近年來,癌癥的發(fā)生嚴重威脅人類的生命健康,面對類型眾多的癌癥迫切需要快速有效的早期診治,針對性強的治療手段。隨著高通量測序技術(shù)的發(fā)展,得到包括表觀遺傳修飾在內(nèi)的海量數(shù)據(jù),人們研究發(fā)現(xiàn),表觀遺傳修飾異常改變對癌癥也存在重要的調(diào)控作用,DNA甲基化和組蛋白修飾在血癌研究中取得可喜成果。因此,利用生物信息學(xué)的手段來系統(tǒng)地分析表觀遺傳修飾對癌癥的調(diào)控成為當今生物信息學(xué)的研究熱點。本文選用了GM12878細胞系和K562細胞系共有的11種組蛋白修飾,研究組蛋白修飾對基因表達的影響;另選用急性粒細胞白血�。ˋML）臨床數(shù)據(jù),通過加權(quán)共表達網(wǎng)絡(luò)將具有相似作用或功能基因篩選到同一模塊,通過多重注釋工具對模塊基因注釋,探尋模塊基因參與的生物過程以及發(fā)揮的作用,論文的主要研究內(nèi)容如下:1.選用GM12878細胞系和K562細胞系共有的11種組蛋白修飾數(shù)據(jù),參照人類基因組注釋文件在以TSS為中心的上下游4000bp范圍內(nèi)計算組蛋白修飾信號,通過組蛋白修飾信號分布分析了組蛋白修飾水平和基因表達水平的關(guān)系。進一步通過Spearman系數(shù)衡量K562細胞系和GM12878細胞系組內(nèi)組蛋白修飾的相關(guān)關(guān)系,發(fā)現(xiàn)一些組... 

【文章來源】：內(nèi)蒙古大學(xué)內(nèi)蒙古自治區(qū) 211工程院校

【文章頁數(shù)】：70 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

A組組蛋白修飾信號分布，其中橫坐標表示以TSS為中心的40個分區(qū)，縱坐標表示分區(qū)內(nèi)組蛋白修飾信號強度Figure3.1ThegroupA’sdistributionofhistonemodification.theabscissarepresents40binscenteredonTSS,andtheordinaterepresentsthehistonemodifiedsignalofbin

內(nèi)蒙古大學(xué)碩士學(xué)位論文16飾水平如下圖3.2所示：圖3.2B組組蛋白修飾信號分布，其中橫坐標表示以TSS為中心的40個分區(qū)，縱坐標表示分區(qū)內(nèi)組蛋白修飾信號強度Figure3.2ThegroupB’sdistributionofhistonemodification.theabscissarepresents40binscenteredonTSS,andtheordinaterepresentsthehistonemodifiedsignalofbin整體來看，各個組蛋白修飾的修飾水平同樣存在差異。在A組中組蛋白修飾水平最高的三組分別為：H3K4me2、H3K9ac、H3K27ac。另外A組組蛋白修飾中H3K36me3修飾水平最低，其次為H3K4me1在B組中H3K27me3、H3K4me3的修飾水平均不高。結(jié)果顯示組蛋白修飾在A組中高水平修飾和B組中低水平修飾可能與疾病發(fā)生關(guān)聯(lián)程度高，這7種組蛋白修飾可以作為下一步探究主要關(guān)注對象，尋找這7種組蛋白修飾對血癌的發(fā)生發(fā)展產(chǎn)生何種影響，為臨床治療提供理論基矗

H3K27ac 和 H3K4me3（0.95）、H3K27ac 和 H3K4me2（0.94）、H3K79me2 和H4K20me1（0.92）、H2AZ 和 H3K27ac（0.92）。負相關(guān)關(guān)系最大的為：H2AZ和 H3K27me3（-0.72），負相關(guān)關(guān)系表示認為他們之間存在競爭關(guān)系。在 GM12878細胞系相關(guān)系數(shù)大于 0.9 的組蛋白修飾對是：H3K4me2 和 H3K4me3（0.97）、H3K4me3 和 H3K9ac（0.92）、H2AZ 和 H3K27ac（0.91）、H3K27ac 和 H3K9ac（0.93）、H3K36me3 和 H4K20me1（0.95）。其中負相關(guān)系數(shù)最大的是：H2AZ和 H3K36me3（-0.53）。相關(guān)關(guān)系聚類圖如圖 3.3 所示： GM12878 K562

【參考文獻】：
期刊論文
[1]Spearman等級相關(guān)系數(shù)計算公式相互關(guān)系的數(shù)學(xué)推導(dǎo)[J]. 李雪云,孫愛峰,何艷頻.  中國現(xiàn)代藥物應(yīng)用. 2007(11)



本文編號：3411958