本研究以愈傷誘導培養(yǎng)基(CIM)誘導24 h的水稻(Oryza sativa)主根為材料,利用高通量轉(zhuǎn)錄組測序(RNAseq)技術進行主根根尖和側(cè)根區(qū)的基因差異表達分析。通過對生長素信號相關基因家族進行聚類和差異表達分析后發(fā)現(xiàn):生長素受體基因OsTIR/AFBs及其同源基因在根尖和側(cè)根區(qū)組織的愈傷誘導過程中均無明顯的差異表達;系統(tǒng)進化關系接近的OsIAA20、OsIAA9等10個OsIAA基因在根尖和側(cè)根區(qū)均增強表達;而另一組進化關系相鄰的Os IAA11和Os IAA13基因在根尖和側(cè)根區(qū)表現(xiàn)出相反的差異表達模式。相比而言, Os ARFs家族基因在根尖和側(cè)根區(qū)中對生長素誘導的表達變化具有明顯的差異性。本研究分析了在根尖和側(cè)根區(qū)組織生長素信號相關家族基因差異表達的異同,擬為根愈傷組織誘導中生長素響應的組織特異性研究提供新參考。

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【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 實驗材料
    1.2 水稻主根的獲得及其愈傷組織誘導
    1.3 轉(zhuǎn)錄組cDNA文庫構建和測序
    1.4 RNA-seq數(shù)據(jù)分析
    1.5 構建系統(tǒng)進化樹
2 實驗結(jié)果
    2.1 差異表達基因的功能注釋與分類
    2.2 差異表達基因的KEGG分析
    2.3 生長素信號通路相關基因的差異表達分析
    2.4 生長素生物合成和代謝相關基因表達分析
    2.5 生長素運輸載體基因表達分析
3 討論



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