本文關(guān)鍵詞：血小板糖蛋白GPVI與10B12的分子動(dòng)力學(xué)模擬，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：急性動(dòng)脈血栓是發(fā)達(dá)國家致死率最高的病因之一，它會(huì)導(dǎo)致致命的心肌梗塞和中風(fēng)血小板粘附到血管受損部位是生理性止血和病理性血栓的關(guān)鍵過程血小板粘附是一個(gè)包括拴縛滾動(dòng)和緊密粘附的多步驟級(jí)聯(lián)反應(yīng)，，是由不同的受體與配體之間的各種相互作用所介導(dǎo)的隨著單克隆技術(shù)的發(fā)展，越來越多的抗體應(yīng)用于各種疾病如自身免疫炎癥腫瘤和心血管疾病的治療和診斷抗原表位與抗體互補(bǔ)位的精確識(shí)別和定位是關(guān)鍵環(huán)節(jié)之一 傳統(tǒng)的實(shí)驗(yàn)方法主要包括X射線晶體衍射核磁共振等結(jié)構(gòu)途徑以及氨基酸突變抗原裂解法和隨機(jī)肽庫技術(shù)等功能途徑這些實(shí)驗(yàn)方法通常是昂貴耗時(shí)且低效的于是，人們將計(jì)算機(jī)輔助方法如剛性和柔性分子對接引入抗體設(shè)計(jì)之中然而針對有限的幾個(gè)靜態(tài)構(gòu)象（包括晶體構(gòu)象NMR構(gòu)象和對接構(gòu)象）的分析是片面且不可靠的 膠原與膠原受體例如GPVI的結(jié)合是血小板聚集動(dòng)脈血栓形成的中心環(huán)節(jié)，因此，針對GPVI的單克隆抗體的研究層出不窮，其中單鏈抗體10B12因其與GPVI的高親和力得到了廣泛關(guān)注本研究發(fā)展一種以殘基相互作用指數(shù)為判定標(biāo)準(zhǔn)的定位抗原決定簇/抗體決定簇的計(jì)算機(jī)策略，綜合同源模建剛性對接分子動(dòng)力學(xué)模擬來鑒別10B12與GPVI結(jié)合面上的關(guān)鍵殘基首先同源模建10B12分子晶體結(jié)構(gòu)，然后使10B12與GPVI剛性對接，基于10B12與GPVI結(jié)合的最佳復(fù)合物模型，通過自由分子動(dòng)力學(xué)模擬計(jì)算檢測氫鍵和鹽橋的生存率，并引入殘基重要性指數(shù)對殘基的重要性進(jìn)行分析平衡及自由動(dòng)力學(xué)模擬的結(jié)果中對殘基相互作用指數(shù)0.5的殘基進(jìn)行統(tǒng)計(jì)，結(jié)果表明實(shí)驗(yàn)證實(shí)的2個(gè)GPVI表位殘基已全部被我們的計(jì)算方法所測得，且實(shí)驗(yàn)證偽的8個(gè)GPVI殘基中有7個(gè)殘基被我們計(jì)算分析排除綜合可知，殘基相互作用指數(shù)的計(jì)算機(jī)策略能很好的檢測和預(yù)報(bào)結(jié)合面的關(guān)鍵殘基，這一新的計(jì)算機(jī)策略可廣泛應(yīng)用于受體-配體相互作用中的關(guān)鍵殘基的預(yù)報(bào)和識(shí)別，為傳統(tǒng)的氨基酸殘基突變實(shí)驗(yàn)和單克隆抗體藥物設(shè)計(jì)提供指導(dǎo)
【關(guān)鍵詞】：GPVI 膠原 抗血栓單克隆抗體10B12 關(guān)鍵殘基
【學(xué)位授予單位】：華南理工大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2013
【分類號(hào)】：R3411
【目錄】：

