隨著越來越多基于二代測序方法結(jié)直腸腫瘤糞便微生物組的研究的推進(jìn),越來越多的證據(jù)支持結(jié)直腸癌(CRC)發(fā)生發(fā)展與糞便微生物組紊亂之間的相關(guān)性。目前已有大量研究發(fā)現(xiàn)結(jié)直腸癌和腺瘤的糞便和病灶組織微生物紊亂,并鑒定出一些被證實(shí)具有致癌性的微生物分類群。然而,尚無研究大規(guī)模地對結(jié)直腸腫瘤病灶周邊組織的微生物組進(jìn)行統(tǒng)一表征。在本研究中,通過比較不同結(jié)直腸腫瘤生境的微生物組特征,重點(diǎn)研究結(jié)直腸腫瘤周邊組織微生物特征。本研究一共檢索到15項(xiàng)已公開研究的16S r RNA數(shù)據(jù)集,合計(jì)2099個樣本。在經(jīng)過統(tǒng)一標(biāo)準(zhǔn)的數(shù)據(jù)過濾和生物信息處理之后,將分類單元作為特征,利用差異豐富度分析、隨機(jī)森林分類器、互作網(wǎng)絡(luò)分析和腸型分析等方法,研究了結(jié)直腸癌、結(jié)直腸腺瘤(CRA)和健康對照組之間的不同生境微生物組的共性和差異。結(jié)果如下:(1)主坐標(biāo)分析結(jié)果表明組織樣品組間比糞便樣品組間的重心分布距離更遠(yuǎn),差異豐富分析表明不同的對比策略的差異分類群之間有不同程度的重疊,這些結(jié)果揭示不同腸道生境微生物組成的共性和差異。(2)微生物相互作用網(wǎng)絡(luò)分析表明CRC和CRA的病灶組織和周邊組織的微生物互作網(wǎng)絡(luò)高度相關(guān),證實(shí)了病灶周邊...

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【學(xué)位級別】：碩士

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圖2-116SrRNA數(shù)據(jù)過濾和識別百分率

華南理工大學(xué)碩士學(xué)位論文10圖2-116SrRNA數(shù)據(jù)過濾和識別百分率2.3.4微生物識別軟件的一致性比較各個隊(duì)列的擴(kuò)增子數(shù)據(jù)集主要來自IlluminaMiSeq和454測序平臺。China_GBA是454測序平臺中樣本量最大的數(shù)據(jù)集（n=269），Baxter在Illumina....

圖2-2Kraken2軟件和Mothur軟件對于屬層面分類群識別的一致性

第二章數(shù)據(jù)檢索與處理11圖2-2Kraken2軟件和Mothur軟件對于屬層面分類群識別的一致性圖2-3China_GBA隊(duì)列中基于kraken2和Mothur軟件的分類群相對豐富度相關(guān)系數(shù)

圖2-3ChinaGBA隊(duì)列中基于kraken2和Mothur軟件的分類群相對豐富度相關(guān)系數(shù)

第二章數(shù)據(jù)檢索與處理11圖2-2Kraken2軟件和Mothur軟件對于屬層面分類群識別的一致性圖2-3China_GBA隊(duì)列中基于kraken2和Mothur軟件的分類群相對豐富度相關(guān)系數(shù)

圖2-4Baxter隊(duì)列中基于kraken2和Mothur軟件的分類群相對豐富度相關(guān)系數(shù)2.3.5稀釋曲線

華南理工大學(xué)碩士學(xué)位論文12圖2-4Baxter隊(duì)列中基于kraken2和Mothur軟件的分類群相對豐富度相關(guān)系數(shù)2.3.5稀釋曲線如圖2-5各個隊(duì)列的稀釋曲線所示，可以發(fā)現(xiàn)對于不同的數(shù)據(jù)集，雖然測序數(shù)據(jù)量有所差別，但最終檢測出分類群數(shù)都能隨抽樣序列的增加而趨向于穩(wěn)定，說明各個....

本文編號：3911420