腸結(jié)核患者腸道菌群的特點(diǎn)
發(fā)布時(shí)間：2020-05-16 14:15
【摘要】：目的:研究腸結(jié)核患者與健康志愿者腸道菌群的差異,以及腸結(jié)核患者與炎癥性腸病患者腸道菌群的差異。方法:炎癥性腸病(IBD)患者3名(2名CD,1名UC)、腸結(jié)核患者5名、健康志愿者4名,取其糞便(n=12)進(jìn)行16S rDNA測(cè)序,對(duì)糞便菌群多樣性和組成進(jìn)行分析比較。結(jié)果:經(jīng)秩和檢驗(yàn)分析,三組間chao1指數(shù)無明顯差異(p=0.08),香農(nóng)指數(shù)(p=0.12)及辛普森指數(shù)(p=0.15)得出相同結(jié)果。UniFrac熱圖顯示樣本之間并未出現(xiàn)明顯的聚類現(xiàn)象,與此類似,PCo A分析同樣未出現(xiàn)明顯的聚類現(xiàn)象。菌群組成上,腸結(jié)核組伯克氏菌目(p=0.0365)、脫硫弧菌屬(p=0.0416)、嗜膽菌屬(p=0.0179)、阿里松氏菌屬(p=0.0108)及Parasutterella屬(p=0.0365)的豐度明顯低于正常對(duì)照組;相對(duì)于IBD組,腸結(jié)核組糞便中紫單胞菌科(p=0.0357)、副桿菌屬(p=0.0324)、普氏菌屬(p=0.0358)、羅斯氏菌屬(p=0.0498)的豐度顯著升高。此外,IBD組變形菌綱(p=0.0497)、脫硫弧菌目(p=0.0497)、氨基酸球菌科(p=0.0497)、脫硫弧菌科(p=0.0497)、理研菌科(p=0.0497)豐度顯著低于正常對(duì)照組;種屬水平上,相較于正常對(duì)照組,IBD組阿里松氏菌屬(p=0.0435)、嗜膽菌屬(p=0.0435)丁酸弧菌屬(p=0.0435)、梭菌XlVb屬(p=0.0497)、克洛諾菌屬(p=0.0435)、顫桿菌克屬(p=0.0497)、考拉桿菌屬(p=0.0497)、羅斯氏菌(p=0.0497)、瘤胃球菌屬(p=0.0435)、副桿菌屬(p=0.0435)、Barnesiella屬(p=0.0435)及Alistipes屬(p=0.0497)豐度顯著降低。結(jié)論:腸結(jié)核患者腸道菌群與健康者和IBD患者均存在明顯差異,主要表現(xiàn)為伯克氏菌目、脫硫弧菌屬、嗜膽菌屬、Parasutterella屬和阿里松氏菌屬豐度低于健康志愿者,紫單胞菌科、副桿菌屬、普氏菌屬、羅斯氏菌屬豐度高于IBD患者。因此,腸道菌群對(duì)腸結(jié)核與IBD的鑒別具有一定的臨床意義。此外,IBD患者腸道菌群與健康者同樣存在顯著差異。
【圖文】：
司)切膠回收 PCR 產(chǎn)物�；厥蘸�，利用 Thermo NanoDrop 2000 紫外微量分光光度計(jì)和 2%瓊脂糖凝膠電泳進(jìn)行文庫質(zhì)檢。3.2.5 PCR 產(chǎn)物定量和均一化文庫質(zhì)檢合格后，，使用 Qubit 進(jìn)行文庫定量，并根據(jù)每個(gè)樣品的數(shù)據(jù)量要求，進(jìn)行相應(yīng)比例的混合。3.2.6 Illumina 測(cè)序使用 Illumina HiSeq PE250 進(jìn)行上機(jī)測(cè)序，原理如圖 3.2。
圖 3.3 信息分析流程圖對(duì)原始數(shù)據(jù)進(jìn)行 QC 之后，用 Usearch 軟件對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行去嵌合體和聚類的操作，Usearch 聚類時(shí)，先將 Reads 按照豐度從大到小排序，通過97%相似度的標(biāo)準(zhǔn)聚類， 得到 OTU(Operational Taxonomic Units)，每個(gè) OTU 被認(rèn)為可代表一個(gè)物種。接下來對(duì)每個(gè)樣品的 Reads 進(jìn)行隨機(jī)抽平處理， 并提取對(duì)應(yīng)的 OTU 序列。然后使用 Qiime 軟件，做 Alpha 多樣性指數(shù)的稀釋曲線，根據(jù)稀釋曲線選擇合理的抽平參數(shù)，利用 Qiime 軟件對(duì)得到的抽平后的 OTU 進(jìn)行分析，首先從 OTU 中分別提取一條 Read 作為代表序列，使用 RDP 方法，將該代表序列與 16S 數(shù)據(jù)庫比對(duì)，從而對(duì)
【學(xué)位授予單位】：吉林大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2018
【分類號(hào)】：R524
本文編號(hào)：2666858
【圖文】：
司)切膠回收 PCR 產(chǎn)物�；厥蘸�，利用 Thermo NanoDrop 2000 紫外微量分光光度計(jì)和 2%瓊脂糖凝膠電泳進(jìn)行文庫質(zhì)檢。3.2.5 PCR 產(chǎn)物定量和均一化文庫質(zhì)檢合格后，，使用 Qubit 進(jìn)行文庫定量，并根據(jù)每個(gè)樣品的數(shù)據(jù)量要求，進(jìn)行相應(yīng)比例的混合。3.2.6 Illumina 測(cè)序使用 Illumina HiSeq PE250 進(jìn)行上機(jī)測(cè)序，原理如圖 3.2。
圖 3.3 信息分析流程圖對(duì)原始數(shù)據(jù)進(jìn)行 QC 之后，用 Usearch 軟件對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行去嵌合體和聚類的操作，Usearch 聚類時(shí)，先將 Reads 按照豐度從大到小排序，通過97%相似度的標(biāo)準(zhǔn)聚類， 得到 OTU(Operational Taxonomic Units)，每個(gè) OTU 被認(rèn)為可代表一個(gè)物種。接下來對(duì)每個(gè)樣品的 Reads 進(jìn)行隨機(jī)抽平處理， 并提取對(duì)應(yīng)的 OTU 序列。然后使用 Qiime 軟件，做 Alpha 多樣性指數(shù)的稀釋曲線，根據(jù)稀釋曲線選擇合理的抽平參數(shù)，利用 Qiime 軟件對(duì)得到的抽平后的 OTU 進(jìn)行分析，首先從 OTU 中分別提取一條 Read 作為代表序列，使用 RDP 方法，將該代表序列與 16S 數(shù)據(jù)庫比對(duì)，從而對(duì)
【學(xué)位授予單位】：吉林大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2018
【分類號(hào)】：R524
【參考文獻(xiàn)】
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1 劉小偉;崔熠;歐陽春暉;李學(xué)峰;盧放根;吳小平;;克羅恩病與腸結(jié)核患者的糞便菌群特征及其鑒別診斷價(jià)值[J];中南大學(xué)學(xué)報(bào)(醫(yī)學(xué)版);2010年11期
本文編號(hào)：2666858
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