本文關(guān)鍵詞：京海黃雞卵巢轉(zhuǎn)錄組研究:基因結(jié)構(gòu)分析與新基因發(fā)掘注釋

  更多相關(guān)文章： 轉(zhuǎn)錄組測序 京海黃雞 基因結(jié)構(gòu) SNP 新基因

【摘要】：本試驗通過對京海黃雞卵巢組織進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析,旨在為完善京海黃雞部分基因結(jié)構(gòu)和發(fā)掘新基因提供參考。選取高、低產(chǎn)京海黃雞各4只,利用轉(zhuǎn)錄組測序(RNA-Seq)技術(shù)對其卵巢轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行測序,然后對得到的測序數(shù)據(jù)進(jìn)行生物信息學(xué)分析。測序數(shù)據(jù)經(jīng)過質(zhì)量控制后,8個樣品共得到484 992 074條有效數(shù)據(jù)(Clean Reads),總計61.09Gb。篩選出1 445 264個京海黃雞品種內(nèi)SNP位點(diǎn),其中位于基因區(qū)的SNP位點(diǎn)916 108個,位于基因間區(qū)的SNP位點(diǎn)552 168個。8個樣品中平均新預(yù)測的可變剪接12 883個,并對7 481個基因結(jié)構(gòu)進(jìn)行了優(yōu)化。與所選的參考基因組序列對比分析,共發(fā)掘4 431個新基因,通過與各數(shù)據(jù)庫進(jìn)行序列對比,1 809個新基因得到功能注釋。本研究通過轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)檢測了京海黃雞卵巢組織的基因結(jié)構(gòu),為進(jìn)一步完善京海黃雞的基因結(jié)構(gòu)信息及發(fā)掘潛在的新基因提供分子水平的依據(jù)。
【作者單位】： 揚(yáng)州大學(xué)動物科學(xué)與技術(shù)學(xué)院;江蘇省動物遺傳繁育與分子設(shè)計重點(diǎn)實驗室;
【關(guān)鍵詞】： 轉(zhuǎn)錄組測序 京海黃雞 基因結(jié)構(gòu) SNP 新基因
【基金】：國家肉雞產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系(nycytx-42-G1-05) 江蘇高校優(yōu)勢學(xué)科建設(shè)工程 江蘇省動物遺傳繁育與分子設(shè)計重點(diǎn)實驗室
【分類號】：S831
【正文快照】： 轉(zhuǎn)錄組是特定組織或細(xì)胞在某一發(fā)育階段或功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和,主要包括mRNA和非編碼RNA(ncRNA)[1-2]。隨著轉(zhuǎn)錄組研究技術(shù)的發(fā)展,出現(xiàn)了以Roche公司、Illumina公司和ABI公司等為代表研發(fā)的新一代轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)(RNA-Seq)[3],使得對基因結(jié)構(gòu)及功能進(jìn)行整體水平

【相似文獻(xiàn)】

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本文編號：721398