發(fā)布時間：2020-04-11 07:01

【摘要】：目的:(1)了解2013-2018年舟山海島地區(qū)急性胃腸炎散發(fā)人群中諾如病毒流行病學特征,基因型別分布以及優(yōu)勢流行株的動態(tài)變化。(2)了解舟山海島地區(qū)GII.P16-GII.2及GII.P17-GII.17型諾如病毒的基因特征,進化歷程以及時空傳播動態(tài)。方法:(1)收集2013-2018年舟山醫(yī)院腸道門診中符合病毒性腹瀉診斷標準的患者糞便或肛拭子樣本1849份及腹瀉個案調查表。(2)對采集的樣本采用實時熒光定量聚合酶鏈式反應法(Realtime Fluorescence Quantitative Polymerase Chain Reaction,RT-qPCR)檢測諾如病毒,并結合調查資料對諾如病毒的流行特征進行分析。采用逆轉錄聚合酶鏈式反應法(Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction,RT-PCR)對諾如病毒陽性樣本進行擴增,將陽性產(chǎn)物進行測序并對序列進行基因分型及使用MEGA構建系統(tǒng)進化樹,從分子水平分析舟山海島地區(qū)急性胃腸炎散發(fā)人群中諾如病毒毒株流行狀況,基因型別分布以及優(yōu)勢流行株的動態(tài)變化。(3)使用RT-PCR法對舟山海島地區(qū)的主要流行株GII.P17-GII.17以及GII.P16-GII.2型諾如病毒擴增近乎完整的VP1區(qū)以及GII.P16RdRp區(qū),將陽性產(chǎn)物進行測序并使用Simplot識別不用亞型之間的重組事件;使用RAxML軟件采用最大似然法(Maximum-likelihood,ML)構建ML樹;使用MEGA軟件測量不同進化簇之間的平均氨基酸距離,最后使用BEAST v.1.8.2軟件中貝葉斯一馬爾科夫鏈一蒙特卡洛(MCMC)方法以及貝葉斯隨機變量搜索模型(BSSVS)對舟山海島地區(qū)GII.P16-GII.2以及GII.P17-GII.17進行分子進化,譜系地理發(fā)生學分析。結果:(1)2013.01-2018.08共收集舟山醫(yī)院急性胃腸炎患者糞便或肛拭子樣本1849份,其中諾如病毒陽性樣本134份,GII型陽性120份(89.55%),GI型陽性14份(10.55%),男女比例為1.65:1,年平均陽性率7.24%,陽性率呈現(xiàn)逐年上升趨勢(?~2_(trend)=22.72,P0.05),年齡組以15-40歲組陽性率最高為11.00%,月份以12月-4月陽性率最高為18.62%,發(fā)病高峰在4月份。共檢測出16種諾如病毒基因型,GII型諾如病毒10種,GI型諾如病毒6種。前三位基因型為GII.P17-GII.17(38.75%),GII.Pe-GII.4_Sydney_2012(18.03%),GII.P16-GII.2(17.12%),不同基因型別年齡組間分布差異具有統(tǒng)計學意義(?~2=17.34,P=0.0080.05)。2013-2014以GII.Pe-GII.4_Sydney_2012為主要流行株,2015-2016年GII.P17-GII.17為絕對優(yōu)勢流行株,2017-2018年以GII.P16-GII.2和GII.P17-GII.17伴隨交替流行。(2)Simplot分析結果顯示,舟山海島GII.P16-GII.2型諾如病毒由GII.P16RdRp區(qū)以及GII.2VP1區(qū)重組而成,重組位點位于ORF1-ORF2連接區(qū)5052-5053bp處,GII.P16可以分為a,b,c三簇,其中舟山海島GII.P16型隸屬于GII.P16c簇。對GII.P16型諾如病毒進化分析顯示其進化速率為2.64×10~(-3)(2.17 3.08×10~(-3))替代/位點/年,推算GII.P16型諾如病毒的最近共同祖先(The Most Recent Common Ancestor,TMRCA)出現(xiàn)在1983(1978-1989)年,2016-2017年浮現(xiàn)并流行的新GII.P16c簇由2012-2013分化自2010-2012年日本GII.P16-GII.2毒株。GII.2可以分為a,b,c,d四簇,舟山海島GII.2型隸屬于GII.2d簇。對GII.2型諾如病毒的譜系地理發(fā)生學結果顯示,其進化速率為3.36×10~(-3)(2.66 4.04×10~(-3))替代/位點/年,推算GII.2型諾如病毒的TMRCA出現(xiàn)在1967(1957-1975)年,2016-2017年浮現(xiàn)并流行的新GII.2d簇由2012-2013分化自2010-2012年日本GII.P16-GII.2毒株。BSSVS模型顯示新重組GII.P16-GII.2在2012-2013傳入我國香港,隨后香港成為我國GII.P16-GII.2型諾如病毒暴發(fā)的中心,主要向沿海城市傳播,舟山海島地區(qū)GII.P16-GII.2型諾如病毒最可能出現(xiàn)在2016年,由香港-江蘇-舟山海島的路徑傳入。(3)ML樹結果顯示GII.P17-GII.17型諾如病毒分為A,B,C,D四簇,舟山海島地區(qū)主要流行的GII.P17-GII.17型諾如病毒隸屬于D簇。對舟山海島地區(qū)31條GII.P17-GII.17 VP1序列進化分析結果表明,其在本區(qū)域內進化速率為1.14×10~(-3)(0.62 1.73×10~(-3))替代/位點/年,TMRCA出現(xiàn)在1997(1987-2009)年,2014-2015年出現(xiàn)的新變異GII.P17-GII.17型諾如病毒TMRCA出現(xiàn)在2011(2009-2012)。對GII.17型諾如病毒的譜系地理發(fā)生學結果顯示,香港是這次新變異GII.P17-GII.17型諾如病毒暴發(fā)的中心,BSSVS模型舟山海島地區(qū)GII.P17-GII.17型諾如病毒最可能由香港以及日本傳入。結論:2013-2018年舟山海島地區(qū)急性胃腸炎散發(fā)人群中諾如病毒年平均陽性率為7.24%,陽性率呈現(xiàn)逐年上升趨勢,本區(qū)域內諾如病毒共檢出10種GII基因型,6種GI基因型,優(yōu)勢流行株輪轉頻繁,基因型別分布復雜,我國浮現(xiàn)的諾如病毒新變異株常以香港為暴發(fā)流行中心,繼而向國內其他區(qū)域傳播。
【圖文】：

