目的:通過分析基因表達譜,探討缺血性腦卒中（ischemic stroke,IS）的分子機制和診斷標志物。方法:下載GEO數(shù)據(jù)庫中缺血性卒中患者和對照組的基因芯片數(shù)據(jù),使用Pubmed提供的GEO2R軟件和R語言篩選出具有顯著意義的差異基因（differential genes,DEGs）;利用Metascape進行基因本體（gene ontology,GO）與酶和通路數(shù)據(jù)庫（Reactome）基因集分析;使用STRING在線分析工具和Cytoscape軟件分析出關鍵基因;最后,收集急性卒中患者外周血,通過RT-PCR進行驗證。結果:通過分析IS患者外周血基因芯片數(shù)據(jù)集,共篩選出20個差異表達基因;基因注釋和信號途徑分析表明,這些差異表達基因主要參與中性粒細胞脫顆粒、對外來生物刺激反應、細胞因子生產(chǎn)、有機陰離子運輸、對脂肪酸的反應和中性粒細胞遷移等。使用Cytoscape和MCODE插件進一步分析,篩選出5個關鍵基因（MMP-9,OLFM4,ORM1,FOLR3和ARG1）;RT-PCR證實ARG1和MMP9 mRNA在IS患者外周血中過表達。結論:缺血性卒中伴隨多個基因表達異常,本研... 

【文章來源】：臨床與病理雜志. 2020,40(09)

【文章頁數(shù)】：7 頁

【部分圖文】：

驗證IS患者外周血關鍵DEGsmRNA水平Figure5ExpressionlevelsofcriticalDEGswereverifiedinRelative(10ARG1FOLR3MMP9OLFM4ORM1

要預后因素。國內(nèi)尚未檢索到ARG1在IS的研究報道，國外Yoo等[10]研究發(fā)現(xiàn)：IS患者外周血中miR-340-5p被下調(diào)，而ARG1mRNA被上調(diào)，在人類嗜中性粒細胞和小鼠巨噬細胞細胞系中miR-340-5p的過表達誘導ARG1蛋白的下調(diào)，急性卒中通過抑制miR-340-5p上調(diào)ARG1蛋白的表達。免疫系統(tǒng)平衡反應在IS恢復中起重要作用，中性粒細胞-淋巴細胞比率(NLR)可能是IS后免疫失調(diào)程度的標志。Ashley等[11]研究報道ARG1，NLR和中風嚴重程度之間存在相關性，其具體分子機制有待進一步探索，外周血中ARG1圖4利用STRING在線數(shù)據(jù)庫和Cytoscape軟件構建DEGs-PPI網(wǎng)絡Figure4ConstructtheDEGS-PPInetworkbyusingtheSTRINGonlinedatabaseandCytoscapesoftware(A)DEGs-PPI網(wǎng)絡復合體中共有12節(jié)點，節(jié)點表示蛋白質(zhì)，連線表示蛋白質(zhì)的相互作用；(B)利用Cytoscape軟件和MCODE應用程序(degreecutoff=2，nodescorecutoff=0.2，k-core=2，max.Depth=100)進行模塊分析，分離出主要子網(wǎng)絡。(A)Thereare12nodesinthecomplexoftheDEGs-PPInetwork.Thenodesrepresentproteins,andthewiresrepresentproteininteractions.(B)CytoscapesoftwareandMCODEapplication(degreecutoff=2,nodescorecutoff=0.2,k-core=2,max-depth=100)wereusedtoseparatethemainsub-networks.圖5驗證IS患者外周血關鍵DEGsmRNA水平Figure5ExpressionlevelsofcriticalDEGswereverifiedinpatientswithISX軸表示DEGs，Y軸表示IS和正常對照組之間的倍數(shù)變化。Control：對照組；Stroke：IS組;*P<0.05。TheX-axisistheDEGs,andtheY-axisisthemultiplechangesbetweenISandthenormalcontrolgroup.Control:Controlgroup;Stroke:ISgroup;*P<0.05.Re

【參考文獻】：
期刊論文
[1]MMP-9基因rs20544多態(tài)性與急性缺血性卒中患者出血性轉化的相關性[J]. 侯延偉,郭再玉,吐爾洪·吐爾遜,張合亮,趙偉.  國際腦血管病雜志. 2019 (07)
[2]《中國腦卒中防治報告2016》概要[J]. 王隴德,王金環(huán),彭斌,許予明.  中國腦血管病雜志. 2017(04)



本文編號：3042224