目的:人類免疫缺陷性病毒(Human Immunodeficiency Virus,HIV)是導(dǎo)致艾滋病(Acquired Immune Deficiency Syndrome,AIDS)的病原體,分為HIV-1和HIV-2兩種類型,其中HIV-1是引起全球艾滋病流行的主要類型。本研究基于甘肅省臨床樣本對(duì)甘肅省近年流行HIV-1病毒株特點(diǎn)、耐藥基因型進(jìn)行研究,分析流行病學(xué)相關(guān)數(shù)據(jù),為甘肅省HIV的精準(zhǔn)診斷、預(yù)防策略和治療提供參考。方法:選取2016年1月-2018年5月甘肅省疾病預(yù)防控制中心(GS-CDC)留存的HIV-1確證試驗(yàn)陽性且病毒載量≥1000(拷貝數(shù)/ml)的血漿114例,用巢式RT-PCR的方法,進(jìn)行HIV-1基因分型研究。用瓊脂糖凝膠電泳驗(yàn)證陽性的PCR產(chǎn)物,送華大基因公司測序,測序結(jié)果通過美國Los Alamos國家實(shí)驗(yàn)室HIV核酸序列庫的HIV-BLAST工具,依據(jù)同源性對(duì)gag、pol、env三個(gè)基因區(qū)域的基因型進(jìn)行鑒定。鑒定結(jié)果用系統(tǒng)樹分析做進(jìn)一步證實(shí)。序列的比對(duì)、同源性分析應(yīng)用Clustal X 1.83軟件,使用Mega 4.1軟件利用]NNeighbor-j oining法構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹。不同標(biāo)準(zhǔn)參考序列從美國Los Alamos網(wǎng)站上的HIV databases中下載(https://www.hiv.lanl.gov/content/index)。利用Mega 4.1軟件中的distance程序中的Kimura雙參數(shù)方法計(jì)算序列間的基因離散率,即基因距離分析。通過前期分型前期研究發(fā)現(xiàn),甘肅省中有CRF55_01B和CRF65_cpx流行重組型各3例。在前期分型研究基礎(chǔ)上,選擇HIV-1基因型CRF55_01B和CRF65_cpx陽性共6例;選擇gag、pol和env基因均陽性樣本10例,gag和env陽性樣本3例,合計(jì)19份樣本,進(jìn)行HIV-1近乎全長基因序列(NFLG)分析,利用SimPlot軟件做進(jìn)一步分析;選取2018年3月到5月甘肅省疾病預(yù)防控制中心留存的HIV-1確證試驗(yàn)陽性且患者未曾服藥病毒載量≥1000(拷貝數(shù)/ml)的血漿27例,進(jìn)行甘肅省近年HIV/AIDS耐藥基因型特征研究。結(jié)果:用巢式RT-PCR檢測114例HIV-1陽性血漿樣本,結(jié)果分別檢測到HIV-lgag基因39例、pol基因24例,env基因57例,gag,pol,env三種結(jié)構(gòu)基因中至少有一種檢出的有68例,三者均檢出10例,三者均未檢出46例。在至少有一種基因表達(dá)的68例樣本測序比對(duì)結(jié)果顯示,甘肅省近年HIV-1基因型有B亞型、C亞型,CRF07_BC、CRF01_AE、CRF08_BC,其中以CRF07_BC和CRF01_AE重組型為主,分別占41.18%和27.94%。此外發(fā)現(xiàn)有新傳入甘肅省的CRF55_01B、CRF65_cpx各3例。同時(shí),分析樣本庫的人口學(xué)和地理學(xué)信息特點(diǎn)顯示,甘肅省HIV陽性人群以男性為主,占85.29%(58/68);年齡集中在20-50歲青壯年,占82.3 5%(56/68);甘肅省HIV-1基因型分布具有顯著的地域特征,HIV陽性地區(qū)有地域優(yōu)勢病毒株,臨夏市以CRF01_AE為主,占37.0%(10/27),定西市為CRF07_BC,占58.8%(10/17)。在甘肅省HIV-1近乎全長基因序列(NFLG)分析過程中,成功擴(kuò)增并拼接出6例樣本的基因序列。這6例樣本有3例為甘肅省未曾報(bào)道新傳入的流行毒株CRF55_01B,通過NFLG與各自的參考株比較,其重組模式相同和重組斷點(diǎn)相似。選擇的27例HIV陽性未曾服藥的樣本,對(duì)pol基因逆轉(zhuǎn)錄酶編碼(RT)區(qū)的耐藥基因序列分析結(jié)果顯示,BC重組型13例,CRF01_AE 10例,4份樣本不能確定基因型。