本文關鍵詞：血小板糖蛋白GPVI與10B12的分子動力學模擬，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：急性動脈血栓是發(fā)達國家致死率最高的病因之一，它會導致致命的心肌梗塞和中風血小板粘附到血管受損部位是生理性止血和病理性血栓的關鍵過程血小板粘附是一個包括拴縛滾動和緊密粘附的多步驟級聯(lián)反應，，是由不同的受體與配體之間的各種相互作用所介導的隨著單克隆技術的發(fā)展，越來越多的抗體應用于各種疾病如自身免疫炎癥腫瘤和心血管疾病的治療和診斷抗原表位與抗體互補位的精確識別和定位是關鍵環(huán)節(jié)之一 傳統(tǒng)的實驗方法主要包括X射線晶體衍射核磁共振等結構途徑以及氨基酸突變抗原裂解法和隨機肽庫技術等功能途徑這些實驗方法通常是昂貴耗時且低效的于是，人們將計算機輔助方法如剛性和柔性分子對接引入抗體設計之中然而針對有限的幾個靜態(tài)構象（包括晶體構象NMR構象和對接構象）的分析是片面且不可靠的 膠原與膠原受體例如GPVI的結合是血小板聚集動脈血栓形成的中心環(huán)節(jié)，因此，針對GPVI的單克隆抗體的研究層出不窮，其中單鏈抗體10B12因其與GPVI的高親和力得到了廣泛關注本研究發(fā)展一種以殘基相互作用指數(shù)為判定標準的定位抗原決定簇/抗體決定簇的計算機策略，綜合同源模建剛性對接分子動力學模擬來鑒別10B12與GPVI結合面上的關鍵殘基首先同源模建10B12分子晶體結構，然后使10B12與GPVI剛性對接，基于10B12與GPVI結合的最佳復合物模型，通過自由分子動力學模擬計算檢測氫鍵和鹽橋的生存率，并引入殘基重要性指數(shù)對殘基的重要性進行分析平衡及自由動力學模擬的結果中對殘基相互作用指數(shù)0.5的殘基進行統(tǒng)計，結果表明實驗證實的2個GPVI表位殘基已全部被我們的計算方法所測得，且實驗證偽的8個GPVI殘基中有7個殘基被我們計算分析排除綜合可知，殘基相互作用指數(shù)的計算機策略能很好的檢測和預報結合面的關鍵殘基，這一新的計算機策略可廣泛應用于受體-配體相互作用中的關鍵殘基的預報和識別，為傳統(tǒng)的氨基酸殘基突變實驗和單克隆抗體藥物設計提供指導
【關鍵詞】：GPVI 膠原 抗血栓單克隆抗體10B12 關鍵殘基
【學位授予單位】：華南理工大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2013
【分類號】：R3411
【目錄】：

• 摘要5-7
• Abstract7-9
• 目錄9-11
• 第一章 緒論11-25
• 1.1 研究背景及意義11-13
• 1.1.1 動脈血栓形成過程11-12
• 1.1.2 研究意義12-13
• 1.2 血栓形成的重要分子13-22
• 1.2.1 血小板13-14
• 1.2.2 血管性血友病因子 vWF14-16
• 1.2.3 血管性血友病因子裂解酶 ADAMTS1316-17
• 1.2.4 膠原蛋白17-19
• 1.2.5 血小板糖蛋白 GPVI19-20
• 1.2.6 其他膠原受體的作用20-21
• 1.2.7 抗血栓單克隆抗體21-22
• 1.3 國內外研究現(xiàn)狀22-23
• 1.4 本文的主要內容及結構23-25
• 第二章 分子動力學模擬介紹25-36
• 2.1 引言25-33
• 2.1.1 分子動力學模擬軟件26-27
• 2.1.2 分子動力學模擬硬件27-28
• 2.1.3 分子動力學模擬原理28-31
• 2.1.4 分子動力學模擬流程31-33
• 2.2 自由分子動力學模擬33-34
• 2.3 本章小結34-36
• 第三章 抗體 10B12與 GPVI的動力學模擬36-54
• 3.1 引言36-37
• 3.2 實驗設備37-39
• 3.3 材料和方法39-42
• 3.3.1 序列獲取及同源模建39-40
• 3.3.2 剛性對接40
• 3.3.3 能量最小化平衡與自由動力學模擬40-41
• 3.3.4 氫鍵和鹽橋的生存率41-42
• 3.3.5 殘基相互作用指數(shù)42
• 3.4 結果與討論42-52
• 3.4.1 同源模建 10B12 分子42-44
• 3.4.2 10B12 分子與 GPVI 剛性對接44-45
• 3.4.3 靜態(tài)復合物分析45-46
• 3.4.4 平衡過程中分析得到的關鍵殘基信息46-49
• 3.4.5 GPVI/10B12 復合物結合面上氫鍵或鹽橋的熱穩(wěn)定性分析49-50
• 3.4.6 殘基相互作用指數(shù)與關鍵殘基50-52
• 3.5 本章小結52-54
• 總結與展望54-56
• 參考文獻56-66
• 附錄：縮寫與符號66-67
• 攻讀碩士學位期間取得的研究成果67-68
• 致謝68-69
• 附件69

【參考文獻】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前5條

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  本文關鍵詞：血小板糖蛋白GPVI與10B12的分子動力學模擬，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

本文編號：426029