本文關(guān)鍵詞：遺傳印記效應(yīng)檢驗(yàn)及基于單倍型推斷Hardy-Weinberg平衡律檢驗(yàn)的統(tǒng)計(jì)方法研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：目的： 越來(lái)越多的研究顯示一個(gè)個(gè)體的同源染色體(或相應(yīng)的一對(duì)等位基因)因分別來(lái)自其父方或母方,而出現(xiàn)功能上的差異,因此當(dāng)它們其一發(fā)生改變時(shí),所形成的表型也有不同,這種現(xiàn)象稱為遺傳印記。對(duì)于二等位基因標(biāo)記位點(diǎn),C-PAT (combined parental-asymmetry test)方法是一種檢驗(yàn)效能較高的檢驗(yàn)定性性狀遺傳印記效應(yīng)的方法。但是,該方法只利用了核心家庭中患病小孩的信息,而無(wú)法利用正常小孩的信息。本文通過(guò)合并核心家庭中正常小孩信息構(gòu)造出新的統(tǒng)計(jì)量,充分利用所得到的家庭成員基因信息對(duì)遺傳印記進(jìn)行檢驗(yàn)。另外,對(duì)于多位點(diǎn)相(phase)未知的基因型數(shù)據(jù),單倍型推斷起著重要的作用。在病例-對(duì)照研究中,人們已提出了單倍型與疾病的關(guān)聯(lián)分析方法,但這些方法都要求多位點(diǎn)上的單倍型頻率滿足Hardy-Weinberg平衡律(HWE).目前,檢驗(yàn)基于單倍型Hardy-Weinberg平衡律是否成立的常用方法是擬合優(yōu)度檢驗(yàn)。然而,當(dāng)位點(diǎn)數(shù)目增加時(shí),該方法的自由度將會(huì)急劇增加,從而大大地影響其檢驗(yàn)效能。 (1)對(duì)于定性性狀的遺傳印記檢驗(yàn)方法,當(dāng)父、母親基因型都不缺失時(shí),作者提出了PATU (parental-asymmetry test with both parents by incorporating unaffected children)檢驗(yàn)方法。該方法將核心家庭中所有患病小孩與正常小孩的信息合并到檢驗(yàn)中來(lái)。當(dāng)父、母中有一人的基因型缺失時(shí),作者提出了1-PATu (parental-asymmetry test with one parent by incorporating unaffected children)檢驗(yàn)方法。將PATU與1-PATU方法進(jìn)行合并,作者構(gòu)造出C-PAT。統(tǒng)計(jì)量,C-PAL方法既適用于父、母親基因型都不缺失的家庭數(shù)據(jù)又適用于父、母中有一人的基因型缺失的家庭數(shù)據(jù)。 (2)我們分別引入Niu模型(NM模型)與親緣系數(shù)模型(IM模型),該兩種模型都各有一個(gè)用于衡量HWE是否成立的參數(shù)。另外,根據(jù)所收集到的樣本數(shù)據(jù)建立觀察數(shù)據(jù)的似然函數(shù)與對(duì)應(yīng)模型下完整數(shù)據(jù)的似然函數(shù)。為了估計(jì)參數(shù),分別用EM算法與ECM算法進(jìn)行極大似然估計(jì),進(jìn)而,建立基于NM模型的似然比統(tǒng)計(jì)量LRT1與基于IM模型的LRT2統(tǒng)計(jì)量,用于檢驗(yàn)基于單倍型的HWE是否成立。 結(jié)果： (1)模擬研究顯示C-PATu統(tǒng)計(jì)量在無(wú)遺傳印記的零假設(shè)下能很好地控制犯第Ⅰ類錯(cuò)誤的概率；當(dāng)遺傳印記效應(yīng)存在時(shí),C-PATU統(tǒng)計(jì)量的檢驗(yàn)效能比現(xiàn)有檢驗(yàn)方法的檢驗(yàn)效能要高很多。將C-PATu方法運(yùn)用到Framingham心血管疾病數(shù)據(jù),其結(jié)果進(jìn)一步驗(yàn)證了C-PATu方法的優(yōu)勢(shì)。 (2)我們模擬了HWE、NM、IM與人群分層四種模型。模擬結(jié)果顯示,在單倍型頻率估計(jì)方面,EM算法與基于親緣系數(shù)模型的單倍型推斷方法估計(jì)效果相似,而基于Niu模型的單倍型推斷方法估計(jì)只在Niu模型的模擬背景下才優(yōu)于前兩種方法。而對(duì)于兩種基于單倍型推斷的HWE檢驗(yàn)方法,基于Niu模型的似然比檢驗(yàn)方法能有效地控制第Ⅰ類錯(cuò)誤率,而基于親緣系數(shù)模型的似然比檢驗(yàn)方法比較保守。另外,除了Niu的模型之外,基于親緣系數(shù)模型的似然比檢驗(yàn)方法的檢驗(yàn)效能比基于Niu模型的似然比檢驗(yàn)方法的檢驗(yàn)效能要高。 結(jié)論： (1)通過(guò)合并核心家庭中正常小孩信息得到的新的統(tǒng)計(jì)量C-PATu能有效地控制犯第Ⅰ類錯(cuò)誤的概率,其檢驗(yàn)效能改善很多,從而能更加有效地檢驗(yàn)致病基因是否具有遺傳印記效應(yīng)。 (2)兩種基于單倍型HWE檢驗(yàn)方法都能有效地控制第Ⅰ類錯(cuò)誤率；我們推薦LRT2似然比檢驗(yàn)方法用于檢驗(yàn)基于單倍型的HWE。
【關(guān)鍵詞】：正常小孩 遺傳印記 定性性狀 基于單倍型的HWE 似然比檢驗(yàn)
【學(xué)位授予單位】：南方醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2013
【分類號(hào)】：R394
【目錄】：

