原發(fā)性肌張力障礙(primary torsion dystonia,PTD)是一種主動肌與拮抗肌收縮不協(xié)調(diào)或過度收縮引起的以異常姿勢和動作為特征的椎體外系疾病。目前,該病主要靠藥物和立體定向手術(shù)治療,但這些治療只是對癥治療,并有很多局限性,并且肌張力障礙的發(fā)病機制仍未完全清楚,也無有效的治療方法;因此還需要進一步篩選新的基因位點,發(fā)現(xiàn)新的相關(guān)基因。全基因組重測序可以在已知某物種基因組序列的基礎(chǔ)上,對該物種不同個體的整個基因組序列進行測序,差異性分析個體或群體~([1]),能夠得到全部的遺傳信息,并精確、全面地分析每個堿基序列~([2])。本研究應用全基因組重測序技術(shù)對原發(fā)性肌張力障礙病患者進行全基因組重測序,結(jié)合生物信息學技術(shù),篩查出可能與原發(fā)性肌張力表型患者密切相關(guān)的基因突變位點,從而發(fā)現(xiàn)新的基因或突變,有助于我們對該疾病進行正確的分子診斷以及提供更好的遺傳咨詢信息。目的:(1)通過全基因組重測序技術(shù)篩查出可能與原發(fā)性肌張力表型患者密切相關(guān)的基因突變位點,為了該病家系患者的遺傳咨詢和臨床診斷提供依據(jù)。(2)探討全基因組重測序技術(shù)在罕見疾病致病基因篩查應用中的可行性,為該技術(shù)的臨床應用提供新的信息。方法:收集原發(fā)性肌張力患者及健康對照者外周血標本及臨床資料,提取受試者基因組DNA,選取1例具有典型原發(fā)性肌張力表型患者的DNA和100例健康對照者DNA分別構(gòu)建患者全基因組測序文庫和健康對照者全基因組測序文庫,并進行高通量測序。下機獲得原始數(shù)據(jù),經(jīng)過初步數(shù)據(jù)過濾后與標準基因組序列比對,獲得原發(fā)性肌張力表型患者及對照組基因變異信息;通過比較原發(fā)性肌張力表型患者及對照組基因變異信息,并結(jié)合生物信息學技術(shù),篩查可能與原發(fā)性肌張力表型患者密切相關(guān)的基因突變位點。結(jié)果:(1)通過全基因組重測序一共得到240G bp的數(shù)據(jù),其中患者的數(shù)據(jù)產(chǎn)出為127.90G bp,原始數(shù)據(jù)測序深度為45X,有效測序深度為40.30X,基因組覆蓋比例為98.90%,SNP數(shù)量為3,602,141,Indel數(shù)量為58,127,CNV數(shù)量為831,SV數(shù)量為8,431;健康對照者的數(shù)據(jù)產(chǎn)出為112.91G bp,原始數(shù)據(jù)測序深度為40X,有效測序深度為35.70X,基因組覆蓋比例為99.50%,SNP數(shù)量為3,550,305,Indel數(shù)量為558,038,CNV數(shù)量為824,SV數(shù)量為8222。(2)SNP公共數(shù)據(jù)庫過濾并將病人與健康對照對比后,得到96個突變位點,突變基因包括錯義突變,蛋白質(zhì)提前終止,移碼突變,內(nèi)含子剪切異常等多種類型。結(jié)論:(1)在臨床應用全基因組重測序工作中,患者結(jié)合健康人群的對照分析,有利于濾過未明確臨床意義的基因組變異位點。(2)我們發(fā)現(xiàn)ANO3(N294H)突變與疾病的表型密切相關(guān),可能是中國原發(fā)性肌張力障礙病患者的致病突變之一。
【學位單位】：廣西師范大學
【學位級別】：碩士
【學位年份】：2018
【中圖分類】：R746
【部分圖文】：

G20 大于 96%，滿足研究的測序質(zhì)量要求，滿足 G30 的為極佳效果。實驗的具體質(zhì)量值如表 3-2 所示。圖3-1 表示的是預期的質(zhì)量控制值，圖 3-2 代表對齊后的堿基質(zhì)量分數(shù)，橫坐標表示 read長度，縱坐標表示質(zhì)量分數(shù)值，質(zhì)量控制有三種結(jié)果，圖中分別用三種顏色表示，綠色代表合格，黃色是警告值，紅色本分表示測序失敗，中間的藍線為質(zhì)量分布平均數(shù)。通過對比我們可以看到預期質(zhì)量值和對齊后的質(zhì)量值分布基本一致，結(jié)果可靠。

圖 3-1 實驗組預期質(zhì)量控制值分布Figure 3-1 Expected quality control value in the experimental group

圖 3-3 對照組預期質(zhì)量控制值分布Figure 3-3 Expected quality control value in the the control group圖 3-4 對照組質(zhì)量控制值分布Figure 3-4 The quality control value in the the control group3.1.3 實驗組和對照組對照組測序深度

【參考文獻】

相關(guān)期刊論文 前3條

1 吳逸雯;陳生弟;;肌張力障礙遺傳學發(fā)病機制及診斷策略[J];中國現(xiàn)代神經(jīng)疾病雜志;2013年07期

2 張曉潔;陳晟;樂衛(wèi)東;;肌張力障礙相關(guān)基因及臨床特征[J];上海交通大學學報(醫(yī)學版);2008年07期

3 許曉峰;張曉斌;沙維偉;周朝昀;;多巴胺受體與5-羥色胺2A受體基因多態(tài)性與遲發(fā)性運動障礙的關(guān)聯(lián)[J];中國臨床康復;2006年34期

本文編號：2826343