2013-2018 年舟山海島地區(qū)散發(fā)人群急性胃腸炎諾如病毒流析 2013-2018 年舟山海島諾如病毒流行概況2013-2018 年共收集舟山海島地區(qū)（圖 3.1）舟山醫(yī)院急性胃腸炎患拭子樣本 1849 份，，男性 1223 份，女性 626 份，男女性別比例為 1.病毒陽性樣本 134 份，男女性別比例為 1.65:1，其中 GII 型陽性 .55%），GI 型陽性 14 份（10.55%）。2018 年陽性率最高為 13.51%性率 7.24%，陽性率呈現(xiàn)逐年上升趨勢( 2trend= 22.72， P < 0.05)，見組以 15-40 歲組陽性率最高為 11.00%，不同年齡組諾如病毒陽性率計學意義（ 2=27.996，P＜0.05）見表 3.2。諾如病毒陽性率以 12 月-為 18.62%，發(fā)病高峰位于 4 月份，見圖 3.2。

2015 194 21 (10.82) 18 122016 182 14 (7.69) 11 52017 369 29 (7.80) 29 8 52018 259 35 (13.51) 35 6總計 1849 134 (7.24) 113 8 31表 3.2 2013-2018 年舟山海島地區(qū)急性胃腸炎散發(fā)人群中諾如病毒感染年齡組分布年齡組 病例數(shù)（例） 陽性病例數(shù)（例） 陽性率（%）0 ~ 234 8 3.4215 ~ 727 80 11.0041 ~ 514 32 6.25≥60 374 14 3.74總計 1849 134 7.24
【學位授予單位】：南昌大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2019
【分類號】：R512.5;R181.3

【參考文獻】

相關碩士學位論文 前1條

1 王海巖;基于食源性疾病哨點醫(yī)院監(jiān)測的山東省諾如病毒分子流行病學研究[D];山東大學;2017年

本文編號：2623291