本文關(guān)鍵詞：高通量測(cè)序技術(shù)分析肺結(jié)核患者和潛伏感染者PBMC基因表達(dá)譜差異，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：肺結(jié)核是由結(jié)核分枝桿菌引起的呼吸道傳染性疾病，是目前全球造成死亡人數(shù)最多的單一傳染病。我國(guó)是世界上結(jié)核疫情最嚴(yán)重的國(guó)家之一，每年死亡人數(shù)達(dá)13萬。潛伏感染者雖在感染結(jié)核桿菌后一段時(shí)間不發(fā)病，但是若不治療發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)有5%～10%，并且新發(fā)現(xiàn)的肺結(jié)核85%～90%由潛伏感染者演變而來的，當(dāng)今鑒定潛伏感染者也沒有統(tǒng)一的標(biāo)準(zhǔn)。肺結(jié)核易合并其他疾病如HIV，結(jié)核桿菌耐藥菌株的出現(xiàn)，造成了肺結(jié)核的鑒定和治療困難，以往方法的局限性也日益凸顯，因此尋求新的鑒定和治療方法刻不容緩。 本研究應(yīng)用目前最先進(jìn)的高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)PTB肺結(jié)核，，LTBI潛伏感染者，HC健康對(duì)照三種樣本測(cè)序，研究樣本之間PBMC表達(dá)譜的差異，目的在于篩選診斷標(biāo)識(shí)基因和藥物靶向作用的位點(diǎn)基因。所采用的研究方法是分離三類樣本的PBMC，提取總RNA，并制備cDNA文庫，進(jìn)行橋式PCR擴(kuò)增，再用IlluminaGenomeAnalyzerIIx測(cè)序儀進(jìn)行深度測(cè)序，再結(jié)合生物信息方法分析三類人群基因表達(dá)譜的差異。具體的結(jié)果如下： 測(cè)序產(chǎn)生的原始數(shù)據(jù)經(jīng)過濾，比對(duì)，注釋后得到：肺結(jié)核樣本36390類標(biāo)簽，12270個(gè)基因；潛伏感染者樣本33066類標(biāo)簽，1200個(gè)基因；健康對(duì)照樣本35009類標(biāo)簽，12240個(gè)基因。 按照FDR≤0.001，|log2Ratio|≥1的標(biāo)準(zhǔn)初步篩選出的差異基因?yàn)椋篜TBvsHC上調(diào)基因1601個(gè)，下調(diào)基因1469個(gè)；LTBIvsHC上調(diào)基因1304個(gè)，下調(diào)基因1802個(gè)；LTBIvsHC上調(diào)的基因1304個(gè)，下調(diào)的基因1802個(gè)。將|log2Ratio|的篩選標(biāo)準(zhǔn)按照實(shí)際情況擴(kuò)大后，篩選出了差異極其顯著的基因如CXCR4，TWIST2，TYROBP，OSM,NFIL3，LILRB2，IL8，CXLC5，EGR1等。并且差異基因主要位于細(xì)胞莫內(nèi)，起著連接作用，主要參與生物代謝過程，在趨化因子信號(hào)通路，MAPK信號(hào)通路，自然殺傷細(xì)胞介導(dǎo)的毒性通路，T細(xì)胞受體信號(hào)通路中起著重要的作用。
【關(guān)鍵詞】：肺結(jié)核 潛伏感染者 PBMC 高通量測(cè)序技術(shù) 表達(dá)譜
【學(xué)位授予單位】：華南理工大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2013
【分類號(hào)】：R378.911;R3411
【目錄】：

