目的本課題利用基因表達(dá)綜合數(shù)據(jù)庫(kù)(Gene Expression Omnibus,CEO)查找口腔鱗狀細(xì)胞癌(Oral Squamous Cell Carcinoma,OSCC)相關(guān)的基因表達(dá)譜芯片,下載芯片數(shù)據(jù)并構(gòu)建表達(dá)矩陣,篩選OSCC和正�？谇唤M織之間的差異表達(dá)基因(Differentially Expressed Genes,DEGs)。從而為確定口腔鱗狀細(xì)胞癌的關(guān)鍵基因以及疾病預(yù)防、早期診斷和藥物靶點(diǎn)治療等提供理論依據(jù)與參考。方法從GEO公共數(shù)據(jù)庫(kù)下載mRNA表達(dá)譜芯片數(shù)據(jù)GSE31056,從96個(gè)組織樣本中選擇23個(gè)正�？谇唤M織樣本及23個(gè)OSCC組織樣本。使用Rstudio軟件,基于R語(yǔ)言環(huán)境,利用Bioconductor中的Impute軟件包和Limma軟件包對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行預(yù)處理并且篩選出差異表達(dá)基因(DEGs)。使用Heatmap軟件包對(duì)變化顯著的差異表達(dá)基因進(jìn)行層析聚類(lèi)分析及可視化處理。使用clusterProfiler軟件包對(duì)得到的差異表達(dá)基因進(jìn)行GO功能注釋和KEGG通路富集分析。將OSCC差異表達(dá)基因?qū)隨TRING數(shù)據(jù)庫(kù),構(gòu)建蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)(PPI)...

【文章頁(yè)數(shù)】：59 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
英漢縮略語(yǔ)名詞對(duì)照
中文摘要
英文摘要
前言
第一部分 背景介紹
    1 生物信息學(xué)概述
    2 基因芯片技術(shù)簡(jiǎn)介
    3 研究目的和意義
第二部分 差異表達(dá)基因篩選和生物信息學(xué)分析
    1 材料和方法
    2 結(jié)果
    3 討論
全文總結(jié)
參考文獻(xiàn)
文獻(xiàn)綜述
    參考文獻(xiàn)
致謝
攻讀碩士期間發(fā)表的學(xué)術(shù)文章



本文編號(hào)：3906321