非編碼RNA（Non-coding RNA,ncRNA）從器官發(fā)育到癌癥惡化的大量生物過程中都發(fā)揮不可或缺的作用。這些RNA構(gòu)成了腫瘤學(xué)內(nèi)源性競爭RNA（Competing endogenous RNA,CeRNA）假說的基本組成部分。該假說為探索不同類型癌癥的機制和演化提供了復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)的研究視角。這個領(lǐng)域之前的工作主要集中在靜態(tài)CeRNA網(wǎng)絡(luò)。癌癥的發(fā)展過程中,潛在的CeRNA網(wǎng)絡(luò)很難保持不變,因此我們研究了CeRNA網(wǎng)絡(luò)的動態(tài)變化。將肺腺癌（Lung adenocarcinoma,LUAD）作為一個研究原型案例,對LUAD四個順序演化期型,基于長鏈非編碼RNA（Long non-coding RNAs,lncRNAs）、微RNA（microRNA,miRNA）、信使RNA（messenger RNA,mRNA）多組學(xué)數(shù)據(jù),通過RNA的差異化表達(dá)分析、基于堿基互補配對原理匹配microRNA靶目標(biāo)、援引CeRNA假說選取RNA之間表達(dá)量的負(fù)相關(guān)方法,來構(gòu)建四個期型的CeRNA網(wǎng)絡(luò)。我們發(fā)現(xiàn)網(wǎng)絡(luò)由microRNAs及其靶向的mRNAs（或者lncRNAs）組成,具有雙二分圖結(jié)構(gòu)（Two-... 

【文章頁數(shù)】：58 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
中文摘要
Abstract
第一章 引言
    1.1 肺癌的種類及分期
        1.1.1 肺癌種類
        1.1.2 TNM分期
    1.2 非編碼RNA及其相互調(diào)節(jié)
        1.2.1 非編碼RNA
        1.2.2 轉(zhuǎn)錄后水平的RNA之間的相互調(diào)節(jié)
        1.2.3 內(nèi)源性競爭RNA網(wǎng)絡(luò)研究現(xiàn)狀
    1.3 論文的研究動機和研究內(nèi)容
第二章 構(gòu)建RNA相互作用的CeRNA網(wǎng)絡(luò)
    2.1 LUAD臨床數(shù)據(jù)和基因表達(dá)數(shù)據(jù)
    2.2 基因差異化表達(dá)分析
        2.2.1 LUAD四期樣本的RNA表達(dá)量
        2.2.2 LUAD四期樣本的RNA差異化表達(dá)
    2.3 RNA之間的相互作用
        2.3.1 microRNA-mRNA和microRNA-lncRNA間相互作用
        2.3.2 RNA-RNA表達(dá)量之間的負(fù)相關(guān)
    2.4 富集分析和生存分析
        2.4.1 GO基因富集分析和KEGG富集分析
        2.4.2 生存回歸分析
第三章 內(nèi)源性競爭RNA網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建及統(tǒng)計分析
    3.1 內(nèi)源性競爭RNA網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建
        3.1.1 lncRNA-microRNA-mRNA的內(nèi)源性競爭RNA網(wǎng)絡(luò)
        3.1.2 內(nèi)源性競爭RNA網(wǎng)絡(luò)中節(jié)點的FC值和基因表達(dá)值
        3.1.3 內(nèi)源性競爭RNA網(wǎng)絡(luò)的基因富集分析
    3.2 CeRNA網(wǎng)絡(luò)的分析
        3.2.1 CeRNA網(wǎng)絡(luò)的劃分
        3.2.2 對UCEN網(wǎng)絡(luò)中mRNAs的富集分析
        3.2.3 對UCEN網(wǎng)絡(luò)中microRNA相連接的mRNA的富集分析
    3.3 CeRNA網(wǎng)絡(luò)中的生存分析
        3.3.1 CCEN網(wǎng)絡(luò)中microRNA節(jié)點的生存分析
        3.3.2 CeRNA網(wǎng)絡(luò)中影響LUAD各期樣本的標(biāo)志物
    3.4 CeRNA網(wǎng)絡(luò)分析總結(jié)
第四章 基因表達(dá)數(shù)據(jù)的主成分分析
    4.1 主成分分析
        4.1.1 主成分分析基本原理
        4.1.2 生物信息學(xué)中的PCA算法
        4.1.3 TCGA-LUAD數(shù)據(jù)的主成分分析
    4.2 COX比例風(fēng)險回歸分析
        4.2.1 COX比例風(fēng)險回歸基本原理
        4.2.2 COX比例風(fēng)險回歸中偏回歸系數(shù)的意義
        4.2.3 COX比例風(fēng)險回歸分析確定核心PCA主成分
        4.2.4 COX比例風(fēng)險回歸分析性別和年齡的影響
    4.3 聚類分析
        4.3.1 PCA本征矢的聚類分析
        4.3.2 本征矢與FC值的關(guān)系
    4.4 PCA算法總結(jié)
第五章 總結(jié)
參考文獻(xiàn)
在學(xué)期間的研究成果
致謝



本文編號：3690636