1.研究背景和目的人類(lèi)基因組外顯子數(shù)據(jù)量?jī)H占總量的1%(約30 Mb),相比全基因組測(cè)序,全基因組外顯子測(cè)序(WES)技術(shù)可以檢測(cè)到更多的低頻突變和罕見(jiàn)突變,同時(shí)可以大幅度降低測(cè)序成本,縮短實(shí)驗(yàn)周期。WES是發(fā)現(xiàn)、甄別和篩選腫瘤相關(guān)致病基因最有效的方法。通過(guò)該技術(shù)已經(jīng)找到了很多人類(lèi)疾病的致病基因和驅(qū)動(dòng)基因,其中一部分已經(jīng)用于臨床的靶向治療。目前,WES已經(jīng)廣泛用于腫瘤的研究,讓我們對(duì)腫瘤發(fā)生的分子機(jī)制有了進(jìn)一步了解,全基因組外顯子測(cè)序通常選擇外周血DNA或癌旁組織DNA中作為正常對(duì)照,但是經(jīng)常會(huì)出現(xiàn)不完全一致的結(jié)果。所以腫瘤領(lǐng)域?qū)τ谌绾芜x擇正常對(duì)照,歷來(lái)存在爭(zhēng)議。對(duì)消化道類(lèi)空腔臟器的腫瘤來(lái)說(shuō),雖然癌旁組織形態(tài)學(xué)正常,但是我們實(shí)驗(yàn)室及其他研究已經(jīng)發(fā)現(xiàn)形態(tài)正常的上皮組織其實(shí)已經(jīng)發(fā)生分子改變。通過(guò)文獻(xiàn)調(diào)研,我們發(fā)現(xiàn)針對(duì)同一個(gè)體賁門(mén)腺癌和癌旁組織及外周血全基因組外顯子測(cè)序結(jié)果對(duì)比的研究尚無(wú)報(bào)道。本論文是我們?cè)谧鲑S門(mén)腺癌全基因組測(cè)序的時(shí)增做的同一個(gè)體賁門(mén)腺癌和癌旁組織及外周血三種樣品的全基因組外顯子測(cè)序結(jié)果對(duì)比研究,目的是為賁門(mén)腺癌等正常對(duì)照組的選擇提供指導(dǎo)性意見(jiàn)。2.材料與方法2.1 樣品的準(zhǔn)...

【文章頁(yè)數(shù)】：73 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
縮略詞表
1. 引言
2. 材料與方法
    2.1 樣品的準(zhǔn)備
    2.2 全基因組外顯子測(cè)序的實(shí)驗(yàn)流程
        2.2.1 測(cè)序所需儀器和試劑
        2.2.2 DNA樣品的提取和質(zhì)量檢測(cè)
        2.2.3 樣品的文庫(kù)構(gòu)建和質(zhì)控
        2.2.4 樣品上機(jī)測(cè)序及質(zhì)控
    2.3 分析方法
        2.3.1 測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量評(píng)估
        2.3.2 測(cè)序深度與覆蓋度分布
        2.3.3 變異信息的挖掘與分析
3. 結(jié)果
    3.1 同一個(gè)體賁門(mén)腺癌vs癌旁、賁門(mén)腺癌vs外周血和癌旁vs外周血的體細(xì)胞突變數(shù)目
0.05)">    3.2 同一個(gè)體賁門(mén)腺癌vs癌旁、賁門(mén)腺癌vs外周血和癌旁vs外周血發(fā)生SNV的基因數(shù)目(突變頻率VAF>0.05)
    3.3 賁門(mén)腺癌vs外周血與癌旁vs外周血中發(fā)生相同SNV的基因
    3.4 賁門(mén)腺癌vs外周血的高頻突變基因
    3.5 賁門(mén)腺癌vs癌旁的高頻突變基因
    3.6 癌旁vs外周血的高頻突變基因
4. 討論
5. 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
附表
附圖
綜述 賁門(mén)癌的臨床病理特征和分子機(jī)制研究進(jìn)展
    1. 引言
    2. 賁門(mén)的定義和賁門(mén)黏膜的研究
        2.1 賁門(mén)的解剖學(xué)定義
        2.2 賁門(mén)黏膜的研究
            2.2.1 賁門(mén)的組織學(xué)特點(diǎn)
            2.2.2 賁門(mén)黏膜的研究進(jìn)展
    3. 賁門(mén)癌的中西方差異
    4. 賁門(mén)癌的臨床病理特征
        4.1 賁門(mén)癌的地域分布特征
        4.2 賁門(mén)癌的性別和年齡特征
        4.3 賁門(mén)癌的吸煙和飲酒特征
        4.4 賁門(mén)癌與幽門(mén)螺桿菌
        4.5 賁門(mén)癌與肥胖
        4.6 賁門(mén)癌與胃遠(yuǎn)端腫瘤和食管腺癌
        4.7 賁門(mén)癌與胃食管反流病
        4.8 賁門(mén)癌與腸化生
        4.9 賁門(mén)癌的腫瘤家族史特征
    5. 賁門(mén)癌的組織病理學(xué)特征
    6. 賁門(mén)癌變的分子機(jī)制研究進(jìn)展
        6.1 賁門(mén)癌與胃遠(yuǎn)端腫瘤和食管遠(yuǎn)端腺癌的分子差異
        6.2 賁門(mén)癌的單核苷酸多態(tài)性特征
        6.3 賁門(mén)癌的表觀遺傳特征
        6.4 賁門(mén)癌的長(zhǎng)非編碼RNA和微小RNA特征
    7. 總結(jié)與展望
    參考文獻(xiàn)
個(gè)人簡(jiǎn)歷
致謝



本文編號(hào)：3754590