將pol基因逆轉(zhuǎn)錄酶區(qū)序列提交斯坦福大學(xué)HIV耐藥數(shù)據(jù)庫進(jìn)行耐藥突變分析,在甘肅省27例HIV-1感染人群中發(fā)現(xiàn)有耐藥相關(guān)突變發(fā)生情況8例(8/27),并發(fā)現(xiàn)有針對(duì)蛋白酶抑制劑的耐藥毒株的傳播。結(jié)論:甘肅省近年HIV-1流行以CRF07_BC和CRF01_AE流行重組型為主,與全國HIV-1的主要流行的基因型相似;發(fā)現(xiàn)甘肅省有CRF55_01B、CRF65_cpx基因型的流行和耐藥基因型傳播;各基因型分布具有顯著的地域特征,本研究補(bǔ)充了甘肅省近年HIV-1流行和基因型信息。目的:中國早期HIV的傳播主要是通過靜脈注射吸毒人群(IDUs)。目前,HIV在中國的傳播逐漸由高危人群轉(zhuǎn)向普通人群,以性途徑傳播為主。早期通過靜脈注射吸毒途徑傳播的HIV基因型可能是影響我國HIV流行基因型的主要因素。對(duì)靜脈注射吸毒人群感染的HIV基因型進(jìn)行全面分析,可以為中國HIV的分子流行和傳播類型提供綜合證據(jù)。因此,我們對(duì)靜脈注射吸毒人群的HIV流行和基因型進(jìn)行Meta分析。方法:檢索數(shù)據(jù)庫:PubMed,Web of Science,Cochrane Library,中國知網(wǎng)(CNKI),中國生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫(CBM),萬方數(shù)據(jù)庫和維普數(shù)據(jù)庫。檢索時(shí)間范圍是自數(shù)據(jù)庫建庫之日起至2018年5月。中文數(shù)據(jù)庫檢索詞為:(“人類免疫缺陷病毒”或“HIV”或“艾滋病”或“獲得性免疫缺陷綜合征”)和(“亞型”或“基因型”或“分子流行病學(xué)”)和(“傳播”或“感染”或“靜脈注射吸毒”或“注射吸毒”)和(“中國”或“中國人”或“省份名稱”)。英文數(shù)據(jù)庫檢索詞為:(“human immunodeficiency virus”O(jiān)R“HIV”O(jiān)R“HIV-1”O(jiān)R“AIDS”O(jiān)R“acquired immunodeficiency syndrome”)AND(“subtype”O(jiān)R“genotype”O(jiān)R“molecular epidemiology”)AND(“intravenous drug users”O(jiān)R“IDU”)AND(“China”O(jiān)R“Chinese”O(jiān)R“l(fā)ocation=province”)。納入文獻(xiàn)使用Endnote X7軟件管理,數(shù)據(jù)信息使用Microsoft Excel 2007軟件整理;數(shù)據(jù)處理使用SPSS 18.0軟件和MATLAB R2016b軟件;文獻(xiàn)檢索納入排除流程圖制作使用RevMan 5.3軟件;Meta分析使用R 3.3.1軟件。使用Cochran的Q和I2統(tǒng)計(jì)量確定異質(zhì)性,使用隨機(jī)效應(yīng)模型分析。漏斗圖和Egger檢驗(yàn)用于觀察發(fā)表偏倚。根據(jù)研究時(shí)間,研究區(qū)域和擴(kuò)增的基因數(shù)量進(jìn)行亞組分析,使用卡方檢驗(yàn)分析亞組間比例的差異。敏感性分析用于檢測結(jié)果的穩(wěn)定性。結(jié)果:從7個(gè)電子數(shù)據(jù)庫共檢索到7149篇文獻(xiàn):PubMed 1307篇;Web of Science 1002篇;CNKI 2496篇;Wanfang 1195篇;CBM 744篇;Weipu 405篇。按照納入和排除標(biāo)準(zhǔn),刪除882篇重復(fù)文獻(xiàn),共篩選出6267篇。通過閱讀6267篇文章的標(biāo)題和摘要,排除了3987篇文章。通過閱讀2280篇論文的全文,最終納入符合納入標(biāo)準(zhǔn)和排除文獻(xiàn)45篇,發(fā)表時(shí)間的為2005年至2017年,共計(jì)2765例HIV陽性樣本。