非編碼RNA（Non-coding RNA,ncRNA）從器官發(fā)育到癌癥惡化的大量生物過程中都發(fā)揮不可或缺的作用。這些RNA構成了腫瘤學內(nèi)源性競爭RNA（Competing endogenous RNA,CeRNA）假說的基本組成部分。該假說為探索不同類型癌癥的機制和演化提供了復雜網(wǎng)絡的研究視角。這個領域之前的工作主要集中在靜態(tài)CeRNA網(wǎng)絡。癌癥的發(fā)展過程中,潛在的CeRNA網(wǎng)絡很難保持不變,因此我們研究了CeRNA網(wǎng)絡的動態(tài)變化。將肺腺癌（Lung adenocarcinoma,LUAD）作為一個研究原型案例,對LUAD四個順序演化期型,基于長鏈非編碼RNA（Long non-coding RNAs,lncRNAs）、微RNA（microRNA,miRNA）、信使RNA（messenger RNA,mRNA）多組學數(shù)據(jù),通過RNA的差異化表達分析、基于堿基互補配對原理匹配microRNA靶目標、援引CeRNA假說選取RNA之間表達量的負相關方法,來構建四個期型的CeRNA網(wǎng)絡。我們發(fā)現(xiàn)網(wǎng)絡由microRNAs及其靶向的mRNAs（或者lncRNAs）組成,具有雙二分圖結構（Two-... 

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【學位級別】：碩士

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中文摘要
Abstract
第一章 引言
    1.1 肺癌的種類及分期
        1.1.1 肺癌種類
        1.1.2 TNM分期
    1.2 非編碼RNA及其相互調(diào)節(jié)
        1.2.1 非編碼RNA
        1.2.2 轉(zhuǎn)錄后水平的RNA之間的相互調(diào)節(jié)
        1.2.3 內(nèi)源性競爭RNA網(wǎng)絡研究現(xiàn)狀
    1.3 論文的研究動機和研究內(nèi)容
第二章 構建RNA相互作用的CeRNA網(wǎng)絡
    2.1 LUAD臨床數(shù)據(jù)和基因表達數(shù)據(jù)
    2.2 基因差異化表達分析
        2.2.1 LUAD四期樣本的RNA表達量
        2.2.2 LUAD四期樣本的RNA差異化表達
    2.3 RNA之間的相互作用
        2.3.1 microRNA-mRNA和microRNA-lncRNA間相互作用
        2.3.2 RNA-RNA表達量之間的負相關
    2.4 富集分析和生存分析
        2.4.1 GO基因富集分析和KEGG富集分析
        2.4.2 生存回歸分析
第三章 內(nèi)源性競爭RNA網(wǎng)絡構建及統(tǒng)計分析
    3.1 內(nèi)源性競爭RNA網(wǎng)絡構建
        3.1.1 lncRNA-microRNA-mRNA的內(nèi)源性競爭RNA網(wǎng)絡
        3.1.2 內(nèi)源性競爭RNA網(wǎng)絡中節(jié)點的FC值和基因表達值
        3.1.3 內(nèi)源性競爭RNA網(wǎng)絡的基因富集分析
    3.2 CeRNA網(wǎng)絡的分析
        3.2.1 CeRNA網(wǎng)絡的劃分
        3.2.2 對UCEN網(wǎng)絡中mRNAs的富集分析
        3.2.3 對UCEN網(wǎng)絡中microRNA相連接的mRNA的富集分析
    3.3 CeRNA網(wǎng)絡中的生存分析
        3.3.1 CCEN網(wǎng)絡中microRNA節(jié)點的生存分析
        3.3.2 CeRNA網(wǎng)絡中影響LUAD各期樣本的標志物
    3.4 CeRNA網(wǎng)絡分析總結
第四章 基因表達數(shù)據(jù)的主成分分析
    4.1 主成分分析
        4.1.1 主成分分析基本原理
        4.1.2 生物信息學中的PCA算法
        4.1.3 TCGA-LUAD數(shù)據(jù)的主成分分析
    4.2 COX比例風險回歸分析
        4.2.1 COX比例風險回歸基本原理
        4.2.2 COX比例風險回歸中偏回歸系數(shù)的意義
        4.2.3 COX比例風險回歸分析確定核心PCA主成分
        4.2.4 COX比例風險回歸分析性別和年齡的影響
    4.3 聚類分析
        4.3.1 PCA本征矢的聚類分析
        4.3.2 本征矢與FC值的關系
    4.4 PCA算法總結
第五章 總結
參考文獻
在學期間的研究成果
致謝



本文編號：3690636