目的:人類免疫缺陷性病毒(Human Immunodeficiency Virus,HIV)是導(dǎo)致艾滋病(Acquired Immune Deficiency Syndrome,AIDS)的病原體,分為HIV-1和HIV-2兩種類型,其中HIV-1是引起全球艾滋病流行的主要類型。本研究基于甘肅省臨床樣本對(duì)甘肅省近年流行HIV-1病毒株特點(diǎn)、耐藥基因型進(jìn)行研究,分析流行病學(xué)相關(guān)數(shù)據(jù),為甘肅省HIV的精準(zhǔn)診斷、預(yù)防策略和治療提供參考。方法:選取2016年1月-2018年5月甘肅省疾病預(yù)防控制中心(GS-CDC)留存的HIV-1確證試驗(yàn)陽性且病毒載量≥1000(拷貝數(shù)/ml)的血漿114例,用巢式RT-PCR的方法,進(jìn)行HIV-1基因分型研究。用瓊脂糖凝膠電泳驗(yàn)證陽性的PCR產(chǎn)物,送華大基因公司測序,測序結(jié)果通過美國Los Alamos國家實(shí)驗(yàn)室HIV核酸序列庫的HIV-BLAST工具,依據(jù)同源性對(duì)gag、pol、env三個(gè)基因區(qū)域的基因型進(jìn)行鑒定。鑒定結(jié)果用系統(tǒng)樹分析做進(jìn)一步證實(shí)。序列的比對(duì)、同源性分析應(yīng)用Clustal X 1.83軟件,使用Mega 4.1軟件利用]NNeighbor-j oining法構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹。不同標(biāo)準(zhǔn)參考序列從美國Los Alamos網(wǎng)站上的HIV databases中下載(https://www.hiv.lanl.gov/content/index)。利用Mega 4.1軟件中的distance程序中的Kimura雙參數(shù)方法計(jì)算序列間的基因離散率,即基因距離分析。通過前期分型前期研究發(fā)現(xiàn),甘肅省中有CRF55_01B和CRF65_cpx流行重組型各3例。在前期分型研究基礎(chǔ)上,選擇HIV-1基因型CRF55_01B和CRF65_cpx陽性共6例;選擇gag、pol和env基因均陽性樣本10例,gag和env陽性樣本3例,合計(jì)19份樣本,進(jìn)行HIV-1近乎全長基因序列(NFLG)分析,利用SimPlot軟件做進(jìn)一步分析;選取2018年3月到5月甘肅省疾病預(yù)防控制中心留存的HIV-1確證試驗(yàn)陽性且患者未曾服藥病毒載量≥1000(拷貝數(shù)/ml)的血漿27例,進(jìn)行甘肅省近年HIV/AIDS耐藥基因型特征研究。結(jié)果:用巢式RT-PCR檢測114例HIV-1陽性血漿樣本,結(jié)果分別檢測到HIV-lgag基因39例、pol基因24例,env基因57例,gag,pol,env三種結(jié)構(gòu)基因中至少有一種檢出的有68例,三者均檢出10例,三者均未檢出46例。在至少有一種基因表達(dá)的68例樣本測序比對(duì)結(jié)果顯示,甘肅省近年HIV-1基因型有B亞型、C亞型,CRF07_BC、CRF01_AE、CRF08_BC,其中以CRF07_BC和CRF01_AE重組型為主,分別占41.18%和27.94%。此外發(fā)現(xiàn)有新傳入甘肅省的CRF55_01B、CRF65_cpx各3例。同時(shí),分析樣本庫的人口學(xué)和地理學(xué)信息特點(diǎn)顯示,甘肅省HIV陽性人群以男性為主,占85.29%(58/68);年齡集中在20-50歲青壯年,占82.3 5%(56/68);甘肅省HIV-1基因型分布具有顯著的地域特征,HIV陽性地區(qū)有地域優(yōu)勢病毒株,臨夏市以CRF01_AE為主,占37.0%(10/27),定西市為CRF07_BC,占58.8%(10/17)。在甘肅省HIV-1近乎全長基因序列(NFLG)分析過程中,成功擴(kuò)增并拼接出6例樣本的基因序列。