本文關(guān)鍵詞：長鏈非編碼RNA在丙型肝炎病毒相關(guān)性異型增生及肝細胞性肝癌中的表達譜研究

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【摘要】：研究背景肝細胞性肝癌(肝癌)是世界范圍內(nèi)發(fā)病率較高的癌癥之一,同時也是第二大癌癥相關(guān)的死亡因素。肝癌發(fā)病過程中的主要危險因素包括乙型肝炎病毒或丙型肝炎病毒導致的慢性肝臟損傷以及長期暴露于致癌因素,比如黃曲霉素B1等。近年來,研究發(fā)現(xiàn)長鏈非編碼RNA (lncRNAs)在基因表達中扮演重要調(diào)節(jié)作用,并且在癌癥的發(fā)生進展中起著重大作用。大量研究已經(jīng)證實了lncRNAs在乙型肝炎病毒相關(guān)肝癌中的重要作用。但是,在丙型肝炎病毒相關(guān)肝癌中對lncRNAs的功能作用仍然知之甚少。在這里,通過基因芯片獲得的基因表達數(shù)據(jù),我們比較了75例來自多個不同階段的丙型肝炎病毒相關(guān)肝癌的樣本,對其進行了lncRNAs表達譜研究。材料與方法本研究中所使用的基因芯片數(shù)據(jù)主要來源于HG-U133A Plus 2.0版本,芯片數(shù)據(jù)顯示了75例樣本的基因表達,包括10例正常肝臟樣本,13例肝硬化樣本,17例異型增生結(jié)節(jié)樣本以及35例肝細胞性肝癌組織樣本。65對凍存的肝細胞性肝癌組織及配對的癌旁組織隨機抽取于在北京協(xié)和醫(yī)院做過肝臟切除手術(shù)的病人。這部分患者當中有50人感染乙肝,15人感染丙肝。我們用這些樣本來對候選lncRNAs進行實時定量RCR (real-time PCR)分析,ncFANs數(shù)據(jù)庫用來再分析芯片數(shù)據(jù)中編碼RNA以及非編碼RNA的水平。長鏈非編碼RNA的相對表達水平通過CT值來進行比較,對于其對應的靶基因通過DAVID進行功能富集。來自于75例樣本的基因表達信息通過ncFANs數(shù)據(jù)庫來建立蛋白編碼基因與非編碼基因相互作用的調(diào)控網(wǎng)絡。結(jié)果我們發(fā)現(xiàn)在癌前病變及肝癌樣本中有7條長鏈非編碼RNA的表達水平有很大差異。在這些差異表達的長鏈非編碼RNA中,LINC01419在早期階段HCC的表達水平要高于異型增生組織,同時,與早期階段HCC相比,lncRNA AK021443水平在進展期HCC中更高,lncRNA AF070632的水平在進展期HCC中是低表達的。在進行定量PCR的驗證后發(fā)現(xiàn),與匹配的癌旁組織相比,HBV及HCV相關(guān)的HCC組織中LINC01419的水平顯著增高。另外,功能預測的結(jié)果提示LINC01419和AK021443屬于調(diào)控細胞周期的基因,而AF070632與輔因子結(jié)合、氧化還原以及羧酸分解代謝等過程相關(guān)。結(jié)論這些結(jié)果第一次通過大規(guī)模的研究給我們提供了在HCV相關(guān)肝癌中與肝癌發(fā)生、發(fā)展密切相關(guān)的長鏈非編碼RNA,同時可能提供一種新型的生物標記物,以及作為HCV相關(guān)HCC的治療靶點。
【關(guān)鍵詞】：長鏈非編碼RNA 丙型肝炎病毒相關(guān)肝癌 肝癌發(fā)生 生物標志物
【學位授予單位】：北京協(xié)和醫(yī)學院
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2016
【分類號】：R735.7
【目錄】：

• 中文摘要4-6
• 英文摘要6-9
• 第一章 前言9-11
• 第二章 材料與方法11-19
• 2.1 芯片數(shù)據(jù)信息以及計算過程11
• 2.2 再利用芯片數(shù)據(jù)來分析蛋白編碼基因和lncRNA的表達11-12
• 2.3 研究對象12
• 2.4 實驗材料12-14
• 2.5 實驗方法14-17
• 2.6 蛋白編碼基因的功能富集分析17
• 2.7 lncRNA的功能分析17-19
• 第三章 結(jié)果19-25
• 3.1 HCV誘導的異型增生結(jié)節(jié)及肝細胞性肝癌的轉(zhuǎn)錄組分析19-21
• 3.2 HCC中異常表達的lncRNA21-23
• 3.3 lncRNA功能的預測23-25
• 第四章 討論25-27
• 第五章 結(jié)論27-28
• 參考文獻28-33
• 論文綜述33-53
• 參考文獻42-53
• 附錄A 縮略詞表53-54
• 附錄B 基于模塊分析的LINC01419和AK021443功能富集結(jié)果54-64
• 附錄C 以AF070632為中心的子網(wǎng)絡功能富集結(jié)果64-66
• 附錄D 個人簡歷及碩士期間發(fā)表的論文66-68
• 致謝68-71
• 說明71-73

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