本文關(guān)鍵詞：乙型肝炎病毒C基因亞型參照序列的建立，，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：研究背景:乙型肝炎病毒C基因型(HBV/C)主要流行于亞洲,擁有數(shù)量較多的基因亞型(C1-C16),不同地區(qū)的HBV/C基因型或亞型序列間存在較大差異。HBV/C基因型及亞型的參照序列能促進HBV準(zhǔn)種、病毒變異、臨床表現(xiàn)、對抗病毒方案的療效應(yīng)答等方面的研究,但現(xiàn)有的參照序列多為首次被報道的且多為國外的流行株,或基于來源或數(shù)量有限的流行株而獲得,已不能充分滿足現(xiàn)今HBV相關(guān)研究的需要。本研究旨在分析大量的HBV C全基因序列,通過基因亞型分型及序列比對,建立合適的HBV/C亞型的全基因參照序列,以促進HBV/C的流行病學(xué)及病毒學(xué)等方面的研究。方法:運用系統(tǒng)進化分析法,對從Gen Bank核苷酸數(shù)據(jù)庫中獲得974個來自不同地區(qū)的HBV/C全基因序列行基因亞型測定,將所有序列按照亞型及地區(qū)分組,以相同亞型相同位點上同源性最強的堿基作為參照堿基建立來自不同地區(qū)的HBV/C各亞型的參照序列,將所建立的參照序列與相應(yīng)亞型的序列進行同源性分析和系統(tǒng)進化分析,了解其同源性,分析和比較HBV/C亞型的堿基尤其是常見變異位點上的替代情況。將所建立的參照序列與已被報道的參照序列在核苷酸和氨基酸水平上進行全基因和部分基因的比較。將所建立的參照序列互相比較,了解其異質(zhì)性并推算各亞型的大致分化時間。結(jié)果:1.獲得了HBV C1、C2、C5和C6亞型的參照序列并上傳至Gen Bank,獲得序列號:KM999990-KM999993。同源性分析發(fā)現(xiàn)HBV C1、C2、C5和C6亞型參照序列與幾乎全部同亞型序列的同源性均高于96%。相似的,系統(tǒng)進化分析也支持HBV C1、C2、C5和C6亞型參照序列與同亞型序列的相似性。通過系統(tǒng)進化分析發(fā)現(xiàn)雖然之前報道的HBV C參照序列也屬于C2亞型,但是新建立的C2參照序列與同亞型序列的相似度更強,提示新建立的C2參照序列對C2亞型的代表性更強。此外,同源性分析和系統(tǒng)進化分析均發(fā)現(xiàn)HBV C1、C2、C5和C6亞型參照序列與其他基因型或亞型的序列和參照序列相比,有明顯的異質(zhì)性。2.將新建立的HBV C1、C2、C5和C6參照序列與之前報道的C、Caus參照序列的全基因和部分基因序列在核苷酸及氨基酸水平上比較后發(fā)現(xiàn),C1、C2、C5和C6亞型參照序列與C參照序列的同源性均高于Caus,其中C5亞型與Caus全基因序列的同源性最低,為92.29%,S基因同源性均稍高于全基因序列,而P基因同源性在HBV的四個開放閱讀框架(Open reading frames,ORFs)中為最低。3.通過C1、C2、C5和C6全基因和S基因序列比對,發(fā)現(xiàn)C1、C5和C6與C2亞型的同源性均最高,其中C2和C1亞型的同源性最高,而C1、C2和C6與C5亞型的同源性均最低。相似的,系統(tǒng)進化分析發(fā)現(xiàn)HBV/C5的歷史最久,其次是C6,都遠(yuǎn)比C1和C2古老。4.通過堿基替代分析,發(fā)現(xiàn)HBV/C序列中的堿基替代多見于基本核心啟動子區(qū)(BCP)及前C區(qū)(Pre-C),BCP區(qū)的變異率明顯高于Pre-C區(qū)。BCP區(qū)經(jīng)典的A1762T/G1764A聯(lián)合突變在C2亞型中最常見,C1次之,而C5和C6的BCP區(qū)變異率最低。Pre-C區(qū)的1858和1896位點的變異僅見于C1、C2亞型,而在所有HBV C基因型序列的1814位點,均未發(fā)現(xiàn)核苷酸替代。結(jié)論:建立了HBV C1、C2、C5和C6亞型的參照序列,同源性分析和系統(tǒng)進化分析均發(fā)現(xiàn)HBV C1、C2、C5和C6亞型的參照序列與同基因型或亞型序列的高度相似性,與異基因型或亞型序列的高度異質(zhì)性,提示建立的C1、C2、C5和C6亞型的參照序列具有良好的可靠性和代表性。新建立的HBV C1、C2、C5和C6亞型參照序列對HBV/C在基因變異、遺傳學(xué)、病原學(xué)、疫苗研究以及臨床治療方案等方面的研究上具有一定的指導(dǎo)意義。
【關(guān)鍵詞】：乙型肝炎病毒 基因型 序列分析 參照序列
【學(xué)位授予單位】：安徽醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號】：R512.62
【目錄】：

