目的:檢測(cè)原發(fā)性肝癌與肝轉(zhuǎn)移瘤患者血液中循環(huán)腫瘤DNA,觀察原發(fā)性肝癌組織中的突變基因與原發(fā)性肝癌患者循環(huán)腫瘤DNA中基因突變是否一致;比較其中突變基因位點(diǎn),評(píng)估不同突變基因在原發(fā)性肝癌的臨床診斷中的價(jià)值。方法:提取血漿ctDNA,利用Agilent的液相芯片捕獲技術(shù)捕獲癌癥發(fā)生發(fā)展密切相關(guān)的基因,通過(guò)Illumina HiSep測(cè)序平臺(tái)進(jìn)行高通量測(cè)序,檢測(cè)肝癌的多個(gè)基因變異類型,得到不同變異位點(diǎn)注釋結(jié)果。在cosmic數(shù)據(jù)庫(kù)中查找出原發(fā)性肝癌組織中檢測(cè)到的20個(gè)高頻突變基因。分別記錄這20個(gè)高頻突變基因在兩組樣本中突變位點(diǎn)情況,篩選后基因位點(diǎn)情況,結(jié)果進(jìn)行對(duì)比、分析。結(jié)果:(1)原發(fā)性肝癌和肝轉(zhuǎn)移瘤患者血漿中循環(huán)腫瘤DNA提取測(cè)序均可檢測(cè)出不同的癌癥相關(guān)基因位點(diǎn),其中對(duì)比原發(fā)性肝癌組織的高頻突變基因,原發(fā)性肝癌中可檢測(cè)到絕大部分原發(fā)性肝癌組織中的突變基因位點(diǎn),具有一致性。(2)20個(gè)原發(fā)性肝癌組織高頻突變基因在原發(fā)性肝癌患者循環(huán)腫瘤DNA中17個(gè)基因檢測(cè)到突變位點(diǎn),其中LRP1B、KMT2C、ALK、PTPRT、SETD2、ATM、PTEN等7個(gè)基因在所有樣本中均有發(fā)現(xiàn)突變位點(diǎn)。(3...

【文章頁(yè)數(shù)】：46 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

圖2.1建庫(kù)流程圖

11試劑盒進(jìn)行DNA建庫(kù)和捕獲，嚴(yán)格按照說(shuō)明書(shū)推薦的試劑和耗材來(lái)進(jìn)行實(shí)驗(yàn)，并參照最新的經(jīng)過(guò)優(yōu)化的實(shí)驗(yàn)流程進(jìn)行操作。實(shí)驗(yàn)基本流程：先使用Covaris破碎儀將基因組DNA隨機(jī)打斷成長(zhǎng)度為180-280bp的片段；在DNA末端修復(fù)和加A尾，然后在片段兩端分別連接上接頭制備DNA文庫(kù)。....

圖2.2注釋結(jié)果展示注：CHROM：染色體POS：變異位點(diǎn)ID：dbSNP注釋IDRef：參考基因組堿基型Alt：測(cè)序數(shù)據(jù)堿基型

12列結(jié)果以FASTQ(簡(jiǎn)稱為fq)文件格式等方式存儲(chǔ)，其中包含測(cè)序序列(reads)的序列信息和測(cè)序序列的測(cè)序質(zhì)量信息。利用BWA、Samblaster、Sambamba軟件，測(cè)序結(jié)果與參考基因組進(jìn)行進(jìn)行比對(duì)，得到bam結(jié)果。6.變異位點(diǎn)注釋結(jié)果利用ANNOVAR軟件對(duì)變異位點(diǎn)....

圖3.1cosmic數(shù)據(jù)庫(kù)中HCC高頻突變基因

13第3章結(jié)果3.1原發(fā)性肝癌組織中已驗(yàn)證的突變頻率較高的基因情況數(shù)據(jù)在cosmic數(shù)據(jù)庫(kù)查詢，原發(fā)性肝癌組織的突變基因中突變頻率高的前20個(gè)基因如圖3.1所示。圖3.1cosmic數(shù)據(jù)庫(kù)中HCC高頻突變基因3.2原發(fā)性肝癌組織中的高頻突變基因在原發(fā)性肝癌患者血清ctDNA基因檢....

本文編號(hào)：3927635