線性相關(guān)方程斜率k接近1.0000，截距b接近于0.0000，線性相關(guān)系數(shù)R在0.9434以上。由此可見，ABEEM方法與從頭計(jì)算方法相比有很好的一致性。驗(yàn)證了我們所擬合的ABEEM參數(shù)是合理的和可轉(zhuǎn)移的，可應(yīng)用于類似體系的電荷分布的計(jì)算。 2.使用ABEEM方法計(jì)算了4個(gè)鋅指蛋白分子和31個(gè)配體分子偶極矩，該方法所計(jì)算的偶極矩與密度泛函B3LYP/6-311++G(d，p)的結(jié)果相關(guān)性較好，表明我們所擬合的ABEEM參數(shù)（價(jià)態(tài)電負(fù)性和價(jià)態(tài)硬度）是合理的。 3.利用廣義Fukui函數(shù)預(yù)測4個(gè)鋅指蛋白的反應(yīng)活性位點(diǎn)，得到4個(gè)鋅指蛋白上廣義Fukui函數(shù)值最大的位點(diǎn)分別是半胱氨酸中S16，S16，S69，S72。分別計(jì)算鋅指蛋白的半胱氨酸中S原子與配體相互作用的原子和孤對電子間的廣義軟度差的平方和sG。利用局域硬軟酸堿原理中的軟度匹配規(guī)則，推測出配體與鋅指蛋白相互作用的強(qiáng)弱。 4.本文還以擬合好的ABEEM參數(shù)，計(jì)算了33個(gè)鋅指蛋白的電荷分布。ABEEM方法所計(jì)算的電荷分布與從頭計(jì)算的有很好的一致性，表明我們所擬合的參數(shù)具有很好轉(zhuǎn)移性。
【關(guān)鍵詞】：原子-鍵電負(fù)性均衡方法 電荷分布 廣義局域軟度 廣義Fukui函數(shù)
【學(xué)位授予單位】：遼寧師范大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2014
【分類號】：O641;R373
【目錄】：

• 摘要4-5
• Abstract5-9
• 引言9-11
• 1 基本理論11-18
• 1.1 密度泛函理論的發(fā)展11-13
• 1.2 ABEEMσπ模型13-15
• 1.3 廣義活性指標(biāo)的提出15-16
• 1.4 有限差分近似下反應(yīng)活性指標(biāo)的計(jì)算16-18
• 2 鋅指蛋白及配體的選取和參數(shù)的探究18-22
• 2.1 量子化學(xué)計(jì)算方法18-20
• 2.1.1 鋅指蛋白及配體的模型分子選取18-19
• 2.1.2 計(jì)算方法19-20
• 2.2 ABEEMσπ參數(shù)的確定20-22
• 2.2.1 參數(shù)的調(diào)節(jié)20-21
• 2.2.2 ABEEMσπ方法中的標(biāo)號命名原則21-22
• 3 鋅指蛋白及配體的電荷分布22-28
• 3.1 ABEEMσπ方法計(jì)算分子電荷22-25
• 3.1.1 理論方法22
• 3.1.2 電荷分布結(jié)果與討論22-25
• 3.2 鋅指蛋白及配體的偶極矩探究25-26
• 3.2.1 理論方法25
• 3.2.2 數(shù)據(jù)及討論25-26
• 3.3 小結(jié)26-28
• 4 計(jì)算分子體系整體反應(yīng)活性28-31
• 4.1 計(jì)算細(xì)節(jié)28
• 4.2 結(jié)果與討論28-31
• 5 鋅指蛋白與配體的反應(yīng)活性位點(diǎn)選擇31-38
• 5.1 理論方法31
• 5.2 計(jì)算細(xì)節(jié)31-37
• 5.3 小結(jié)37-38
• 6 33 個(gè)鋅指蛋白分子的研究38-45
• 6.1 33 個(gè)鋅指蛋白的選取38-39
• 6.2 電荷分布39-43
• 6.2.1 計(jì)算方法39
• 6.2.2 計(jì)算細(xì)節(jié)39-43
• 6.3 大體系鋅指蛋白分子的反應(yīng)活性指標(biāo)43-44
• 6.4 小結(jié)44-45
• 結(jié)論45-46
• 參考文獻(xiàn)46-49
• 攻讀碩士學(xué)位期間發(fā)表學(xué)術(shù)論文情況49-50
• 致謝50

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1 常昱;劉新泳;;人類免疫缺陷病毒核殼體蛋白NCp7鋅指受體抑制劑的研究進(jìn)展[J];中國藥學(xué)雜志;2007年01期

本文編號：1005018