這6例樣本有3例為甘肅省未曾報(bào)道新傳入的流行毒株CRF55_01B,通過NFLG與各自的參考株比較,其重組模式相同和重組斷點(diǎn)相似。選擇的27例HIV陽性未曾服藥的樣本,對(duì)pol基因逆轉(zhuǎn)錄酶編碼(RT)區(qū)的耐藥基因序列分析結(jié)果顯示,BC重組型13例,CRF01_AE 10例,4份樣本不能確定基因型。將pol基因逆轉(zhuǎn)錄酶區(qū)序列提交斯坦福大學(xué)HIV耐藥數(shù)據(jù)庫進(jìn)行耐藥突變分析,在甘肅省27例HIV-1感染人群中發(fā)現(xiàn)有耐藥相關(guān)突變發(fā)生情況8例(8/27),并發(fā)現(xiàn)有針對(duì)蛋白酶抑制劑的耐藥毒株的傳播。結(jié)論:甘肅省近年HIV-1流行以CRF07_BC和CRF01_AE流行重組型為主,與全國HIV-1的主要流行的基因型相似;發(fā)現(xiàn)甘肅省有CRF55_01B、CRF65_cpx基因型的流行和耐藥基因型傳播;各基因型分布具有顯著的地域特征,本研究補(bǔ)充了甘肅省近年HIV-1流行和基因型信息。目的:中國早期HIV的傳播主要是通過靜脈注射吸毒人群(IDUs)。目前,HIV在中國的傳播逐漸由高危人群轉(zhuǎn)向普通人群,以性途徑傳播為主。早期通過靜脈注射吸毒途徑傳播的HIV基因型可能是影響我國HIV流行基因型的主要因素。對(duì)靜脈注射吸毒人群感染的HIV基因型進(jìn)行全面分析,可以為中國HIV的分子流行和傳播類型提供綜合證據(jù)。因此,我們對(duì)靜脈注射吸毒人群的HIV流行和基因型進(jìn)行Meta分析。方法:檢索數(shù)據(jù)庫:PubMed,Web of Science,Cochrane Library,中國知網(wǎng)(CNKI),中國生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫(CBM),萬方數(shù)據(jù)庫和維普數(shù)據(jù)庫。檢索時(shí)間范圍是自數(shù)據(jù)庫建庫之日起至2018年5月。中文數(shù)據(jù)庫檢索詞為:(“人類免疫缺陷病毒”或“HIV”或“艾滋病”或“獲得性免疫缺陷綜合征”)和(“亞型”或“基因型”或“分子流行病學(xué)”)和(“傳播”或“感染”或“靜脈注射吸毒”或“注射吸毒”)和(“中國”或“中國人”或“省份名稱”)。英文數(shù)據(jù)庫檢索詞為:(“human immunodeficiency virus”O(jiān)R“HIV”O(jiān)R“HIV-1”O(jiān)R“AIDS”O(jiān)R“acquired immunodeficiency syndrome”)AND(“subtype”O(jiān)R“genotype”O(jiān)R“molecular epidemiology”)AND(“intravenous drug users”O(jiān)R“IDU”)AND(“China”O(jiān)R“Chinese”O(jiān)R“l(fā)ocation=province”)。納入文獻(xiàn)使用Endnote X7軟件管理,數(shù)據(jù)信息使用Microsoft Excel 2007軟件整理;數(shù)據(jù)處理使用SPSS 18.0軟件和MATLAB R2016b軟件;文獻(xiàn)檢索納入排除流程圖制作使用RevMan 5.3軟件;Meta分析使用R 3.3.1軟件。使用Cochran的Q和I2統(tǒng)計(jì)量確定異質(zhì)性,使用隨機(jī)效應(yīng)模型分析。漏斗圖和Egger檢驗(yàn)用于觀察發(fā)表偏倚。根據(jù)研究時(shí)間,研究區(qū)域和擴(kuò)增的基因數(shù)量進(jìn)行亞組分析,使用卡方檢驗(yàn)分析亞組間比例的差異。敏感性分析用于檢測結(jié)果的穩(wěn)定性。結(jié)果:從7個(gè)電子數(shù)據(jù)庫共檢索到7149篇文獻(xiàn):PubMed 1307篇;Web of Science 1002篇;CNKI 2496篇;Wanfang 1195篇;CBM 744篇;Weipu 405篇。