目的:通過(guò)分析基因表達(dá)譜,探討缺血性腦卒中（ischemic stroke,IS）的分子機(jī)制和診斷標(biāo)志物。方法:下載GEO數(shù)據(jù)庫(kù)中缺血性卒中患者和對(duì)照組的基因芯片數(shù)據(jù),使用Pubmed提供的GEO2R軟件和R語(yǔ)言篩選出具有顯著意義的差異基因（differential genes,DEGs）;利用Metascape進(jìn)行基因本體（gene ontology,GO）與酶和通路數(shù)據(jù)庫(kù)（Reactome）基因集分析;使用STRING在線分析工具和Cytoscape軟件分析出關(guān)鍵基因;最后,收集急性卒中患者外周血,通過(guò)RT-PCR進(jìn)行驗(yàn)證。結(jié)果:通過(guò)分析IS患者外周血基因芯片數(shù)據(jù)集,共篩選出20個(gè)差異表達(dá)基因;基因注釋和信號(hào)途徑分析表明,這些差異表達(dá)基因主要參與中性粒細(xì)胞脫顆粒、對(duì)外來(lái)生物刺激反應(yīng)、細(xì)胞因子生產(chǎn)、有機(jī)陰離子運(yùn)輸、對(duì)脂肪酸的反應(yīng)和中性粒細(xì)胞遷移等。使用Cytoscape和MCODE插件進(jìn)一步分析,篩選出5個(gè)關(guān)鍵基因（MMP-9,OLFM4,ORM1,FOLR3和ARG1）;RT-PCR證實(shí)ARG1和MMP9 mRNA在IS患者外周血中過(guò)表達(dá)。結(jié)論:缺血性卒中伴隨多個(gè)基因表達(dá)異常,本研... 

【文章來(lái)源】：臨床與病理雜志. 2020,40(09)

【文章頁(yè)數(shù)】：7 頁(yè)

【部分圖文】：

驗(yàn)證IS患者外周血關(guān)鍵DEGsmRNA水平Figure5ExpressionlevelsofcriticalDEGswereverifiedinRelative(10ARG1FOLR3MMP9OLFM4ORM1

要預(yù)后因素。國(guó)內(nèi)尚未檢索到ARG1在IS的研究報(bào)道，國(guó)外Yoo等[10]研究發(fā)現(xiàn)：IS患者外周血中miR-340-5p被下調(diào)，而ARG1mRNA被上調(diào)，在人類(lèi)嗜中性粒細(xì)胞和小鼠巨噬細(xì)胞細(xì)胞系中miR-340-5p的過(guò)表達(dá)誘導(dǎo)ARG1蛋白的下調(diào)，急性卒中通過(guò)抑制miR-340-5p上調(diào)ARG1蛋白的表達(dá)。免疫系統(tǒng)平衡反應(yīng)在IS恢復(fù)中起重要作用，中性粒細(xì)胞-淋巴細(xì)胞比率(NLR)可能是IS后免疫失調(diào)程度的標(biāo)志。Ashley等[11]研究報(bào)道ARG1，NLR和中風(fēng)嚴(yán)重程度之間存在相關(guān)性，其具體分子機(jī)制有待進(jìn)一步探索，外周血中ARG1圖4利用STRING在線數(shù)據(jù)庫(kù)和Cytoscape軟件構(gòu)建DEGs-PPI網(wǎng)絡(luò)Figure4ConstructtheDEGS-PPInetworkbyusingtheSTRINGonlinedatabaseandCytoscapesoftware(A)DEGs-PPI網(wǎng)絡(luò)復(fù)合體中共有12節(jié)點(diǎn)，節(jié)點(diǎn)表示蛋白質(zhì)，連線表示蛋白質(zhì)的相互作用；(B)利用Cytoscape軟件和MCODE應(yīng)用程序(degreecutoff=2，nodescorecutoff=0.2，k-core=2，max.Depth=100)進(jìn)行模塊分析，分離出主要子網(wǎng)絡(luò)。(A)Thereare12nodesinthecomplexoftheDEGs-PPInetwork.Thenodesrepresentproteins,andthewiresrepresentproteininteractions.(B)CytoscapesoftwareandMCODEapplication(degreecutoff=2,nodescorecutoff=0.2,k-core=2,max-depth=100)wereusedtoseparatethemainsub-networks.圖5驗(yàn)證IS患者外周血關(guān)鍵DEGsmRNA水平Figure5ExpressionlevelsofcriticalDEGswereverifiedinpatientswithISX軸表示DEGs，Y軸表示IS和正常對(duì)照組之間的倍數(shù)變化。Control：對(duì)照組；Stroke：IS組;*P<0.05。TheX-axisistheDEGs,andtheY-axisisthemultiplechangesbetweenISandthenormalcontrolgroup.Control:Controlgroup;Stroke:ISgroup;*P<0.05.Re

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]MMP-9基因rs20544多態(tài)性與急性缺血性卒中患者出血性轉(zhuǎn)化的相關(guān)性[J]. 侯延偉,郭再玉,吐?tīng)柡椤ね聽(tīng)栠d,張合亮,趙偉.  國(guó)際腦血管病雜志. 2019 (07)
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本文編號(hào)：3042224