• 中英文縮略詞表5-6
• 中文摘要6-8
• 英文摘要8-11
• 1 引言11-15
• 2 材料與方法15-19
• 3 結(jié)果19-34
• 4 討論34-40
• 5 結(jié)論40-41
• 6 參考文獻41-45
• 附錄45-46
• 致謝46-47
• 綜述47-56
• 參考文獻54-56

【相似文獻】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 周劍國;曹衛(wèi)剛;胡學(xué)慶;劉德莉;劉寧飛;李圣利;吳娟娟;;人血管內(nèi)皮生長因子-C基因的體外重組和表達(dá)[J];上海交通大學(xué)學(xué)報(醫(yī)學(xué)版);2006年05期

2 周松;朱澤章;邱勇;邱旭升;錢邦平;毛賽虎;王渭君;劉臻;蔣軍;伍偉飛;;漢族人群白介素17受體C基因單核苷酸多態(tài)性與青少年特發(fā)性脊柱側(cè)凸的相關(guān)性[J];中國脊柱脊髓雜志;2013年02期

3 王愛蓮，周永興，姚志強;快速檢測方法在乙型肝炎病毒前C基因變異中的應(yīng)用[J];胃腸病學(xué)和肝病學(xué)雜志;1996年03期

4 陸建榮,章幼奕,張保華,朱勇根,陳曉青;HBV前C基因變異株克隆的構(gòu)建[J];南通醫(yī)學(xué)院學(xué)報;2002年02期

5 劉心亮,何進才,周小梅,詹葆娥,賀勁松;乙型肝炎病毒感染者C基因啟動因子變異分析[J];現(xiàn)代檢驗醫(yī)學(xué)雜志;2004年06期

6 和姬苓;孫洪英;楊月明;袁利和;楊國安;;血管緊張素Ⅱ受體-1A1166C基因多態(tài)性與腦梗死的關(guān)系[J];中國卒中雜志;2007年02期

7 吳小飛;王華雨;周寶勤;唐劍武;楊愛平;姚登福;;乙型肝炎病毒前C基因區(qū)變異與乙肝病毒復(fù)制關(guān)系的臨床研究[J];胃腸病學(xué)和肝病學(xué)雜志;2007年05期

8 盧橋生,梁熾森,駱抗先;重型肝炎病人的乙肝病毒前C基因變異研究[J];解放軍醫(yī)學(xué)雜志;1998年03期

9 高杰,劉執(zhí)玉,董平,畢玉順,田鏵,李貴寶,宋濤;人血管內(nèi)皮生長因子C基因真核表達(dá)載體的構(gòu)建[J];山東大學(xué)學(xué)報(醫(yī)學(xué)版);2003年02期

10 謝淑佩;梁昌達(dá);范小菊;;Real-time PCR定量血型糖蛋白C基因在兒童急性淋巴細(xì)胞白血病不同階段外周血表達(dá)水平[J];中外醫(yī)療;2011年31期

中國重要會議論文全文數(shù)據(jù)庫 前7條

1 沃健兒;劉克洲;侯偉;李敏偉;;10-23 DNAzyme對乙型肝炎病毒C基因體外轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的切割活性[A];第五屆全國肝臟疾病臨床暨中華肝臟病雜志成立十周年學(xué)術(shù)會議論文匯編[C];2006年