• 摘要5-6
• ABSTRACT6-11
• 第一章 緒論11-20
• 1.1 肺結(jié)核簡(jiǎn)介及目前國(guó)內(nèi)外研究現(xiàn)狀11-15
• 1.1.1 肺結(jié)核病原學(xué)11-12
• 1.1.2 肺結(jié)核流行病學(xué)12
• 1.1.3 肺結(jié)核發(fā)病過程及臨床表現(xiàn)12-13
• 1.1.4 肺結(jié)核的診斷方法13-14
• 1.1.5 肺結(jié)核治療及預(yù)防措施14-15
• 1.2 肺結(jié)核潛伏感染簡(jiǎn)介15-16
• 1.3 我國(guó)肺結(jié)核研究現(xiàn)狀16-17
• 1.4 新一代高通量RNA測(cè)序技術(shù)的介紹17-18
• 1.5 本課題研究的意義和內(nèi)容18-20
• 第二章 mRNA測(cè)序樣品的制備和文庫的確立20-22
• 2.1 病人和標(biāo)本的收集20
• 2.2 分離血液標(biāo)本的 PBMC 1020
• 2.3 測(cè)序20-21
• 2.4 本章小結(jié)21-22
• 第三章 數(shù)據(jù)處理和基礎(chǔ)分析22-27
• 3.1 基礎(chǔ)數(shù)據(jù)分析22-23
• 3.1.1 高通量測(cè)序數(shù)據(jù)的序列標(biāo)簽（tag）分析22
• 3.1.2 基因表達(dá)量分布分析22-23
• 3.2 結(jié)果與討論23-25
• 3.2.1 檢測(cè)到的基因數(shù)量分析23-25
• 3.2.2 基因表達(dá)量分布討論25
• 3.3 本章小結(jié)25-27
• 第四章 PTBvsHC差異基因篩選和分析27-37
• 4.1 PTBvsHC差異基因的篩選27-29
• 4.2 PTBvsHC差異基因GO功能富集性分析29-31
• 4.3 PTB vs HC差異基因KEGG Pathway代謝通路分析31-32
• 4.4 PTB vs HC篩選的差異基因結(jié)果討論32-36
• 4.4.1 PTB vs HC顯著上調(diào)基因討論33-34
• 4.4.2 PTB vs HC顯著下調(diào)基因討論34-35
• 4.4.3 PTB vs HC差異基因GO功能富集性分析討論35
• 4.4.4 PTB vs HC差異基因KEGG代謝通路分析討論35-36
• 4.5 本章小結(jié)36-37
• 第五章 LTBI vs HC差異基因篩選和分析37-47
• 5.1 LTBI vs HC差異基因的篩選37
• 5.2 LTBI vs HC差異基因GO功能富集性分析37-41
• 5.3 LTBI vs HC差異基因KEGG Pathway代謝通路分析41
• 5.4 LTBI vs HC篩選的差異基因結(jié)果討論41-45
• 5.4.1 LTBI vs HC顯著上調(diào)基因討論42-43
• 5.4.2 LTBI vs HC顯著下調(diào)基因討論43-44
• 5.4.3 LTBI vs HC差異基因GO功能富集性分析討論44-45
• 5.4.4 LTB vs HC差異基因KEGG代謝通路分析討論45
• 5.5 本章小結(jié)45-47
• 第六章 LTBI vs PTB差異基因篩選和分析47-55
• 6.1 PTB vs LTBI差異基因的篩選47
• 6.2 LTBI vs PTB差異基因GO功能富集性分析47-48
• 6.3 PTB vs LTBI差異基因KEGG Pathway代謝通路分析48-51
• 6.451-54
• 6.4.1 LTBI vs PTB顯著上調(diào)基因討論51-52
• 6.4.2 LTBI vs PTB顯著下調(diào)基因討論52
• 6.4.3 LTBI vs PTB差異基因GO功能富集性分析討論52-53
• 6.4.4 LTB vs PTB差異基因KEGG代謝通路分析討論53-54
• 6.5 本章小結(jié)54-55
• 第七章 PTB vs LTBI vs HC55-59
• 7.1 PTB vs LTBI vs HC的聚類分析55-56
• 7.2 本章小結(jié)56-59
• 結(jié)論與展望59-61
• 1. 結(jié)論59
• 2. 展望59-61
• 參考文獻(xiàn)61-68
• 攻讀碩士學(xué)位期間取得的研究成果68-69
• 致謝69-70
• 附件70

【參考文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 劉麗紅,孫晶,施秀琴,曹峰林;HLA與結(jié)核病相關(guān)性研究[J];哈爾濱醫(yī)藥;2001年01期

2 翟景南;張明霞;張潔云;邱振綱;陳騎;朱秀云;陳心春;;肺結(jié)核患者血漿和胸水中抑瘤素-M檢測(cè)及臨床意義[J];臨床肺科雜志;2012年04期

3 宮Z

本文編號(hào)：399315