目的 :分析并鑒定STGC3基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件,探討鼻咽癌STGC3基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控分子機制。方法 :運用生物信息學,預(yù)測并分析STGC3基因核心啟動子區(qū)的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點;將相關(guān)轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點,制備3種探針即生物素標記野生型、突變型及未標記野生型;提取CNE2細胞核蛋白,利用電泳遷移率變動分析(EMSA)及染色質(zhì)免疫共沉淀(ChIP)分析,體內(nèi)外鑒定轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點。結(jié)果 :在STGC3基因核心啟動子區(qū)存在21個轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點,其中9個為Sp1轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點;進一步嚴格限定參數(shù),STGC3基因核心啟動子區(qū)域含有轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點5個,其中Sp1轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點2個;EMSA和ChIP實驗結(jié)果顯示,STGC3基因中存在轉(zhuǎn)錄因子Sp1特異性結(jié)合位點,從而鑒定出STGC3基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件。結(jié)論 :STGC3基因核心啟動子區(qū)含有Sp1特異性結(jié)合位點,為該基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件。

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【部分圖文】：

圖1參數(shù)默認時，STGC3基因核心啟動區(qū)轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件預(yù)測結(jié)果

AliBaba2.1、TESS和TFSEARCH3種在線軟件，預(yù)測并分析STGC3基因核心啟動子-934～-653bp區(qū)域序列內(nèi)存在的轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件。結(jié)果顯示，該基因核心啟動區(qū)域內(nèi)存在轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件較多，綜合分析預(yù)測結(jié)果，確定以AliBaba2.1軟件預(yù)測結(jié)果作為本實驗結(jié)果。....

圖2嚴格限定參數(shù)后，STGC3基因核心啟動區(qū)的轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件預(yù)測結(jié)果

下劃線為Sp1核心序列；方格中為突變堿基；WtSp1為未標記的野生型探針；Biotin-MtSp1為生物素標記的突變型探針；Biotin-WtSp1為生物素標記的野生型探針（圖3）。圖3人工合成的Sp1寡核苷酸雙鏈探針序列

圖3人工合成的Sp1寡核苷酸雙鏈探針序列

圖2嚴格限定參數(shù)后，STGC3基因核心啟動區(qū)的轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件預(yù)測結(jié)果2.3ChIP鑒定STGC3基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件

圖4EMSA鑒定STGC3基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件結(jié)果

采用ChIP進一步鑒定STGC3基因核心啟動區(qū)存在轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件。實驗中為排除可能出現(xiàn)假陽性或假陰性結(jié)果，實驗分5組，分別是陽性對照組，即沒有用抗體處理的含有總基因DNA的imput，陰性對照組是用IgG處理的DNA，同時設(shè)AntiPolymeraseⅡ和Noantibody組排....

本文編號：4004226