2 侯偉;劉克洲;李敏偉;沃健兒;;10～23 DNA enzyme對乙型肝炎病毒C基因體外轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的切割活性[A];中華醫(yī)學(xué)會第十二次全國病毒性肝炎及肝病學(xué)術(shù)會議論文匯編[C];2005年

3 周光耀;金玲湘;蔣道榮;;拉米夫定治療慢性乙型肝炎B、C基因型療效比較[A];傳染病診治高峰論壇暨2007年浙江省感染病學(xué)、肝病學(xué)學(xué)術(shù)年會論文匯編[C];2007年

4 智光;趙蓓;;單心動周期實時三維超聲對肥厚型心肌病左室局部舒張功能的評估及心肌肌球蛋白結(jié)合蛋白C基因突變的相關(guān)超聲研究[A];中國超聲醫(yī)學(xué)工程學(xué)會第十一屆全國超聲醫(yī)學(xué)學(xué)術(shù)大會論文匯編[C];2012年

5 吳綺;李剛;劉虹;劉學(xué)群;段峰森;劉如亮;馬西祥;覃瑞;;利用稻屬A、C基因組gDNA和COt-1 DNA對兩個異源四倍體野生稻的比較分析[A];基因開啟未來：新時代的遺傳學(xué)與科技進步——湖北省遺傳學(xué)會第八次代表大會暨學(xué)術(shù)討論會論文摘要匯編[C];2009年

6 吳綺;李剛;劉虹;劉學(xué)群;段峰森;劉如亮;馬西祥;覃瑞;;利用稻屬A、C基因組gDNA和C0t-1 DNA對兩個異源四倍體野生稻的比較分析[A];基因開啟未來：新時代的遺傳學(xué)與科技進步——湖北省遺傳學(xué)會第八次代表大會暨學(xué)術(shù)討論會論文摘要匯編[C];2009年

7 徐邦牢;王蓉;李榮新;周小棉;;2型糖尿病患者apoAV-1131T／C基因多態(tài)性與血脂水平的相關(guān)性研究[A];第四屆全國血脂分析與臨床學(xué)術(shù)研討會暨第九屆全國脂蛋白學(xué)術(shù)會議論文匯編[C];2008年

中國博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前1條

1 府曉丹;高血壓病心房顫動患者血尿酸代謝異常及CYP11B2-344T＞C基因多態(tài)性研究[D];第三軍醫(yī)大學(xué);2015年

中國碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 成芳芳;血管內(nèi)皮細(xì)胞生長因子+405G/C、-460T/C、+936T/C基因多態(tài)性與手足口病腦炎易感性關(guān)系研究[D];蘇州大學(xué);2015年

2 林湘;白介素6-572G/C基因多態(tài)性與中國北方漢族人群偏頭痛相關(guān)性研究[D];大連醫(yī)科大學(xué);2015年

3 朱蕙嵐;乙型肝炎病毒C基因亞型參照序列的建立[D];安徽醫(yī)科大學(xué);2016年

4 李嘉;乙肝病毒C基因區(qū)變異與機體細(xì)胞免疫功能關(guān)系的研究[D];天津醫(yī)科大學(xué);2002年

5 朱會麗;應(yīng)用Real-time PCR定量血型糖蛋白C基因在兒童急性淋巴細(xì)胞白血病不同階段外周血表達(dá)水平[D];中國醫(yī)科大學(xué);2010年

6 李俊;外源基因定向插入甘藍(lán)型油菜C基因組的研究[D];中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院;2006年

7 李擁軍;白細(xì)胞介素6-634C/G、-572G/C基因多態(tài)性與腦出血的關(guān)系[D];中南大學(xué);2013年

8 徐曉;B、C基因型乙型肝炎病毒X蛋白及其變異體的功能差別研究[D];福建醫(yī)科大學(xué);2004年

9 吳小玲;甲狀腺素對氣道黏蛋白5AC基因表達(dá)的影響及其調(diào)控機制[D];重慶醫(yī)科大學(xué);2008年

10 趙沙沙;水稻色素原C基因的圖位克隆與表達(dá)分析[D];中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院;2014年

  本文關(guān)鍵詞：乙型肝炎病毒C基因亞型參照序列的建立，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

本文編號：341702