1.研究背景和目的人類基因組外顯子數據量僅占總量的1%(約30 Mb),相比全基因組測序,全基因組外顯子測序(WES)技術可以檢測到更多的低頻突變和罕見突變,同時可以大幅度降低測序成本,縮短實驗周期。WES是發(fā)現(xiàn)、甄別和篩選腫瘤相關致病基因最有效的方法。通過該技術已經找到了很多人類疾病的致病基因和驅動基因,其中一部分已經用于臨床的靶向治療。目前,WES已經廣泛用于腫瘤的研究,讓我們對腫瘤發(fā)生的分子機制有了進一步了解,全基因組外顯子測序通常選擇外周血DNA或癌旁組織DNA中作為正常對照,但是經常會出現(xiàn)不完全一致的結果。所以腫瘤領域對于如何選擇正常對照,歷來存在爭議。對消化道類空腔臟器的腫瘤來說,雖然癌旁組織形態(tài)學正常,但是我們實驗室及其他研究已經發(fā)現(xiàn)形態(tài)正常的上皮組織其實已經發(fā)生分子改變。通過文獻調研,我們發(fā)現(xiàn)針對同一個體賁門腺癌和癌旁組織及外周血全基因組外顯子測序結果對比的研究尚無報道。本論文是我們在做賁門腺癌全基因組測序的時增做的同一個體賁門腺癌和癌旁組織及外周血三種樣品的全基因組外顯子測序結果對比研究,目的是為賁門腺癌等正常對照組的選擇提供指導性意見。2.材料與方法2.1 樣品的準...

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【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
縮略詞表
1. 引言
2. 材料與方法
    2.1 樣品的準備
    2.2 全基因組外顯子測序的實驗流程
        2.2.1 測序所需儀器和試劑
        2.2.2 DNA樣品的提取和質量檢測
        2.2.3 樣品的文庫構建和質控
        2.2.4 樣品上機測序及質控
    2.3 分析方法
        2.3.1 測序數據質量評估
        2.3.2 測序深度與覆蓋度分布
        2.3.3 變異信息的挖掘與分析
3. 結果
    3.1 同一個體賁門腺癌vs癌旁、賁門腺癌vs外周血和癌旁vs外周血的體細胞突變數目
0.05)">    3.2 同一個體賁門腺癌vs癌旁、賁門腺癌vs外周血和癌旁vs外周血發(fā)生SNV的基因數目(突變頻率VAF>0.05)
    3.3 賁門腺癌vs外周血與癌旁vs外周血中發(fā)生相同SNV的基因
    3.4 賁門腺癌vs外周血的高頻突變基因
    3.5 賁門腺癌vs癌旁的高頻突變基因
    3.6 癌旁vs外周血的高頻突變基因
4. 討論
5. 結論
參考文獻
附表
附圖
綜述 賁門癌的臨床病理特征和分子機制研究進展
    1. 引言
    2. 賁門的定義和賁門黏膜的研究
        2.1 賁門的解剖學定義
        2.2 賁門黏膜的研究
            2.2.1 賁門的組織學特點
            2.2.2 賁門黏膜的研究進展
    3. 賁門癌的中西方差異
    4. 賁門癌的臨床病理特征
        4.1 賁門癌的地域分布特征
        4.2 賁門癌的性別和年齡特征
        4.3 賁門癌的吸煙和飲酒特征
        4.4 賁門癌與幽門螺桿菌
        4.5 賁門癌與肥胖
        4.6 賁門癌與胃遠端腫瘤和食管腺癌
        4.7 賁門癌與胃食管反流病
        4.8 賁門癌與腸化生
        4.9 賁門癌的腫瘤家族史特征
    5. 賁門癌的組織病理學特征
    6. 賁門癌變的分子機制研究進展
        6.1 賁門癌與胃遠端腫瘤和食管遠端腺癌的分子差異
        6.2 賁門癌的單核苷酸多態(tài)性特征
        6.3 賁門癌的表觀遺傳特征
        6.4 賁門癌的長非編碼RNA和微小RNA特征
    7. 總結與展望
    參考文獻
個人簡歷
致謝



本文編號：3754590