CASC15、LMO1基因單核苷酸多態(tài)性與兒童神經(jīng)母細(xì)胞瘤易感性的關(guān)聯(lián)研究
【學(xué)位授予單位】:鄭州大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:博士
【學(xué)位授予年份】:2019
【分類號(hào)】:R739.4
【圖文】:
TCTTACCATGGATAGATAGATATGTGTrs4712653 CAATATCTTTGCAGGATATTTTCTT(C/T)TGGTCTTGATTTCTATAGATGAGTrs9295536 CAAATGAATCCTTTCCATTGACTTT(A/C)AACTTGAATACAGCTCTCCCATCTTaqMan探針法原理如圖1所示:針對(duì)待檢測(cè)的SNP位點(diǎn)處于的核苷酸兩條 PCR 引物和兩條寡核苷酸探針,探針兩段分別標(biāo)記熒光淬滅基團(tuán)告基團(tuán)。模板 DNA 與探針結(jié)合位置把待檢測(cè)的 SNP 位點(diǎn)覆蓋。兩條探針序列,在 SNP 位點(diǎn)位置的堿基是不同的,其它序列都是相同的。整,熒光淬滅基團(tuán)可吸收熒光報(bào)告基團(tuán)發(fā)射的熒光信號(hào),對(duì)其進(jìn)行實(shí)CR 擴(kuò)增,該探針和模板之間出現(xiàn)退火反應(yīng),然后與探針 5’端相連的熒 Taq 酶切下,游離的熒光報(bào)告基團(tuán)發(fā)射出熒光信號(hào),PCR 產(chǎn)物形成和累積兩者同步進(jìn)行。依據(jù)不同的熒光顏色,系統(tǒng)識(shí)別出待檢測(cè) SNP 位是純合突變型、純合野生型或者雜合型。
圖 2.6.3 質(zhì)量控制為控制基因分型質(zhì)量,在 384 孔板各個(gè)檢測(cè)單元中隨機(jī)設(shè) 4 個(gè)陽性對(duì)照 個(gè)陰性對(duì)照,加入重復(fù)的 DNA 樣本為陽性對(duì)照,加入等量的雙蒸水為陰性。在圖像橫軸及縱軸上,各個(gè) SNP 的信號(hào)強(qiáng)度均應(yīng)形成三個(gè)明顯的簇。分合率達(dá)到 100%,各個(gè) SNP 分型成功率達(dá)到 100%。.7 統(tǒng)計(jì)分析.7.1 數(shù)據(jù)處理運(yùn)用 SAS 軟件(Version 9.1; SAS Institute, Cary, NC, USA)對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行統(tǒng)析,擬合優(yōu)度的χ2檢驗(yàn)評(píng)估對(duì)照組選擇的單核苷酸多態(tài)位點(diǎn)是否符ardy-Weinberg 平衡定律。雙側(cè)χ2檢驗(yàn)分析處理神經(jīng)母細(xì)胞瘤病例組與健康對(duì)的人口學(xué)變量和基因型頻率。非條件 logistic 回歸分析中 OR(Odds Ratio) 95%置信區(qū)間(CI)評(píng)估 SNP 與神經(jīng)母細(xì)胞瘤易感性的關(guān)聯(lián)性。假陽性報(bào)測(cè)(FPRP)評(píng)估陽性結(jié)果的假陽性率。P< 0.05 表示差異有顯著統(tǒng)計(jì)學(xué)意義
綜 述4 散發(fā)型神經(jīng)母細(xì)胞瘤的遺傳易感性在家族性神經(jīng)母細(xì)胞瘤中,有罕見的突變導(dǎo)致疾病的可能性很高。對(duì)于散發(fā)的 99%病例,一個(gè)常見的變異假設(shè)提出常見的種系變異影響疾病發(fā)生的可能性,每種疾病都有相對(duì)低的風(fēng)險(xiǎn),但大概是一致的。一項(xiàng)納入 720 個(gè)神經(jīng)母細(xì)胞瘤病例和2128個(gè)健康對(duì)照的大樣本GWAS被認(rèn)為是發(fā)現(xiàn)這些多態(tài)性的一種無偏倚的方法(圖 2)[89]。隨著額外的病例樣本不斷積累,最初的 GWAS 已經(jīng)被擴(kuò)展和重復(fù)驗(yàn)證,從而發(fā)現(xiàn)與高風(fēng)險(xiǎn)和低風(fēng)險(xiǎn)的神經(jīng)母細(xì)胞瘤易感性顯著相關(guān)DNA 等位基因,包括 CASC15,BARD1,LMO1,LIN28B,HACE1,DUSP12,DDX4 , IL31RA , HSD17B12 , NEFL , TP53 和 NBPF23 ( 表 1 )[72,74,75,79,81,88,89,102,103,104,107]。這些易感性位點(diǎn)的發(fā)現(xiàn)證實(shí)了 GWAS 信號(hào)可以作為線索揭示基礎(chǔ)生物學(xué)驅(qū)動(dòng)神經(jīng)母細(xì)胞瘤的發(fā)病。
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