目的通過(guò)二代測(cè)序?qū)IV感染者血液標(biāo)本進(jìn)行宏基因組學(xué)分析,了解HIV感染者的微生物組,并檢測(cè)在HIV病毒感染不同階段的共感染病原體多樣性的差異。方法將HIV感染者分為近期感染,長(zhǎng)期感染,艾滋病發(fā)病期3個(gè)實(shí)驗(yàn)組和健康組(對(duì)照組)一同進(jìn)行宏基因組測(cè)序分析,每組包括30個(gè)由血液中心和醫(yī)院收集的血漿標(biāo)本。在同一組中將10個(gè)樣品作為1個(gè)單元混合后,提取各組的總DNA和總RNA,進(jìn)行隨機(jī)引物PCR、建庫(kù)上機(jī)深度測(cè)序,利用Korna的方法分析宏基因組數(shù)據(jù)。并確定其中的微生物組,分析HIV不同感染階段的合并感染病原體的差異。結(jié)果每個(gè)標(biāo)本通過(guò)二代測(cè)序獲得的5 GB數(shù)據(jù),生物信息分析發(fā)現(xiàn)HIV長(zhǎng)期感染患者中病原體的豐度和多樣性明顯高于其他3組,主要的合并感染病原體是假單胞菌屬、伯克霍爾德菌屬以及腸桿菌科等。HIV近期感染中具有威脅性的主要病原體包括假單胞菌屬、埃希氏菌屬,寡養(yǎng)單胞菌屬、伯克霍爾德氏菌和依賴病毒屬;長(zhǎng)期感染階段主要病原體有假單胞菌屬、埃希氏菌屬、沙雷氏菌屬、伯克霍爾德菌屬和依賴病毒屬;埃希氏菌屬、假單胞菌屬、不動(dòng)桿菌屬、寡養(yǎng)單胞菌屬及正肝病毒屬則是AIDS患者實(shí)驗(yàn)組中豐度較高的合并感染病原體...

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【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 標(biāo)本收集
    1.2 構(gòu)建文庫(kù)及測(cè)序
    1.3 數(shù)據(jù)分析
2 結(jié)果
    2.1 高通量測(cè)序結(jié)果
    2.2 病原體的序列分析
    2.3 主成分分析
3 討論



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