全基因組測(cè)序與病毒捕獲測(cè)序技術(shù)探討EB病毒進(jìn)化及整合規(guī)律的初步研究
發(fā)布時(shí)間:2023-05-14 20:48
Epstein-Barr病毒(EBV)是一種普遍存在的人類皰疹病毒。EBV的基因組全長(zhǎng)約為171Kb,包含至少86個(gè)開放性閱讀框。世界上大約90%的人口感染過(guò)EBV。EBV已經(jīng)被證實(shí)是淋巴瘤、鼻咽癌等多種惡性疾病重要的致病因子。EBV可以感染進(jìn)入宿主細(xì)胞后編碼病毒蛋白,病毒蛋白可通過(guò)激活宿主細(xì)胞基因組原瘤基因表達(dá)、調(diào)節(jié)細(xì)胞周期蛋白,抑制細(xì)胞凋亡等不同機(jī)制作用于細(xì)胞,導(dǎo)致細(xì)胞惡性轉(zhuǎn)化及腫瘤形成。同時(shí),EBV也可以整合進(jìn)入宿主細(xì)胞基因組,引起宿主細(xì)胞基因組不穩(wěn)定性,并引起宿主細(xì)胞內(nèi)與一些癌基因和抑癌基因的異常表達(dá)。盡管EBV整合進(jìn)入宿主細(xì)胞基因組已有報(bào)道,但是由于缺乏客觀、高效的研究技術(shù)去觀察EBV在宿主細(xì)胞全基因組的整合,目前我們對(duì)EBV的整合以及整合對(duì)宿主細(xì)胞基因組的影響還了解甚少。 Raji細(xì)胞和C666-1細(xì)胞分別是EBV陽(yáng)性的淋巴瘤細(xì)胞系和鼻咽癌細(xì)胞系,它們是被全世界廣范使用的用來(lái)研究EBV和宿主相互作用的經(jīng)典細(xì)胞系。目前已經(jīng)有超過(guò)3000篇相關(guān)文獻(xiàn)使用了這2株細(xì)胞。另外,在Raji細(xì)胞中已經(jīng)有少量的整合位點(diǎn)通過(guò)傳統(tǒng)的實(shí)驗(yàn)技術(shù)如基因組文庫(kù)構(gòu)建、原位免疫熒光等被發(fā)現(xiàn)。為了觀察EBV...
【文章頁(yè)數(shù)】:90 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:博士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
目錄
英文縮寫注解
第一章 EBV在癌細(xì)胞基因組上的整合
1.1 前言
1.2 實(shí)驗(yàn)材料和方法
1.2.1 實(shí)驗(yàn)材料
1.2.2 主要實(shí)驗(yàn)儀器
1.2.3 主要試劑
1.2.4 主要實(shí)驗(yàn)方法
1.3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
1.3.1 全基因組測(cè)序產(chǎn)出數(shù)據(jù)分析
1.3.2 EBV整合位點(diǎn)檢測(cè)
1.3.3 EBV整合對(duì)宿主基因組的影響
第二章 RAJI細(xì)胞和C666-1細(xì)胞中EBV基因組的變異和進(jìn)化
2.1 實(shí)驗(yàn)方法
2.1.1 C666-1和Raji細(xì)胞中EBV基因組的組裝
2.1.2 EBV基因組分析
2.1.3 EBV基因組中SNV的檢測(cè)
2.2 結(jié)果
2.2.1 C666-1和Raji細(xì)胞中EBV基因組及病毒基因進(jìn)化比較分析
2.2.2 C666-1和Raji細(xì)胞中EBV基因組及病毒基因SNV分析
第三章 鼻咽癌組織中EBV的整合和進(jìn)化
3.1 實(shí)驗(yàn)材料和方法
3.1.1 主要實(shí)驗(yàn)材料
3.1.2 主要儀器
3.1.3 主要實(shí)驗(yàn)方法
3.2 結(jié)果
3.2.1 EBV序列捕獲芯片測(cè)序數(shù)據(jù)分析
3.2.2 18例鼻咽癌組織中EBV整合位點(diǎn)分析
3.2.3 EBV相關(guān)鼻咽癌的EBV變異和進(jìn)化分析
第四章 討論
總結(jié)
參考文獻(xiàn)
綜述
參考文獻(xiàn)
攻讀學(xué)位期間主要的研究成果目錄
致謝
本文編號(hào):3817738
【文章頁(yè)數(shù)】:90 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:博士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
目錄
英文縮寫注解
第一章 EBV在癌細(xì)胞基因組上的整合
1.1 前言
1.2 實(shí)驗(yàn)材料和方法
1.2.1 實(shí)驗(yàn)材料
1.2.2 主要實(shí)驗(yàn)儀器
1.2.3 主要試劑
1.2.4 主要實(shí)驗(yàn)方法
1.3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
1.3.1 全基因組測(cè)序產(chǎn)出數(shù)據(jù)分析
1.3.2 EBV整合位點(diǎn)檢測(cè)
1.3.3 EBV整合對(duì)宿主基因組的影響
第二章 RAJI細(xì)胞和C666-1細(xì)胞中EBV基因組的變異和進(jìn)化
2.1 實(shí)驗(yàn)方法
2.1.1 C666-1和Raji細(xì)胞中EBV基因組的組裝
2.1.2 EBV基因組分析
2.1.3 EBV基因組中SNV的檢測(cè)
2.2 結(jié)果
2.2.1 C666-1和Raji細(xì)胞中EBV基因組及病毒基因進(jìn)化比較分析
2.2.2 C666-1和Raji細(xì)胞中EBV基因組及病毒基因SNV分析
第三章 鼻咽癌組織中EBV的整合和進(jìn)化
3.1 實(shí)驗(yàn)材料和方法
3.1.1 主要實(shí)驗(yàn)材料
3.1.2 主要儀器
3.1.3 主要實(shí)驗(yàn)方法
3.2 結(jié)果
3.2.1 EBV序列捕獲芯片測(cè)序數(shù)據(jù)分析
3.2.2 18例鼻咽癌組織中EBV整合位點(diǎn)分析
3.2.3 EBV相關(guān)鼻咽癌的EBV變異和進(jìn)化分析
第四章 討論
總結(jié)
參考文獻(xiàn)
綜述
參考文獻(xiàn)
攻讀學(xué)位期間主要的研究成果目錄
致謝
本文編號(hào):3817738
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