Meta分析結(jié)果顯示,在中國靜脈注射吸毒人群中,CRF07_BC感染的總比例為45.18%(95%CI:33.55-57.08%),CRF01_AE為 16.00%(95%CI:9.39-23.82%),CRF08_BC為13.43%(95%CI:7.32-20.84%),B/B'亞型為3.58%(95%CI:1.52-6.24%),C亞型為0.90%(95%CI:0.04-2.43%)。在1991-2015年間,中國靜脈注射吸毒人群中主要流行的HIV-1是CRF07_BC。以不同時(shí)間段為亞組分析,CRF07_BC和CRF08_BC的流行病例人數(shù)在不同時(shí)間段內(nèi)有波動(dòng)。以流行地區(qū)為亞組分析結(jié)果顯示,東部地區(qū)以CRF07_BC(63.26%,95%CI 50.87-74.89)和CRF01_AE(21.70%,95%CI 11.92-33.24)為主。中部地區(qū)主要流行毒株為CRF07_BC(54.17%,95%CI 20.10-86.32)和B/B亞型(23.44%,95%CI 0.02-64.29)。東南部地區(qū)主要流行CRF07_BC(45.30%,95%CI 23.77-67.75)和CRF01_AE(39.84%,95%CI 19.64-61.96)。西南部地區(qū)主要流行CRF08_BC(47.39%,95%CI 32.17-62.84)、CRF07_BC(13.52%,95%CI 8.96-18.74)、CRF01_AE(6.89%,95%CI 2.15-13.49)和C亞型(2.56%,95%CI 0.00-8.41)。結(jié)論:靜脈注射吸毒人群HIV-1無論是流行時(shí)間和流行區(qū)域,主要流行的HIV-1基因型以CRF07_BC、CRF0I_AE和CRF08_BC為主,與如今以性傳播為主的HIV-1流行趨勢相似。
【學(xué)位單位】：蘭州大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位年份】：2019
【中圖分類】：R512.91;R181.3
【部分圖文】：
→M：DNA marker II C：ddH2O 對(duì)照1,2,3 陽性 4,5 陰性圖 1 gag 基因巢式 RT-PCR 產(chǎn)物瓊脂糖凝膠電泳結(jié)果100bp→M：DNA marker II C：ddH2O 對(duì)照1,2 陰性 3,4,5 陽性圖 2 pol 基因巢式 RT-PCR 產(chǎn)物瓊脂糖凝膠
→M：DNA marker II C：ddH2O 對(duì)照1,2,3 陽性 4,5 陰性圖 1 gag 基因巢式 RT-PCR 產(chǎn)物瓊脂糖凝膠電泳結(jié)果100bp→M：DNA marker II C：ddH2O 對(duì)照1,2 陰性 3,4,5 陽性圖 2 pol 基因巢式 RT-PCR 產(chǎn)物瓊脂糖凝膠
圖 4 甘肅省 HIV-1 編號(hào)為 GS-1 樣本 RT-PCR env 區(qū)測序結(jié)肅省 HIV-1 陽性樣本 gag、pol 和 env 測序結(jié)果統(tǒng)計(jì)分析有測序結(jié)果在美國 Los Alamos 數(shù)據(jù)庫中進(jìn)行比對(duì)，結(jié)果1 月-2018 年 6 月期間，感染的 HIV 病毒株的基因型主要：C
【相似文獻(xiàn)】
相關(guān)期刊論文 前10條
1 廖書娟;李燕;袁素華;;地塞米松預(yù)處理導(dǎo)管預(yù)防PICC置管患者靜脈炎效果的META分析[J];雅安職業(yè)技術(shù)學(xué)院學(xué)報(bào);2013年02期
2 ;系統(tǒng)評(píng)價(jià)/Meta分析七天培訓(xùn)班[J];中國循證醫(yī)學(xué)雜志;2019年04期
3 ;系統(tǒng)評(píng)價(jià)/Meta分析七天培訓(xùn)班[J];中國循證醫(yī)學(xué)雜志;2019年05期
4 莊黎明;蔡耿明;李忠華;吳烽芳;文晶瑩;張曉東;;國內(nèi)改良及傳統(tǒng)懸雍垂腭咽成形術(shù)治療阻塞性睡眠呼吸暫停低通氣綜合征的Meta分析[J];福建醫(yī)藥雜志;2018年01期
5 朱映華;;琥珀酸美托洛爾緩釋片與酒石酸美托洛爾片治療慢性心力衰竭臨床療效的Meta分析[J];中國實(shí)用醫(yī)藥;2018年10期
6 龐相軍;辛桂杰;;食管靜脈曲張破裂出血一級(jí)預(yù)防療法的比較:系統(tǒng)評(píng)價(jià)和網(wǎng)絡(luò)Meta分析[J];臨床肝膽病雜志;2018年10期
