發(fā)布時間：2018-05-09 21:46

  本文選題：神經(jīng)母細(xì)胞瘤 + 高通量核苷酸測序��； 參考：《天津醫(yī)科大學(xué)》2017年碩士論文

【摘要】：目的:神經(jīng)母細(xì)胞瘤(Neuroblastoma,NB)具有高度異質(zhì)性,能從自行消退到病情迅速進(jìn)展,尤其對于高危組神經(jīng)母細(xì)胞瘤患者,即使通過多模式高強(qiáng)度的治療,其總生存率仍低于40%,預(yù)后較差。而這必然與其獨(dú)特的分子生物學(xué)復(fù)雜性密切相關(guān),因此基于基因分子改變對神經(jīng)母細(xì)胞瘤患者進(jìn)行預(yù)后分層以及靶向治療或許是解決上述難題的絕佳選擇。其中MYCN基因擴(kuò)增是神經(jīng)母細(xì)胞瘤患者不良預(yù)后判斷的最佳指標(biāo),然而,超過60%的神經(jīng)母細(xì)胞瘤患兒卻缺乏此改變,大部分患者的預(yù)后分組以及靶向治療尚缺乏可依據(jù)的基因變異指標(biāo)�？梢妼ι窠�(jīng)母細(xì)胞瘤基因病因?qū)W的探究迫在眉睫。方法:隨著高通量測序技術(shù)的發(fā)展,其中靶向捕獲二代測序技術(shù)(Next Generation Sequencing,NGS)因其高通量、高效的特點(diǎn)在很多疾病的基因探索中得到了廣泛應(yīng)用。本研究即利用該技術(shù),通過選定與NB發(fā)生及預(yù)后密切相關(guān)的基因位點(diǎn)進(jìn)行靶向捕獲,最終制定了覆蓋53個基因全外顯子及3個大的基因拷貝數(shù)變異(Copy Number Variation,CNV)區(qū)域,共212948bp大小的神經(jīng)母細(xì)胞瘤檢測模板。然后應(yīng)用此模板,對33例經(jīng)FISH驗(yàn)證MYCN(-)的神經(jīng)母細(xì)胞瘤患者的新鮮腫瘤組織以及配對的外周血白細(xì)胞進(jìn)行了靶向深度測序。利用SPSS19.0軟件對測序結(jié)果和臨床資料進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析,以P0.05定義為差異具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。結(jié)果:對33例神經(jīng)母細(xì)胞瘤二代測序數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)量控制分析,結(jié)果顯示,所有樣本測序深度平均為887×,最大和最小測序深度分別為1376×和438×;另外,去除重復(fù)讀段后的測序深度平均為474×(合格為大于100×)。極高的測序深度使我們更準(zhǔn)確的發(fā)現(xiàn)變異結(jié)果。絕大多數(shù)樣品的靶向捕獲率非常集中在70%附近(合格為大于40%),說明該模板的捕獲效率很好。對33例神經(jīng)母細(xì)胞瘤患者深度測序后共發(fā)現(xiàn)17個體細(xì)胞變異,涉及14個基因,其中主要的改變形式為拷貝數(shù)變異(CNV):包括發(fā)生在8個病人的13個拷貝數(shù)變異(2個CDK4擴(kuò)增、2個CCND1擴(kuò)增、1個OS9擴(kuò)增,1個MYCN擴(kuò)增,1個DDX1擴(kuò)增;1個11q缺失、1個CDKN1C缺失、1個CDKN2A缺失、1個H19缺失、1個RBMS3缺失以及1個TIAM1缺失);還包括4個點(diǎn)突變:2個ALK突變(p.F1174L)、1個BRCA2突變(p.K2392N),以及1個PHOX2B突變(p.F86fs)。未見基因融合。其中,TIAM1基因在神經(jīng)母細(xì)胞瘤中發(fā)生缺失是我們所檢測出的新的變異。根據(jù)有無發(fā)生拷貝數(shù)變異,將33例神經(jīng)母細(xì)胞瘤患者分為CNV(+)和CNV(-)兩組。這兩組在病理組織學(xué)預(yù)后分型(International Neuroblastoma Pathology Classification,INPC)、神經(jīng)母細(xì)胞瘤INSS分期(International Neuroblastoma Staging System,INSS)以及遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移中存在明顯差異(P=0.002、P=0.024和P=0.038),CNV(+)與INSS 4期、UH以及存在遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移正相關(guān)。CNV(-)患者的3年無事件生存率(EFS)為60.0%,而CNV(+)患者為16.7%(P=0.015,HR=0.1344,95%,CI=0.027~0.678)。此外,發(fā)生CNV的患者對常規(guī)化療的治療反應(yīng)較差(P=0.059)。結(jié)論:本研究開發(fā)了神經(jīng)母細(xì)胞瘤基因檢測模板,并通過全面質(zhì)控分析,驗(yàn)證其捕獲效率高,測序數(shù)據(jù)具有較高的可靠性。對33例神經(jīng)母細(xì)胞瘤患者進(jìn)行靶向二代測序后,發(fā)現(xiàn)體系突變中以CNV為主。CNV與其他不良預(yù)后因素,即組織學(xué)預(yù)后不良型(Unfavourable Histology,UH)、INSS 4期以及存在遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移正相關(guān),且發(fā)生CNV的患者3年無事件生存率明顯降低,對常規(guī)化療耐受,這些均提示CNV與NB預(yù)后不良相關(guān)。其中TIAM1基因的缺失為新發(fā)現(xiàn)的變異,其可能參與調(diào)控神經(jīng)母細(xì)胞瘤分化過程,它的發(fā)現(xiàn)為進(jìn)一步NB發(fā)病機(jī)制的研究奠定基礎(chǔ)。大部分發(fā)生CNV的基因參與細(xì)胞周期調(diào)控,提示CDK4/CDK6抑制劑可用于這類NB患者的靶向治療。因此,基于神經(jīng)母細(xì)胞瘤檢測模板對患者進(jìn)行深度測序,可促進(jìn)NB患者預(yù)后判斷以及靶向治療,并為NB發(fā)病機(jī)制的研究奠定基礎(chǔ)。
[Abstract]:The results showed that the target capture rate was 87 脳 , the maximum and the minimum sequencing depth were 1376 脳 and 438 脳 , respectively . There was a significant difference between the two groups ( P = 0.002 , P = 0 . 024 and P = 0 . 38 ) , and CNV ( + ) was 16.7 % ( P = 0.015 , HR = 0 . 134,95 % , CI = 0.027 - 0.678 ) . Conclusion : The results showed that CNV was mainly involved in the treatment of NB patients . The results showed that the deletion of TIAM1 gene was related to the prognosis of NB .

【學(xué)位授予單位】：天津醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2017
【分類號】：R739.4

【參考文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前2條

1 ;兒童神經(jīng)母細(xì)胞瘤診療專家共識[J];中華小兒外科雜志;2015年01期

2 吳偉;呂志葆;;神經(jīng)母細(xì)胞瘤病原基因研究回顧及進(jìn)展[J];中華小兒外科雜志;2014年01期

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本文編號：1867528