本文關(guān)鍵詞：HBV陽性肝癌血清miRNA標(biāo)志物的篩選及HBV編碼miRNA的預(yù)測與鑒定

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【摘要】：肝細(xì)胞癌（Hepatocellular carcinoma，HCC）是我國最常見的惡性腫瘤之一，由于臨床缺乏有效的預(yù)防、檢測及治療手段，，大多數(shù)患者發(fā)現(xiàn)時已屬癌癥中晚期，且預(yù)后較差，因此尋找可靠的生物標(biāo)志物用于肝癌診斷和預(yù)后判斷具有重要意義。MicroRNA（miRNA）是一類內(nèi)源性的，長度約為22nt的非編碼功能性RNA，由于RNAase的保護(hù)作用在血清或血漿中表現(xiàn)出高度的穩(wěn)定性。研究表明miRNA扮演著癌基因或抑癌基因的角色，并能同時調(diào)節(jié)多個基因，通過結(jié)合靶mRNA的方式參與調(diào)控腫瘤的發(fā)生發(fā)展。因此認(rèn)為miRNA在肝癌和正常血清樣本中呈現(xiàn)顯著的差異表達(dá)水平，對肝癌篩查和診斷具有潛在的指示作用。 本論文從杭州西溪醫(yī)院共收集未經(jīng)過任何化療處理的52例肝癌血清樣本和25例正常對照樣本，對乙型肝炎病毒（Hepatitis B virus，HBV）陽性肝癌樣本和正常樣本各5例分別混合得到兩個混合樣，構(gòu)建miRNA文庫進(jìn)行miRNA表達(dá)譜測序。通過對高通量測序所得的數(shù)據(jù)進(jìn)行分析處理，共獲得172條在肝癌和正常血清樣本中差異表達(dá)的miRNAs，結(jié)合文獻(xiàn)報導(dǎo)篩選了三條差異表達(dá)的miRNAs進(jìn)行大樣本量驗證。相對于正常對照樣本，miR-182-5p、363-3p和378a-3p在肝癌樣本中顯著高表達(dá)，并達(dá)到極顯著水平（P0.01），且這三條目標(biāo)miRNAs也能較好地區(qū)分HBV陽性肝癌和正常樣本，在臨床診斷中具有廣泛的科研價值和臨床應(yīng)用前景。 為探究乙型肝炎病毒是否能夠編碼miRNA，與宿主mRNA靶向結(jié)合來參與病毒感染的調(diào)控機(jī)制，本論文通過Vir-Mir數(shù)據(jù)庫預(yù)測乙肝病毒編碼的pre-miRNAs，并結(jié)合miRNA表達(dá)譜測序和實時熒光定量PCR方法驗證成熟體miRNA。結(jié)果顯示HBV陽性肝癌血清樣本中存在六條候選pre-miRNAs，并成功驗證其中一條成熟體命名為hbv-miR-15467，為病毒性肝病的治療策略提供了新的思路。
【關(guān)鍵詞】：miRNA 肝癌 生物標(biāo)記物 乙肝病毒 治療
【學(xué)位授予單位】：浙江理工大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號】：R735.7
【目錄】：

• 摘要8-9
• Abstract9-11
• 目錄11-13
• 略語表13-14
• 一 文獻(xiàn)綜述14-22
• 1 miRNA 概論14-15
• 2 肝臟中特異性表達(dá)的 miR-12215-16
• 3 miRNA 在肝細(xì)胞癌中的臨床應(yīng)用16-18
• 3.1 與定性診斷相關(guān)的 miRNA16-17
• 3.2 與預(yù)后判斷及耐藥性相關(guān)的 miRNA17-18
• 4 miRNA 在肝細(xì)胞癌發(fā)生發(fā)展中的調(diào)控機(jī)制18-20
• 4.1 參與調(diào)控細(xì)胞周期進(jìn)程的 miRNA 功能研究18-19
• 4.2 與 HCC 增殖和侵襲相關(guān)的 miRNA 功能研究19-20
• 5 乙肝病毒編碼 miRNA 的研究進(jìn)展20
• 6 展望20-22
• 二 實驗方案設(shè)計22-25
• 1 研究目的和意義22-23
• 2 研究主要內(nèi)容23-24
• 3 實驗流程24-25
• 三 材料和方法25-41
• 1 材料25-27
• 1.1 樣本收集和信息整理25-26
• 1.2 實驗儀器26
• 1.3 實驗試劑26-27
• 2 方法27-41
• 2.1 血清樣本中總 RNA 提取27-28
• 2.2 總 RNA 的定量和質(zhì)量檢測28
• 2.3 miRNA 表達(dá)譜測序28-29
• 2.4 miRNA 測序結(jié)果分析29-30
• 2.5 miRNA 的定量分析30-33
• 2.6 miRNA 的靶基因預(yù)測33-34
• 2.7 病毒編碼 miRNA 的預(yù)測34
• 2.8 pre-miRNA 的初步驗證34-39
• 2.9 成熟體 miRNA 的定位39-40
• 2.10 病毒 miRNA 靶基因預(yù)測40-41
• 四 結(jié)果和分析41-59
• 1 樣本總 RNA 的質(zhì)量分析41
• 2 高通量測序結(jié)果及數(shù)據(jù)分析41-45
• 2.1 測序的原始數(shù)據(jù)質(zhì)量基本統(tǒng)計42
• 2.2 Clean 序列的長度分布統(tǒng)計42-43
• 2.3 miRNA 表達(dá)豐度分析43-44
• 2.4 差異表達(dá)的 miRNA 篩選44-45
• 3 HBV 陽性肝癌血清標(biāo)志物的篩選45-53
• 3.1 引物特異性的驗證與分析45-46
• 3.2 miRNA 在肝癌和正常樣本中的表達(dá)差異性分析46-48
• 3.3 建立 miRNA 預(yù)測肝癌可能性的回歸方程48
• 3.4 目標(biāo) miRNAs 與病理指標(biāo)的相關(guān)性分析48-49
• 3.5 驗證 miRNA 在 HBV 陽性肝癌和正常樣本中的表達(dá)差異49-50
• 3.6 目標(biāo) miRNAs 的靶基因預(yù)測50-53
• 4 HBV 編碼 miRNA 的預(yù)測與驗證53-57
• 4.1 HBV 編碼的 pre-miRNA 的預(yù)測53-54
• 4.2 pre-miRNA 的初步驗證54-55
• 4.3 成熟 miRNA 的定位55-56
• 4.4 hbv-miR-15467 的靶基因預(yù)測56-57
• 5 討論57-59
• 五 總結(jié)與展望59-61
• 參考文獻(xiàn)61-67
• 致謝67-68
• 研究生學(xué)習(xí)期間主要成果68-69
• 附錄 重要試劑的配制69-70

【參考文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前1條

1 賈萬忠;李志;倫照榮;;病毒微小RNA的發(fā)現(xiàn)及其功能[J];科學(xué)通報;2007年23期

本文編號：684266