發(fā)布時(shí)間：2021-06-27 19:01

　　背景及目的:蛛網(wǎng)膜下腔出血（Subarachnoid hemorrhage,SAH）是一種致命的神經(jīng)血管性重癥,具有高致殘率及致死率。在哺乳動(dòng)物腦中,環(huán)狀RNA（Circular RNA,circRNA）表達(dá)量豐富,序列保守,與各種神經(jīng)系統(tǒng)疾病相關(guān)。本研究,運(yùn)用高通量測(cè)序（High-throughput Sequencing）的方法,分析小鼠SAH后早期大腦皮層circRNAs及mRNAs的表達(dá)譜,探尋circRNAs在SAH后早期腦損傷（Early brain injury,EBI）中的潛在作用,為進(jìn)一步探索差異性表達(dá)的circRNAs作為SAH的生物標(biāo)志物及調(diào)控機(jī)制研究奠定基礎(chǔ)。方法:18只C57BL/6J雄性小鼠被隨機(jī)分為對(duì)照組及SAH組（n=9只/組）。采用改進(jìn)的血管內(nèi)穿刺法構(gòu)建SAH模型,SAH后24小時(shí)提取皮層總RNA,對(duì)質(zhì)量檢測(cè)合格的RNA提取物進(jìn)行PCR擴(kuò)增,構(gòu)建cDNA文庫(kù),采用Illumina HiSeq^TM2500平臺(tái)進(jìn)行測(cè)序。運(yùn)用Bowite2將所有轉(zhuǎn)錄本比對(duì)到小鼠基因組,并計(jì)算circRNAs及mRNAs的相對(duì)表達(dá)量,分別得到circRN... 

【文章來(lái)源】：西南醫(yī)科大學(xué)四川省

【文章頁(yè)數(shù)】：75 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

環(huán)狀RNA形成機(jī)制模型

圖 2. 環(huán)狀 RNA 的主要類型[16]Fig2. Three major subclasses of circRNAs.2 高通量測(cè)序技術(shù)高通量測(cè)序技術(shù)可以對(duì)數(shù)百萬(wàn)個(gè) DNA 分子同時(shí)進(jìn)行測(cè)序，該技術(shù)序技術(shù)發(fā)展歷程的一個(gè)重要里程碑。這使得對(duì)一個(gè)物種的基因組及轉(zhuǎn)進(jìn)行細(xì)致而全面的分析成為可能，因此也被稱為下一代測(cè)序技術(shù)（Neneration sequencing, NGS）或深度測(cè)序技術(shù)（Deep sequencing）[20, 21高通量測(cè)序技術(shù)相較傳統(tǒng)的 Sanger 測(cè)序法具有三大優(yōu)點(diǎn)。第一，可

圖 3. 測(cè)序流程及分析步驟Fig.3 Process of RNA-Seq and bioinformatics analysis2.6.3 篩選 circRNAs使用 Bowtie2 將 Unmappedreads 再次比對(duì)到小鼠全基因組上，得到部對(duì)齊的讀段，根據(jù)不同的部分對(duì)齊方式，篩選出逆序兩端對(duì)齊的讀段作候選環(huán)形連接。使用 MaxEntScan 軟件計(jì)算出環(huán)形連接數(shù)（Candidatercular junctions）的剪接力值（Splicing strength score）. 根據(jù)計(jì)算出來(lái)的接力值篩選出比較可信的環(huán)形連接，同時(shí)確定準(zhǔn)確的連接位點(diǎn)。篩選條為環(huán)形連接的讀長(zhǎng)數(shù)≥2 和剪接力值≥10. 根據(jù)已有的注釋文件，注釋出

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]Blood microRNAs as potential diagnostic markers for hemorrhagic stroke[J]. Bridget Martinez,Philip V.Peplow.  Neural Regeneration Research. 2017(01)
[2]載脂蛋白E短肽COG1410對(duì)蛛網(wǎng)膜下腔出血后早期腦水腫的影響[J]. 賀杰,龐金偉,吳越,彭建華,曹芳,秦興虎,鄶莉,陳禮剛,孫曉川,江涌.  第三軍醫(yī)大學(xué)學(xué)報(bào). 2016(04)
[3]蛛網(wǎng)膜下腔出血后早期腦損傷機(jī)制研究進(jìn)展[J]. 郝小可,史繼新.  醫(yī)學(xué)研究生學(xué)報(bào). 2015(07)
[4]高通量測(cè)序技術(shù)及其應(yīng)用[J]. 王興春,楊致榮,王敏,李瑋,李生才.  中國(guó)生物工程雜志. 2012(01)



本文編號(hào)：3253422