7 楊博;唐瞻貴;;丹參聯(lián)合醋酸曲安奈德注射液治療口腔黏膜下纖維化的Meta分析[J];中成藥;2018年10期
8 林晚;張旭;張飛雄;阮繼剛;;中國人群高脂血癥性急性胰腺炎與急性膽源性胰腺炎臨床特征的Meta分析[J];寧夏醫(yī)科大學(xué)學(xué)報(bào);2017年09期
9 曾琴;陳鑫;;精神疾病與乳腺癌發(fā)病率的相關(guān)性meta分析[J];健康之路;2017年05期
10 何姍姍;陳曉鋒;王雪男;;柴胡加龍骨牡蠣湯加減治療失眠的Meta分析[J];湖南中醫(yī)雜志;2019年07期
相關(guān)博士學(xué)位論文 前10條
1 馬金輝;基于meta分析及對(duì)松齡血脈康的臨床研究評(píng)價(jià)平肝法對(duì)高血壓的療效[D];中國中醫(yī)科學(xué)院;2018年
2 蔡澤忠;任脈上的交會(huì)穴治療不孕癥規(guī)律探討及Meta分析[D];廣州中醫(yī)藥大學(xué);2017年
3 熊朝暉;Survivin與腎癌預(yù)后關(guān)系的系統(tǒng)評(píng)價(jià)和meta分析[D];安徽醫(yī)科大學(xué);2017年
4 張愛莉;柴胡加龍骨牡蠣湯治療心臟神經(jīng)癥的臨床觀察及Meta分析[D];黑龍江中醫(yī)藥大學(xué);2018年
5 毛靜瑜;中醫(yī)藥治療三陰性乳腺癌的Meta分析及臨床研究[D];南京中醫(yī)藥大學(xué);2018年
6 鄭連生;胃癌根治術(shù)聯(lián)合脾切除的Meta分析及保留脾臟脾門淋巴結(jié)清掃的臨床及解剖學(xué)觀察[D];南方醫(yī)科大學(xué);2017年
7 方芳;肝細(xì)胞癌等腫瘤與基因組遺傳變異的關(guān)聯(lián)及其相關(guān)信息平臺(tái)的構(gòu)建[D];復(fù)旦大學(xué);2013年
8 王昕;非甾體抗炎藥聯(lián)合氨基葡萄糖及關(guān)節(jié)鏡手術(shù)治療膝骨性關(guān)節(jié)炎的臨床研究[D];蘭州大學(xué);2013年
9 張芷毓（Chang Chihyu）;欖香烯乳注射液治療惡性漿膜腔積液臨床研究的系統(tǒng)評(píng)價(jià)[D];南京中醫(yī)藥大學(xué);2013年
10 畢文卿;天灸療法治療支氣管哮喘的系統(tǒng)評(píng)價(jià)及臨床正交設(shè)計(jì)研究[D];廣州中醫(yī)藥大學(xué);2014年
相關(guān)碩士學(xué)位論文 前10條
1 顏溪婷;選擇性雌激素受體調(diào)節(jié)劑-奧培米芬用于治療絕經(jīng)后外陰及陰道萎縮的Meta分析[D];廣西醫(yī)科大學(xué);2018年
2 石曉光;益生菌輔助根除幽門螺桿菌有效性及安全性的Meta分析[D];廣西醫(yī)科大學(xué);2019年
3 譚佩玲;保留神經(jīng)手術(shù)治療深部浸潤型子宮內(nèi)膜異位癥的可行性和安全性meta分析[D];廣西醫(yī)科大學(xué);2019年
4 磨丹;子宮內(nèi)膜癌腹主動(dòng)脈旁淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移危險(xiǎn)因素的meta分析[D];廣西醫(yī)科大學(xué);2019年
5 莫海霞;糖尿病患者罹患前列腺癌危險(xiǎn)性的meta分析[D];暨南大學(xué);2016年
6 陳小夢;MMPs基因的表達(dá)及多態(tài)性與食管癌關(guān)系的Meta分析[D];鄭州大學(xué);2019年
7 楊靜;地塞米松輔助治療兒童化膿性腦膜炎時(shí)機(jī)、療效及安全性的Meta分析[D];遵義醫(yī)科大學(xué);2019年
8 朱妮;機(jī)械按壓與人工按壓對(duì)院外心臟驟停病人復(fù)蘇效果對(duì)比的Meta分析[D];遵義醫(yī)科大學(xué);2019年
9 曾麗;認(rèn)知行為治療對(duì)精神分裂癥患者生活質(zhì)量影響的Meta分析[D];福建中醫(yī)藥大學(xué);2019年
10 秦國輝;雷珠單抗聯(lián)合手術(shù)治療新生血管性青光眼的Meta分析[D];新疆醫(yī)科大學(xué);2019年
本文編號(hào)：
2882289
