目的 :分析并鑒定STGC3基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件,探討鼻咽癌STGC3基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控分子機(jī)制。方法 :運(yùn)用生物信息學(xué),預(yù)測(cè)并分析STGC3基因核心啟動(dòng)子區(qū)的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn);將相關(guān)轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn),制備3種探針即生物素標(biāo)記野生型、突變型及未標(biāo)記野生型;提取CNE2細(xì)胞核蛋白,利用電泳遷移率變動(dòng)分析(EMSA)及染色質(zhì)免疫共沉淀(ChIP)分析,體內(nèi)外鑒定轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)。結(jié)果 :在STGC3基因核心啟動(dòng)子區(qū)存在21個(gè)轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn),其中9個(gè)為Sp1轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn);進(jìn)一步嚴(yán)格限定參數(shù),STGC3基因核心啟動(dòng)子區(qū)域含有轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)5個(gè),其中Sp1轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)2個(gè);EMSA和ChIP實(shí)驗(yàn)結(jié)果顯示,STGC3基因中存在轉(zhuǎn)錄因子Sp1特異性結(jié)合位點(diǎn),從而鑒定出STGC3基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件。結(jié)論 :STGC3基因核心啟動(dòng)子區(qū)含有Sp1特異性結(jié)合位點(diǎn),為該基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件。

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圖1參數(shù)默認(rèn)時(shí)，STGC3基因核心啟動(dòng)區(qū)轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件預(yù)測(cè)結(jié)果

AliBaba2.1、TESS和TFSEARCH3種在線軟件，預(yù)測(cè)并分析STGC3基因核心啟動(dòng)子-934～-653bp區(qū)域序列內(nèi)存在的轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件。結(jié)果顯示，該基因核心啟動(dòng)區(qū)域內(nèi)存在轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件較多，綜合分析預(yù)測(cè)結(jié)果，確定以AliBaba2.1軟件預(yù)測(cè)結(jié)果作為本實(shí)驗(yàn)結(jié)果。....

圖2嚴(yán)格限定參數(shù)后，STGC3基因核心啟動(dòng)區(qū)的轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件預(yù)測(cè)結(jié)果

下劃線為Sp1核心序列；方格中為突變堿基；WtSp1為未標(biāo)記的野生型探針；Biotin-MtSp1為生物素標(biāo)記的突變型探針；Biotin-WtSp1為生物素標(biāo)記的野生型探針（圖3）。圖3人工合成的Sp1寡核苷酸雙鏈探針序列

圖3人工合成的Sp1寡核苷酸雙鏈探針序列

圖2嚴(yán)格限定參數(shù)后，STGC3基因核心啟動(dòng)區(qū)的轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件預(yù)測(cè)結(jié)果2.3ChIP鑒定STGC3基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件

圖4EMSA鑒定STGC3基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件結(jié)果

采用ChIP進(jìn)一步鑒定STGC3基因核心啟動(dòng)區(qū)存在轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件。實(shí)驗(yàn)中為排除可能出現(xiàn)假陽性或假陰性結(jié)果，實(shí)驗(yàn)分5組，分別是陽性對(duì)照組，即沒有用抗體處理的含有總基因DNA的imput，陰性對(duì)照組是用IgG處理的DNA，同時(shí)設(shè)AntiPolymeraseⅡ和Noantibody組排....

本文編號(hào)：4004226