目的:肝細胞癌(Hepatocellular carcinoma,HCC)是一種多在中晚期發(fā)現(xiàn),死亡率高,患者預后極差的常見癌癥。因此,我們的研究目的是分析HCC患者的lncRNA表達譜,篩選與HCC預后密切相關(guān)的潛在lncRNA,為尋找HCC預后生物標記物提供新思路。方法:在美國癌癥腫瘤基因圖譜數(shù)據(jù)庫下載424例基因表達數(shù)據(jù),其中包括374例肝癌組織及50例癌旁正常組織。利用Perl語言和R語言的limma包進行數(shù)據(jù)預處理。對納入研究的患者利用Caret包隨機分為訓練集和測試集。采用edgeR包篩選差異表達的lncRNA,通過單因素COX回歸分析、LASSO回歸和多因素COX分析篩選出lncRNAs并構(gòu)建預后模型,Kaplan-Meier生存分析、受試者工作曲線分析預后模型評估患者預后的能力;二分類邏輯回歸建立診斷模型,受試者工作曲線分析評價診斷效能。風險評分與臨床資料的相關(guān)性采用卡方檢驗進行分析;單因素和多因素COX回歸分析進一步分析包括患者的預后風險評分和臨床資料在內(nèi)的各個因素與患者生存之間的相關(guān)性;配對差異分析明確AC007998.3的表達情況;Kaplan-Meier生存分析...

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【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖3.1差異lncRNA火山圖

15CharacteristicsTotal(%)HBVWithHBV137(37.74)WithoutHBV23(6.34)NA203(55.92)HepatitisCWithHCV22(6.06)WithoutHCV138(38.02)NA203(55.92)Formersm....

圖3.2LASSO回歸分析篩選候選的lncRNA（A）191個候選lncRNA的LASSO回歸系數(shù)分布圖；（B）10折交叉驗證選擇懲罰參數(shù)lambda

19圖3.2LASSO回歸分析篩選候選的lncRNA（A）191個候選lncRNA的LASSO回歸系數(shù)分布圖；（B）10折交叉驗證選擇懲罰參數(shù)lambda。Figure3.2ThecandidategenewerefurtherselectedusingLASSOregressi....

圖3.313個lncRNA風險值分布、生存狀態(tài)和表達譜熱圖（A）患者的風險值分布圖；紅色的點代表高風險患者，綠色的點代表低風險患者（B）患者的生存狀態(tài)圖；以虛線為界，左邊為低風險組，右邊為高風險組（C）患者的表達譜熱圖

21ADGRD1-AS1、AC016717.2、LINC01370、AC007998.3作為增加患者死亡風險的因素，其表達信號在高風險組患者中更強，其風險因子的表達情況與回歸系數(shù)的正負表達的意義保持一致。圖3.313個lncRNA風險值分布、生存狀態(tài)和表達譜熱圖（A）患者的風險值....

圖3.4訓練集的Kaplan-Meier生存分析曲線

22Kaplan-Meier生存分析結(jié)果表明，高風險組的患者的平均生存時間是649天，3年生存率為0.3867（95%CI：0.2748-0.5442），五年生存率下降至0.2596（95%CI:0.1540-0.4375）。低風險組的患者的平均生存時間是3124天，三年生存率為....

本文編號：3981796