• 摘要5-7
• Abstract7-9
• 目錄9-11
• 第一章 緒論11-25
• 1.1 研究背景及意義11-13
• 1.1.1 動(dòng)脈血栓形成過程11-12
• 1.1.2 研究意義12-13
• 1.2 血栓形成的重要分子13-22
• 1.2.1 血小板13-14
• 1.2.2 血管性血友病因子 vWF14-16
• 1.2.3 血管性血友病因子裂解酶 ADAMTS1316-17
• 1.2.4 膠原蛋白17-19
• 1.2.5 血小板糖蛋白 GPVI19-20
• 1.2.6 其他膠原受體的作用20-21
• 1.2.7 抗血栓單克隆抗體21-22
• 1.3 國內(nèi)外研究現(xiàn)狀22-23
• 1.4 本文的主要內(nèi)容及結(jié)構(gòu)23-25
• 第二章 分子動(dòng)力學(xué)模擬介紹25-36
• 2.1 引言25-33
• 2.1.1 分子動(dòng)力學(xué)模擬軟件26-27
• 2.1.2 分子動(dòng)力學(xué)模擬硬件27-28
• 2.1.3 分子動(dòng)力學(xué)模擬原理28-31
• 2.1.4 分子動(dòng)力學(xué)模擬流程31-33
• 2.2 自由分子動(dòng)力學(xué)模擬33-34
• 2.3 本章小結(jié)34-36
• 第三章 抗體 10B12與 GPVI的動(dòng)力學(xué)模擬36-54
• 3.1 引言36-37
• 3.2 實(shí)驗(yàn)設(shè)備37-39
• 3.3 材料和方法39-42
• 3.3.1 序列獲取及同源模建39-40
• 3.3.2 剛性對接40
• 3.3.3 能量最小化平衡與自由動(dòng)力學(xué)模擬40-41
• 3.3.4 氫鍵和鹽橋的生存率41-42
• 3.3.5 殘基相互作用指數(shù)42
• 3.4 結(jié)果與討論42-52
• 3.4.1 同源模建 10B12 分子42-44
• 3.4.2 10B12 分子與 GPVI 剛性對接44-45
• 3.4.3 靜態(tài)復(fù)合物分析45-46
• 3.4.4 平衡過程中分析得到的關(guān)鍵殘基信息46-49
• 3.4.5 GPVI/10B12 復(fù)合物結(jié)合面上氫鍵或鹽橋的熱穩(wěn)定性分析49-50
• 3.4.6 殘基相互作用指數(shù)與關(guān)鍵殘基50-52
• 3.5 本章小結(jié)52-54
• 總結(jié)與展望54-56
• 參考文獻(xiàn)56-66
• 附錄：縮寫與符號(hào)66-67
• 攻讀碩士學(xué)位期間取得的研究成果67-68
• 致謝68-69
• 附件69

【參考文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前5條

1 姚理榮;林紅;陳宇岳;;膠原蛋白纖維的性能與應(yīng)用[J];紡織學(xué)報(bào);2006年09期

2 劉慶慧,李勃生;動(dòng)物膠原的研究進(jìn)展[J];海洋水產(chǎn)研究;2002年01期

3 劉白玲;膠原在生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的應(yīng)用[J];皮革科學(xué)與工程;1999年03期

4 余自強(qiáng);董寧征;白霞;戴蘭;阮長耿;;抗血小板糖蛋白VI單鏈抗體的制備和功能研究[J];現(xiàn)代免疫學(xué);2006年01期

5 冀學(xué)斌,侯明,馬道新,李麗珍,彭軍,王琳;人源化抗血小板膜糖蛋白Ⅱb/Ⅲa抗體庫的構(gòu)建及臨床價(jià)值[J];中華內(nèi)科雜志;2005年04期

  本文關(guān)鍵詞：血小板糖蛋白GPVI與10B12的分子動(dòng)力學(xué)模擬，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

本文編號(hào)：426029