發(fā)布時間：2025-02-08 11:16

　　 本研究旨在對鈣蛋白酶1(CAPN1)基因CDS區(qū)進行克隆及生物信息學分析,并鑒定其在廣靈驢各組織中的表達量。應用生物信息學方法對廣靈驢CAPN1基因CDS區(qū)進行序列分析,并對其編碼蛋白的理化性質、亞細胞定位、翻譯后修飾結構和蛋白結構進行預測;利用實時熒光定量PCR技術對CAPN1基因在心臟、肝臟、脾臟、肺臟、腎臟和背最長肌6種組織中的表達水平進行分析。結果顯示,廣靈驢CAPN1基因CDS區(qū)全長2 148 bp,可編碼715個氨基酸,已提交至NCBI,登錄號為:MN158194,其核酸序列與馬、綿羊、牛、人、山羊、小鼠、豬的同源性分別為99.7%、92.3%、92.5%、92.0%、92.5%、85.9%和92.9%;CAPN1蛋白的分子質量為82.01 ku,理論等電點為5.59,平均疏水性為-0.374,不穩(wěn)定系數為36.42,不存在跨膜區(qū)及信號肽;其編碼蛋白的二級結構由無規(guī)則卷曲、α-螺旋、β-轉角和延伸鏈組成;CAPN1基因在廣靈驢的6種組織中均表達,其中在背最長肌中的表達量最豐富,其次是肝臟,在心臟中的表達最低。本研究成功克隆了廣靈驢CAPN1基因CDS,并對其在不同組織中的表...

【文章頁數】：11 頁

【部分圖文】：

圖1 廣靈驢CAPN1基因PCR擴增結果

以反轉錄后的cDNA為模板進行PCR擴增,用1.0%瓊脂糖凝膠電泳進行檢測,結果見圖1。由圖1可知,5對引物的PCR擴增產物條帶單一、清晰,片段大小與預期結果相符。對目的條帶進行割膠回收后克隆轉化,之后篩選陽性質粒送測,分別得到487、402、423、738和709bp大小的基....

圖2 廣靈驢CAPN1基因核苷酸序列與其他物種的同源性比對

采用NJ(Neighbor-Jioning)法,通過Mega3.1軟件構建CAPN1蛋白的系統(tǒng)進化樹,設定為Kimura兩參數法,重復次數1000次,結果見圖4。由圖4可知,廣靈驢與馬先聚在一起,再與豬聚在一起,最后才與小鼠聚在一起,表明驢與馬的親緣關系最接近。圖3廣靈驢C....

圖3 廣靈驢CAPN1基因氨基酸序列與其他物種的同源性比對

圖2廣靈驢CAPN1基因核苷酸序列與其他物種的同源性比對圖4CAPN1蛋白系統(tǒng)進化樹

圖4 CAPN1蛋白系統(tǒng)進化樹

圖3廣靈驢CAPN1基因氨基酸序列與其他物種的同源性比對2.4生物信息學分析

本文編號：4031438