蛋白質(zhì)是一切生命活動(dòng)的基礎(chǔ)，參與了細(xì)胞生命活動(dòng)的每一個(gè)進(jìn)程。蛋白質(zhì)所行使的各種生物功能與它的三維結(jié)構(gòu)密切相關(guān)，即蛋白質(zhì)必須形成特定的空間結(jié)構(gòu)才能行使其特定的生物學(xué)功能。蛋白質(zhì)主要由常見(jiàn)的20種氨基酸構(gòu)成，而一條氨基酸序列是如何決定其特定的三維結(jié)構(gòu)，進(jìn)而發(fā)揮特定的生物學(xué)功能，一直是科學(xué)家們研究的熱點(diǎn)問(wèn)題。蛋白質(zhì)功能的發(fā)揮必須與其他分子相互作用，可以將這些與蛋白質(zhì)相互作用的分子統(tǒng)稱(chēng)為蛋白質(zhì)的配體，包括其他蛋白質(zhì)、多肽、DNA、RNA、小分子等等。蛋白質(zhì)行使功能的過(guò)程可被粗略地看作是蛋白質(zhì)與配體的結(jié)合-轉(zhuǎn)化-釋放的過(guò)程。對(duì)蛋白質(zhì)-配體復(fù)合物結(jié)構(gòu)以及識(shí)別機(jī)制的研究將有助于我們對(duì)生命基本過(guò)程的進(jìn)一步理解。 對(duì)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能的研究不僅可以探索生命的基本過(guò)程，還可以促進(jìn)眾多應(yīng)用領(lǐng)域的快速發(fā)展，例如蛋白質(zhì)進(jìn)化工程、生物制藥、環(huán)境污染的監(jiān)控與治理等等。蛋白質(zhì)所具有的一些特性，例如酶的催化效率和特異性倍受工業(yè)界青睞，然而在實(shí)際的工業(yè)生產(chǎn)條件下（高溫、高壓、極端pH等環(huán)境），天然蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)和功能往往會(huì)遭到破壞。對(duì)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)穩(wěn)定性的研究可以為改造設(shè)計(jì)適合工業(yè)用途的蛋白質(zhì)提供理論支持。在醫(yī)藥領(lǐng)域，越來(lái)越多的...

【文章頁(yè)數(shù)】：123 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第1章 緒論
    1.1 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與功能研究
    1.2 計(jì)算機(jī)模擬方法研究
        1.2.1 蛋白質(zhì)及蛋白質(zhì)-配體復(fù)合物結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
        1.2.2 分子動(dòng)力學(xué)模擬
        1.2.3 結(jié)合自由能計(jì)算
    1.3 蛋白質(zhì)熱穩(wěn)定性研究
    1.4 多肽藥物研究
    1.5 蛋白質(zhì)與持久性有機(jī)污染物相互作用研究
    1.6 本論文的主要工作
第2章 Sso7d 及其突變體 F31A 的熱穩(wěn)定性和去折疊路徑研究
    2.1 引言
    2.2 材料與方法
    2.3 結(jié)果分析
        2.3.1 MD 模擬
        2.3.2 二級(jí)結(jié)構(gòu)的熔解
        2.3.3 鹽橋和氫鍵
        2.3.4 疏水核心和芳香簇
        2.3.5 去折疊路徑
    2.4 討論
    2.5 本章小結(jié)
第3章 抗癌多肽 p28 與腫瘤抑制蛋白 p53 的拉伸分子動(dòng)力學(xué)研究
    3.1 引言
    3.2 材料與方法
        3.2.1 p29-p53 DBD 復(fù)合物
        3.2.2 分子動(dòng)力學(xué)模擬
        3.2.3 拉伸分子動(dòng)力學(xué)模擬
        3.2.4 平均力勢(shì)的計(jì)算
    3.3 結(jié)果與討論
        3.3.1 p53 DBD-p29 復(fù)合物的解離路徑
        3.3.2 p29-p53 DBD 復(fù)合物解離過(guò)程的能量地形面
    3.4 本章小結(jié)
第4章 TCDD 對(duì) CK2 活性抑制機(jī)理研究
    4.1 引言
    4.2 材料與方法
        4.2.1 分子相似性
        4.2.2 分子對(duì)接
        4.2.3 分子動(dòng)力學(xué)模擬
        4.2.4 MM/PBSA 結(jié)合自由能計(jì)算
    4.3 結(jié)果與討論
        4.3.1 形狀和靜電相似性
        4.3.2 結(jié)合位點(diǎn)與結(jié)合模式預(yù)測(cè)
        4.3.3 分子動(dòng)力學(xué)模擬
        4.3.4 CK2α-配體復(fù)合物的能量分析
        4.3.5 復(fù)合物預(yù)測(cè)結(jié)構(gòu)
    4.4 本章小結(jié)
第5章 4,4’-DDE 和 CB-153 與雄性荷爾蒙受體的結(jié)合模式研究
    5.1 引言
    5.2 材料與方法
        5.2.1 分子對(duì)接
        5.2.2 分子動(dòng)力學(xué)模擬
        5.2.3 MM/PBSA 結(jié)合自由能計(jì)算
    5.3 結(jié)果與討論
        5.3.1 POPs 與 AR/LBD 的分子對(duì)接
        5.3.2 MD 模擬中構(gòu)象的穩(wěn)定性
        5.3.3 結(jié)合自由能分析
        5.3.4 預(yù)測(cè)的結(jié)合模式
    5.4 本章小結(jié)
第6章 4,4’-DDE 和 CB-153 的反向虛擬篩選研究
    6.1 引言
    6.2 材料與方法
        6.2.1 配體分子結(jié)構(gòu)準(zhǔn)備
        6.2.2 受體數(shù)據(jù)庫(kù)
        6.2.3 分子對(duì)接
    6.3 結(jié)果分析
        6.3.1 核受體
        6.3.2 視黃醇結(jié)合蛋白
        6.3.3 酶
        6.3.4 單克隆抗體
    6.4 討論
    6.5 本章小結(jié)
結(jié)論與展望
參考文獻(xiàn)
附錄
攻讀博士學(xué)位期間所發(fā)表的學(xué)術(shù)論文
致謝



本文編號(hào)：3841333