目的探討在小鼠肝細(xì)胞癌（HCC）微環(huán)境中花生四烯酸（AA）代謝相關(guān)內(nèi)質(zhì)網(wǎng)膜基因在HCC發(fā)生中的可能作用。方法以AA代謝相關(guān)基因?yàn)楸尘?以小鼠HCC瘤體組織和癌旁組織為材料,以RNA-seq和生物信息學(xué)分析參與AA代謝的差異表達(dá)內(nèi)質(zhì)網(wǎng)膜基因（ADEGs）的功能,并用RT-qPCR驗(yàn)證ADEGs的表達(dá)情況。結(jié)果 HCC中共有35個(gè)ADEGs（基因表達(dá)以每百萬(wàn)測(cè)序堿基中每千個(gè)轉(zhuǎn)錄子測(cè)序堿基中所包含的測(cè)序片斷數(shù)（FPKM）≥2或≤0.5且錯(cuò)誤發(fā)現(xiàn)率（FDR）≤0.05）;它們參與了2個(gè)生物學(xué)程序（BPs）、5個(gè)細(xì)胞組分（CCs）、9個(gè)分子功能（MFs）、1個(gè)蛋白位點(diǎn)序列特征（US）和6個(gè)信號(hào)通路（KPs）。這些基因的功能主要集中在內(nèi)質(zhì)網(wǎng)膜上鐵離子結(jié)合（IIB）對(duì)環(huán)氧化酶P450途徑（EPP）的影響上。進(jìn)一步分析發(fā)現(xiàn),IIB中的ADEGs在HCC微環(huán)境中發(fā)生了廣泛的單核苷酸位點(diǎn)變異（SNV）和插入、缺失（INDEL）現(xiàn)象,且其發(fā)生頻率與基因表達(dá)正相關(guān)（r=0.83）。結(jié)論 HCC微環(huán)境中的ADEGs可能通過(guò)內(nèi)質(zhì)網(wǎng)中的IIB引起EPP異常,從而在HCC發(fā)生、發(fā)展中發(fā)揮重要作用,而SNV和INDEL... 

【文章來(lái)源】：基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)與臨床. 2020,40(08)CSCD

【文章頁(yè)數(shù)】：6 頁(yè)

【部分圖文】：

ADEGs的功能

ADEGs編碼蛋白的互作網(wǎng)絡(luò)關(guān)系

RT-qPCR與RNA-seq分析ADEGs的

【參考文獻(xiàn)】：
博士論文
[1]細(xì)胞色素P450酶模型化合物的合成與性質(zhì)[D]. 王海蟒.山西大學(xué) 2019



本文編號(hào)：3519138