本文關(guān)鍵詞：長鏈非編碼RNA在丙型肝炎病毒相關(guān)性異型增生及肝細(xì)胞性肝癌中的表達(dá)譜研究

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【摘要】：研究背景肝細(xì)胞性肝癌(肝癌)是世界范圍內(nèi)發(fā)病率較高的癌癥之一,同時也是第二大癌癥相關(guān)的死亡因素。肝癌發(fā)病過程中的主要危險因素包括乙型肝炎病毒或丙型肝炎病毒導(dǎo)致的慢性肝臟損傷以及長期暴露于致癌因素,比如黃曲霉素B1等。近年來,研究發(fā)現(xiàn)長鏈非編碼RNA (lncRNAs)在基因表達(dá)中扮演重要調(diào)節(jié)作用,并且在癌癥的發(fā)生進(jìn)展中起著重大作用。大量研究已經(jīng)證實(shí)了lncRNAs在乙型肝炎病毒相關(guān)肝癌中的重要作用。但是,在丙型肝炎病毒相關(guān)肝癌中對lncRNAs的功能作用仍然知之甚少。在這里,通過基因芯片獲得的基因表達(dá)數(shù)據(jù),我們比較了75例來自多個不同階段的丙型肝炎病毒相關(guān)肝癌的樣本,對其進(jìn)行了lncRNAs表達(dá)譜研究。材料與方法本研究中所使用的基因芯片數(shù)據(jù)主要來源于HG-U133A Plus 2.0版本,芯片數(shù)據(jù)顯示了75例樣本的基因表達(dá),包括10例正常肝臟樣本,13例肝硬化樣本,17例異型增生結(jié)節(jié)樣本以及35例肝細(xì)胞性肝癌組織樣本。65對凍存的肝細(xì)胞性肝癌組織及配對的癌旁組織隨機(jī)抽取于在北京協(xié)和醫(yī)院做過肝臟切除手術(shù)的病人。這部分患者當(dāng)中有50人感染乙肝,15人感染丙肝。我們用這些樣本來對候選lncRNAs進(jìn)行實(shí)時定量RCR (real-time PCR)分析,ncFANs數(shù)據(jù)庫用來再分析芯片數(shù)據(jù)中編碼RNA以及非編碼RNA的水平。長鏈非編碼RNA的相對表達(dá)水平通過CT值來進(jìn)行比較,對于其對應(yīng)的靶基因通過DAVID進(jìn)行功能富集。來自于75例樣本的基因表達(dá)信息通過ncFANs數(shù)據(jù)庫來建立蛋白編碼基因與非編碼基因相互作用的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。結(jié)果我們發(fā)現(xiàn)在癌前病變及肝癌樣本中有7條長鏈非編碼RNA的表達(dá)水平有很大差異。在這些差異表達(dá)的長鏈非編碼RNA中,LINC01419在早期階段HCC的表達(dá)水平要高于異型增生組織,同時,與早期階段HCC相比,lncRNA AK021443水平在進(jìn)展期HCC中更高,lncRNA AF070632的水平在進(jìn)展期HCC中是低表達(dá)的。在進(jìn)行定量PCR的驗(yàn)證后發(fā)現(xiàn),與匹配的癌旁組織相比,HBV及HCV相關(guān)的HCC組織中LINC01419的水平顯著增高。另外,功能預(yù)測的結(jié)果提示LINC01419和AK021443屬于調(diào)控細(xì)胞周期的基因,而AF070632與輔因子結(jié)合、氧化還原以及羧酸分解代謝等過程相關(guān)。結(jié)論這些結(jié)果第一次通過大規(guī)模的研究給我們提供了在HCV相關(guān)肝癌中與肝癌發(fā)生、發(fā)展密切相關(guān)的長鏈非編碼RNA,同時可能提供一種新型的生物標(biāo)記物,以及作為HCV相關(guān)HCC的治療靶點(diǎn)。
【關(guān)鍵詞】：長鏈非編碼RNA 丙型肝炎病毒相關(guān)肝癌 肝癌發(fā)生 生物標(biāo)志物
【學(xué)位授予單位】：北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號】：R735.7
【目錄】：

• 中文摘要4-6
• 英文摘要6-9
• 第一章 前言9-11
• 第二章 材料與方法11-19
• 2.1 芯片數(shù)據(jù)信息以及計(jì)算過程11
• 2.2 再利用芯片數(shù)據(jù)來分析蛋白編碼基因和lncRNA的表達(dá)11-12
• 2.3 研究對象12
• 2.4 實(shí)驗(yàn)材料12-14
• 2.5 實(shí)驗(yàn)方法14-17
• 2.6 蛋白編碼基因的功能富集分析17
• 2.7 lncRNA的功能分析17-19
• 第三章 結(jié)果19-25
• 3.1 HCV誘導(dǎo)的異型增生結(jié)節(jié)及肝細(xì)胞性肝癌的轉(zhuǎn)錄組分析19-21
• 3.2 HCC中異常表達(dá)的lncRNA21-23
• 3.3 lncRNA功能的預(yù)測23-25
• 第四章 討論25-27
• 第五章 結(jié)論27-28
• 參考文獻(xiàn)28-33
• 論文綜述33-53
• 參考文獻(xiàn)42-53
• 附錄A 縮略詞表53-54
• 附錄B 基于模塊分析的LINC01419和AK021443功能富集結(jié)果54-64
• 附錄C 以AF070632為中心的子網(wǎng)絡(luò)功能富集結(jié)果64-66
• 附錄D 個人簡歷及碩士期間發(fā)表的論文66-68
• 致謝68-71
• 說明71-73

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