本文關(guān)鍵詞：一株利福平依賴的北京型結(jié)核分枝桿菌的變異分析，，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：結(jié)核分枝桿菌是世界上最普遍存在的病原體之一。結(jié)核病是嚴(yán)重危害人類健康的一種傳染性疾病,利福平是重要的一線抗結(jié)核藥物。近年來(lái),耐藥結(jié)核,多耐藥結(jié)核,乃至廣泛耐藥結(jié)核的出現(xiàn),特別是耐利福平菌株的出現(xiàn),對(duì)全球公眾健康構(gòu)成了嚴(yán)重威脅。在利福平耐藥基礎(chǔ)上,鐘敏等人報(bào)道利福平依賴現(xiàn)象。我們課題組前期在蘭州市肺科醫(yī)院分離了一株結(jié)核分枝桿菌菌株1034,1034不僅對(duì)利福平(RIF)耐藥,它的生長(zhǎng)還依賴RIF。為了研究利福平依賴的機(jī)制,我們對(duì)1034菌株進(jìn)行連續(xù)傳代,1034菌株現(xiàn)已傳代培養(yǎng)至49代,這種RIF依賴現(xiàn)象依然存在。進(jìn)一步,為了探討1034株與RIF依賴相關(guān)的遺傳特征,我們對(duì)1034菌株做了全基因組測(cè)序(WGS)。我們將1034基因組序列和已經(jīng)公布的結(jié)核分枝桿菌標(biāo)準(zhǔn)株H37Rv(序列NC_000962)及臨床菌株CDC1551(NC_002755)做了比對(duì),尋找1034株特異的突變基因,發(fā)現(xiàn)1034中與H37Rv和CDC1551都不同的突變基因共有371個(gè),其中63個(gè)為非同義突變(nsSNPs)基因,包括68個(gè)nsSNP位點(diǎn)。我們進(jìn)一步分析了上述68個(gè)非同義突變位點(diǎn)在其它3株利福平依賴菌株(859、1216、1353)中的變異情況,發(fā)現(xiàn)4株RIF依賴菌株(1034、859、1216、1353)共有31個(gè)nsSNPs基因(32個(gè)nsSNP位點(diǎn))但進(jìn)一步的分析發(fā)現(xiàn)這31個(gè)突變基因也存在于利福平耐藥菌株和利福平敏感菌株中。此外,我們?cè)诰?034發(fā)現(xiàn)了RpoB基因的3個(gè)突變位點(diǎn),包括H526R(A76867G)、K1115(G78635A)和A1156(A78758G),其中H526R為非同義突變,K1115和A1156為同義突變。非同義突變H526R存在于2株RIF依賴菌株(1034、1353)中,同義突變A1156存在于4株RIF依賴菌株(1034、859、1216、1353)中。我們推測(cè)RIF依賴現(xiàn)象可能是在RpoB等基因突變基礎(chǔ)上進(jìn)一步發(fā)生的表型變異。我們研究說明臨床結(jié)核分枝桿菌的利福平依賴現(xiàn)象雖然存在,但不太穩(wěn)定；利福平依賴的機(jī)制有待于進(jìn)一步研究；及時(shí)監(jiān)測(cè)臨床利福平依賴菌株對(duì)結(jié)核病的治療有指導(dǎo)意義。 結(jié)核分枝桿菌北京基因型是在中國(guó)最流行、在全球第二流行的基因型[1]。北京基因型菌株與其他基因型相比是否在獲得性耐藥和高致病性基因上有選擇性優(yōu)勢(shì)有待回答。北京型結(jié)核分枝桿菌在世界各地的不同人群中出現(xiàn)增長(zhǎng)趨勢(shì)。它可進(jìn)一步用基因分型方法劃分,如結(jié)核分枝桿菌散在重復(fù)單位(MIRU)分型。MIRU223325173533型在俄羅斯,中國(guó)和其他亞洲國(guó)家是最常見的北京基因型,我們實(shí)驗(yàn)室前期分離了一株MIRU基因型為223325173533的北京型結(jié)核分枝桿菌菌株1034,并在華大基因?qū)ζ溥M(jìn)行了全基因組測(cè)序。為了尋找高度流行的北京株的特異及共同突變基因,我們將1034的全基因組序列與H37Rv株和臨床菌株CDC1551做了比較,分析了與H37Rv、CDC1551相比較它的特異突變,并進(jìn)一步分析了1034株與其他北京型菌株的共同突變。我們利用全基因組測(cè)序技術(shù)及生物信息學(xué)手段,找到與H37Rv、CDC1551相比1034株特異的63個(gè)非同義突變基因(nsSNPs),并從7株北京型結(jié)核分枝桿菌中篩選出它們共有的23個(gè)nsSNPs。單個(gè)基因的錯(cuò)義突變可能影響菌株的表型,提高其對(duì)環(huán)境的適應(yīng)能力,如免疫逃逸等,調(diào)查在基因水平北京株之間的差異可能有助于了解北京基因型菌株流行的原因。分析在基因編碼區(qū)的北京型特異的單核苷酸多態(tài)性,將有助于了解這些非同義SNP位點(diǎn)在北京株流行中的作用。
【關(guān)鍵詞】：結(jié)核分枝桿菌 全基因組測(cè)序 利福平依賴 RpoB 表型變異 基因型變異 結(jié)核分枝桿菌 全基因組測(cè)序 北京型 基因型變異
【學(xué)位授予單位】：蘭州大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2013
【分類號(hào)】：R378.911
【目錄】：

• 目錄3-4
• 第一部分 結(jié)核分枝桿菌利福平依賴菌株的表型與基因型變異4-45
• 中文摘要4-5
• Abstract5-7
• 前言7-9
• 一 材料與方法9-19
• 1. 實(shí)驗(yàn)材料9-11
• 2. 實(shí)驗(yàn)方法11-19
• 二 實(shí)驗(yàn)結(jié)果19-38
• 三 討論38-41
• 四 結(jié)論41-42
• 參考文獻(xiàn)42-45
• 第二部分 結(jié)核分枝桿菌北京型流行菌株的基因型變異45-63
• 中文摘要45-46
• Abstract46-47
• 前言47-48
• 一 材料與方法48-54
• 二 實(shí)驗(yàn)結(jié)果54-57
• 三 討論57-60
• 四 結(jié)論60-61
• 參考文獻(xiàn)61-63
• 附錄63-64
• 在學(xué)期間的研究成果64-65
• 致謝65-66
• 出師表66

【參考文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條

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  本文關(guān)鍵詞：一株利福平依賴的北京型結(jié)核分枝桿菌的變異分析，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

本文編號(hào)：367896