本文關(guān)鍵詞：長白落葉松小RNA測序和其靶基因預(yù)測

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【摘要】：miRNA是近年來新發(fā)現(xiàn)的一種比較特殊的具有高度保守的小RNA,其在基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)中扮演著重要的角色。本文借助Illumia測序平臺,經(jīng)過Solexa測序分析,對長白落葉松的miRNA進(jìn)行了分析,最終篩選出了15 294 797條clean reads。比對結(jié)果顯示,除去核糖體RNA(rRNA)2 991 972條、轉(zhuǎn)運(yùn)RNA(tRNA)65 264條、核內(nèi)小RNA(snRNA)1 670條、核仁小RNA(snoRNA)467條等ncRNA以及重復(fù)序列6 421條,共獲得未獲得注釋的miRNA12 229 003條,占總注釋小RNA的79.96%。利用miRDeep2對未注釋的小RNA進(jìn)行miRNA的篩選,共得到78個新發(fā)現(xiàn)的miRNA,分別隸屬于miR164、miR166、miR160、miR950、miR396家族。通過進(jìn)一步對靶基因的注釋分析共得到333個與其相對應(yīng)的靶基因;其功能包括轉(zhuǎn)錄因子類,未知功能蛋白,離子結(jié)合蛋白,延長因子,信號轉(zhuǎn)導(dǎo),細(xì)胞壁或細(xì)胞膜的生物合成等調(diào)控植物生長發(fā)育過程。
【作者單位】： 東北林業(yè)大學(xué)林木遺傳育種國家重點實驗室;
【關(guān)鍵詞】： 小RNA 長白落葉松 miRNA 靶基因
【基金】：“863”國家高技術(shù)研究發(fā)展計劃項目(2013AA102704) 中央高校基本科研業(yè)務(wù)費(fèi)專項(2572016CA08;2572016AA36)
【分類號】：S791.22
【正文快照】： 小RNA是現(xiàn)如今研究的比較熱門的長度在18~30個核苷酸(nt)的非編碼RNA,主要在轉(zhuǎn)錄后水平調(diào)控其靶基因的表達(dá),有轉(zhuǎn)錄子降解或者翻譯被抑制的負(fù)調(diào)控和轉(zhuǎn)錄、翻譯被激活的正調(diào)控的2種調(diào)控方式[1]。通過和其靶基因mRNA互補(bǔ),引導(dǎo)沉默復(fù)合體(RISC)讓mRNA沉默、降解、阻礙其翻譯是其主

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