按照納入和排除標(biāo)準(zhǔn),刪除882篇重復(fù)文獻(xiàn),共篩選出6267篇。通過閱讀6267篇文章的標(biāo)題和摘要,排除了3987篇文章。通過閱讀2280篇論文的全文,最終納入符合納入標(biāo)準(zhǔn)和排除文獻(xiàn)45篇,發(fā)表時(shí)間的為2005年至2017年,共計(jì)2765例HIV陽性樣本。Meta分析結(jié)果顯示,在中國靜脈注射吸毒人群中,CRF07_BC感染的總比例為45.18%(95%CI:33.55-57.08%),CRF01_AE為 16.00%(95%CI:9.39-23.82%),CRF08_BC為13.43%(95%CI:7.32-20.84%),B/B'亞型為3.58%(95%CI:1.52-6.24%),C亞型為0.90%(95%CI:0.04-2.43%)。在1991-2015年間,中國靜脈注射吸毒人群中主要流行的HIV-1是CRF07_BC。以不同時(shí)間段為亞組分析,CRF07_BC和CRF08_BC的流行病例人數(shù)在不同時(shí)間段內(nèi)有波動(dòng)。以流行地區(qū)為亞組分析結(jié)果顯示,東部地區(qū)以CRF07_BC(63.26%,95%CI 50.87-74.89)和CRF01_AE(21.70%,95%CI 11.92-33.24)為主。中部地區(qū)主要流行毒株為CRF07_BC(54.17%,95%CI 20.10-86.32)和B/B亞型(23.44%,95%CI 0.02-64.29)。東南部地區(qū)主要流行CRF07_BC(45.30%,95%CI 23.77-67.75)和CRF01_AE(39.84%,95%CI 19.64-61.96)。西南部地區(qū)主要流行CRF08_BC(47.39%,95%CI 32.17-62.84)、CRF07_BC(13.52%,95%CI 8.96-18.74)、CRF01_AE(6.89%,95%CI 2.15-13.49)和C亞型(2.56%,95%CI 0.00-8.41)。結(jié)論:靜脈注射吸毒人群HIV-1無論是流行時(shí)間和流行區(qū)域,主要流行的HIV-1基因型以CRF07_BC、CRF0I_AE和CRF08_BC為主,與如今以性傳播為主的HIV-1流行趨勢相似。
【學(xué)位單位】:蘭州大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【學(xué)位年份】:2019
【中圖分類】:R512.91;R181.3
【部分圖文】:
→M:DNA marker II C:ddH2O 對(duì)照1,2,3 陽性 4,5 陰性圖 1 gag 基因巢式 RT-PCR 產(chǎn)物瓊脂糖凝膠電泳結(jié)果100bp→M:DNA marker II C:ddH2O 對(duì)照1,2 陰性 3,4,5 陽性圖 2 pol 基因巢式 RT-PCR 產(chǎn)物瓊脂糖凝膠

→M:DNA marker II C:ddH2O 對(duì)照1,2,3 陽性 4,5 陰性圖 1 gag 基因巢式 RT-PCR 產(chǎn)物瓊脂糖凝膠電泳結(jié)果100bp→M:DNA marker II C:ddH2O 對(duì)照1,2 陰性 3,4,5 陽性圖 2 pol 基因巢式 RT-PCR 產(chǎn)物瓊脂糖凝膠

圖 4 甘肅省 HIV-1 編號(hào)為 GS-1 樣本 RT-PCR env 區(qū)測序結(jié)肅省 HIV-1 陽性樣本 gag、pol 和 env 測序結(jié)果統(tǒng)計(jì)分析有測序結(jié)果在美國 Los Alamos 數(shù)據(jù)庫中進(jìn)行比對(duì),結(jié)果1 月-2018 年 6 月期間,感染的 HIV 病毒株的基因型主要:C
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本文編號(hào):
2882289