逆轉(zhuǎn)錄病毒是一類僅感染脊椎動(dòng)物的單鏈RNA病毒,在人類和動(dòng)物中可以引發(fā)多種疾病。逆轉(zhuǎn)錄病毒的復(fù)制需要將單鏈RNA逆轉(zhuǎn)錄成DNA然后整合到宿主基因組中。逆轉(zhuǎn)錄病毒通常感染宿主體細(xì)胞,但偶爾也會(huì)感染宿主生殖細(xì)胞。當(dāng)逆轉(zhuǎn)錄病毒感染宿主生殖細(xì)胞時(shí),整合到宿主基因組中的逆轉(zhuǎn)錄病毒(即內(nèi)源性逆轉(zhuǎn)錄病毒)便會(huì)作為宿主基因組的一部分開始從親代到子代的垂直遺傳。內(nèi)源性逆轉(zhuǎn)錄病毒記錄了過去發(fā)生的逆轉(zhuǎn)錄病毒感染,為研究逆轉(zhuǎn)錄病毒的遠(yuǎn)古史提供了重要的“分子化石”。以往研究主要集中在哺乳動(dòng)物和鳥類基因組中的內(nèi)源性逆轉(zhuǎn)錄病毒,而目前對(duì)其他脊椎動(dòng)物基因組中內(nèi)源逆轉(zhuǎn)錄病毒的多樣性所知甚少。本研究使用一種基于同源序列識(shí)別結(jié)合系統(tǒng)發(fā)生分析的方法在92種低等脊椎動(dòng)物(72種魚類、4種兩棲類和16種爬行類)基因組中系統(tǒng)地挖掘內(nèi)源性逆轉(zhuǎn)錄病毒。本研究共發(fā)現(xiàn)8075條內(nèi)源性逆轉(zhuǎn)錄病毒序列,并重建出452條內(nèi)源性逆轉(zhuǎn)錄病毒全基因組或部分基因組序列。本研究通過對(duì)新發(fā)現(xiàn)的內(nèi)源性逆轉(zhuǎn)錄病毒以及其它具有代表性的逆轉(zhuǎn)錄病毒進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)生分析發(fā)現(xiàn)逆轉(zhuǎn)錄病毒可分為五大支系,為逆轉(zhuǎn)錄病毒的分類和宿主范圍提供了新的視角。為了研究跨宿主傳播和與宿主共進(jìn)化...

【文章頁數(shù)】：77 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

圖１．１逆轉(zhuǎn)錄病毒復(fù)制過程??Ｆｉｇｌ．ｌ?Ｒｅｔｒｏｖｉｒｕｓｅｓ?ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ??

于膜的內(nèi)外表面，參與物質(zhì)運(yùn)輸?shù)然顒?dòng)。較大的亞基通過接，被稱為表面（ｓｕｒｆａｃｅ，ＳＵ）蛋白。表面蛋白在識(shí)別［８］。??病毒可以編碼一些附屬基因。附屬基因通常編碼一些小史中發(fā)揮了重要的功能，比如調(diào)控病毒蛋白表達(dá)和對(duì)抗宿白是宿主的一種重要的限制性因子（ｒｅｓｔｒｉｃｔｉｏｎ?ｆａｃ....

圖１．２逆轉(zhuǎn)錄病毒分類示意圖［３２］??Ｆｉｇ?１．２?Ｐｈｙｌｏｇｅｎｙ?ａｎｄ?ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ?ｏｆ?ｒｅｔｒｏｖｉｒｕｓｅｓ?［３２］??

第１章緒論??逆轉(zhuǎn)錄病毒在調(diào)控宿主基因表達(dá)過程中也發(fā)揮了重要的作用。逆轉(zhuǎn)有很多順勢(shì)作用元件，因此內(nèi)源性逆轉(zhuǎn)錄病毒插入到基因的調(diào)控區(qū)的表達(dá)模式。Ｃｈｕｏｎｇ等人發(fā)現(xiàn)內(nèi)源性逆轉(zhuǎn)錄病毒參與到了干擾素化，并在多種哺乳動(dòng)物中獨(dú)立地成為很多干擾素誘導(dǎo)基因的增強(qiáng)子內(nèi)特定位置內(nèi)源性逆轉(zhuǎn)錄病毒的同....

圖２．１本研宄設(shè)計(jì)的內(nèi)源性逆轉(zhuǎn)錄病毒挖掘的基本路線??

挖掘方法可能會(huì)低估內(nèi)源性逆轉(zhuǎn)錄病毒的多樣性［２２］。為了克服基于首先識(shí)別ＬＴＲ的??內(nèi)源性逆轉(zhuǎn)錄病毒挖掘方法的缺陷，本研宄開發(fā)了一種基于同源序列識(shí)別結(jié)合系統(tǒng)發(fā)??生分析的內(nèi)源性逆轉(zhuǎn)錄病毒挖掘方法。本研究開發(fā)的新方法基本思路如圖２．１所示，??可以分為三個(gè)主要步驟：??（１）

圖３．１內(nèi)源性逆轉(zhuǎn)錄病毒系統(tǒng)發(fā)生分析??Ｆｉｇ３．１?Ｅｎｄｏｇｅｎｏｕｓ?ｒｅｔｒｏｖｉｒｕｓｅｓ?ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ?ａｎａｌｙｓｉｓ??

２．１逆轉(zhuǎn)錄病毒系統(tǒng)發(fā)生分析??本研宄對(duì)低等脊椎動(dòng)物內(nèi)源性逆轉(zhuǎn)錄病毒以及其它具有代表性的內(nèi)源性和外源??性逆轉(zhuǎn)錄病毒進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)生分析（圖３．１、圖３．２）。系統(tǒng)發(fā)生分析將逆轉(zhuǎn)錄病毒分為??五個(gè)大的支系，每一簇均有很高的置信度支持（＞９５％）。我們將這五個(gè)支系分別命??名為“金、木....

本文編號(hào)：4031611