本文關(guān)鍵詞：基于生物信息學(xué)方法的胃癌分子分型研究

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【摘要】：【研究背景及目的】胃癌的發(fā)生是環(huán)境因素和遺傳因素共同作用的結(jié)果。我國胃癌發(fā)病率和死亡率位居首位，且在我國各種惡性腫瘤發(fā)病率和死亡率方面也位居前列，嚴(yán)重威脅公眾健康。目前胃癌治療方法主要通過外科手術(shù)切除結(jié)合放、化療。其中早期胃癌術(shù)后五年生存率可達(dá)到90%左右，所以早發(fā)現(xiàn)、早治療對胃癌治愈至關(guān)重要。胃癌病理分型方法—Lauren分型可以作為獨立因素來判定預(yù)后，其中腸型比彌漫型和混合型預(yù)后好�；蛐酒夹g(shù)在胃癌研究的廣泛應(yīng)用，積累了大量原始研究數(shù)據(jù)，為胃癌的分子分型研究開辟了一條新的途徑。本研究就是通過對胃癌芯片數(shù)據(jù)進(jìn)行元分析并結(jié)合數(shù)據(jù)挖掘、機(jī)器學(xué)習(xí)等生物信息學(xué)手段來篩選出胃癌特征標(biāo)簽基因，最終挑選出可以進(jìn)行胃癌Lauren分型的特征標(biāo)簽基因集。為胃癌的分子分型分析提供一定的思路。 【材料及方法】先通過對篩選出來的胃癌芯片表達(dá)譜數(shù)據(jù)進(jìn)行元分析，挑選出一致性表達(dá)差異基因。隨后通過通路富集分析、特征選擇、聚類分析來篩選胃癌特征標(biāo)簽基因。最后通過實時定量PCR驗證特征標(biāo)簽基因表達(dá)水平，然后將驗證的特征標(biāo)簽基因集使用RadViz可視化方法對胃癌樣本進(jìn)行Lauren分型分析。 【結(jié)果】對胃癌表達(dá)譜數(shù)據(jù)元分析，，總共得到117個一致性差異表達(dá)基因。隨后對一致性差異表達(dá)基因進(jìn)行通路富集分析、特征選擇、聚類分析，篩選出由9個基因組成的特征標(biāo)簽基因集可以很好的區(qū)分胃癌組織樣本和正常組織樣本。實時定量PCR驗證出AHCY、NUP107、UBE2C3個基因，最終由這3個基因組成的特征標(biāo)簽基因集可以對胃癌樣本進(jìn)行精確的Lauren分型分析。 【結(jié)論】1）特征選擇結(jié)合層次聚類分析，由9個基因（AHCY、NUP107、PSMA7、PSMB2、UBE2C、ALDH1A、ATP4B、CKB和KCNE2）組成的特征標(biāo)簽基因集，可以很好的區(qū)分胃癌樣本和正常樣本，準(zhǔn)確性達(dá)98.09%。 2）由qRT-PCR實驗證實的特征標(biāo)簽基因AHCY、NUP107、UBE2C組成的分類器，可以精確的對Lauren分型樣本進(jìn)行分類。
【關(guān)鍵詞】：胃癌 基因芯片 元分析 特征選擇 通路富集分析 聚類分析
【學(xué)位授予單位】：吉林大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號】：R735.2
【目錄】：

• 中文摘要4-5
• Abstract5-10
• 英文縮寫詞表10-11
• 第一章 綜述11-27
• 1．胃癌的概況11-17
• 1.1 胃癌的流行病學(xué)簡介11-12
• 1.2 胃癌的病因12-15
• 1.3 胃癌的分型15-17
• 2．基因芯片的概述17-20
• 2.1 基因芯片用于胃癌分型分析18-19
• 2.2 基因芯片用于胃癌診斷研究19-20
• 3．基因芯片數(shù)據(jù)分析20-27
• 3.1 基因芯片數(shù)據(jù)預(yù)處理20-21
• 3.2 基因芯片元分析21-24
• 3.3 通路富集分析24
• 3.4 基因特征選擇24-26
• 3.5 聚類分析26-27
• 第二章 胃癌芯片數(shù)據(jù)數(shù)據(jù)挖掘27-42
• 2.1 、材料和方法27-31
• 2.1.1 芯片數(shù)據(jù)檢索27-28
• 2.1.2 基因表達(dá)數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化和基因表達(dá)數(shù)據(jù)集質(zhì)量控制28-29
• 2.1.3 芯片數(shù)據(jù)集整合分析29-30
• 2.1.4 通路富集分析30-31
• 2.1.5 差異基因特征提取31
• 2.1.6 聚類分析31
• 2.2 分析結(jié)果31-39
• 2.2.1 基因表達(dá)數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化和基因表達(dá)數(shù)據(jù)集質(zhì)量控制31-33
• 2.2.2 元分析33-34
• 2.2.3 通路富集分析34-36
• 2.2.4 差異基因特征提取36-37
• 2.2.5 聚類分析37-39
• 2.3 討論：39-42
• 第三章 胃癌組織差異表達(dá)基因驗證及胃癌組織分型研究42-54
• 3.1 胃癌組織樣本實時定量 PCR 實驗驗證42-49
• 3.1.1 實驗器材42-44
• 3.1.2 實驗方法44-47
• 3.1.3 實驗結(jié)果47-49
• 3.2 胃癌組織分型研究49-52
• 3.2.1 納入研究樣本 Lauren 分型信息49-50
• 3.2.2 方法50
• 3.2.3 結(jié)果50-52
• 3.3 討論52-54
• 第四章 研究存在的不足54-55
• 第五章 結(jié)論55-56
• 參考文獻(xiàn)56-60
• 附錄60-67
• 作者簡介67-68
• 致謝68

【參考文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前1條

1 陳萬青;張思維;曾紅梅;鄭榮壽;鄒小農(nóng);趙平;吳良有;李光琳;赫捷;;中國2010年惡性腫瘤發(fā)病與死亡[J];中國腫瘤;2014年01期

本文編號：736077