• ABSTRACT3-6
• 摘要6-11
• Chapter 1 Introduction11-14
• 1.1 Some basic concepts11-12
• 1.2 Imprinting effects12-13
• 1.3 Organization of this thesis13-14
• Chapter 2 A powerful parent-of-origin effects test for qualitative traits incorporating controlchildren in nuclear families14-44
• 2.1 Introduction14-16
• 2.2 Materials and methods16-22
• 2.2.1 Background and notations16-17
• 2.2.2 Methods only using unaffected children and their parents17-19
• 2.2.3 Methods using both unaffected and affected children and their parents19-22
• 2.3 Results22-27
• 2.3.1 Settings22-24
• 2.3.2 Size and power of PATu and PAT24-25
• 2.3.3 Size and power of 1-PATu and 1-PAT25
• 2.3.4 Size and power of C-PATu and C-PAT25-27
• 2.4 Application to Framingham Heart Study27-29
• 2.5 Discussion29-30
• 2.6 Appendix30-44
• 2.6.1 Control-parents trios provide information on parent-of-origin effects in the presence of association between marker allele M_1 and disease30
• 2.6.2 Unbiased estimator of variance of PATo for control-parents trios30-31
• 2.6.3 Unbiased estimator of variante of 1-PAT_031-33
• 2.6.4 Detailed expressions of X_(12),Y_(12),X_(11) and Y_(11)33
• 2.6.5 Unbiased estimator of variance of PATu33-34
• 2.6.6 Unbiased estimator of variance of 1-PATu34-36
• 2.6.7 Figures and tables36-42
• 2.6.8 Simulation study for less genotypic relative risks42-44
• Chapter 3 Powerful haplotype-based Hardy-Weinberg equilibrium tests for tightly linked loci44-61
• 3.1 Introduction44-47
• 3.2 Materials and methods47-54
• 3.2.1 Likelihood function and EM algorithm under HWE47-48
• 3.2.2 Two forms of HWD48-49
• 3.2.3 Likelihood function and haplotype-based HWE test under Niu's model49-51
• 3.2.4 Likelihood function and HWE test under inbreeding model51-54
• 3.3 Results54-57
• 3.3.1 Simulation settings54-55
• 3.3.2 Simulation results55-57
• 3.4 Discussion57-58
• 3.5 Appendix58-61
• 3.5.1 Conditional maximum-steps of ECM algorithm58-59
• 3.5.2 Tables59-61
• Reference61-65
• 碩士論文發(fā)表情況65-66
• 致謝66-68
• 附件68-69

【共引文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前4條

1 喻小瓊;趙桂蘋;劉冉冉;鄭麥青;文杰;;家禽營(yíng)養(yǎng)與表觀遺傳學(xué)[J];動(dòng)物營(yíng)養(yǎng)學(xué)報(bào);2013年10期

2 袁宏杰;張澤;吳浩;;整機(jī)產(chǎn)品失效機(jī)理危害度定量分析方法[J];北京航空航天大學(xué)學(xué)報(bào);2013年09期

3 肖露;冷慧敏;王勇;周亮;;胰島素生長(zhǎng)因子Ⅱ在腎癌中的印記狀態(tài)及其意義[J];中國(guó)實(shí)驗(yàn)診斷學(xué);2013年09期

4 何桑;丁向東;張勤;;基因型填充方法介紹及比較[J];中國(guó)畜牧雜志;2013年23期

中國(guó)博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前3條

1 莫興波;LPL基因多態(tài)性與血脂水平和冠心病風(fēng)險(xiǎn)的關(guān)聯(lián)分析及相關(guān)功能研究[D];北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院;2013年

2 高金平;中國(guó)漢族人群大皰性類天皰瘡全基因組關(guān)聯(lián)分析研究[D];安徽醫(yī)科大學(xué);2013年

3 范松華;SLC7A7基因與膠質(zhì)瘤易感性及膠質(zhì)母細(xì)胞瘤患者預(yù)后關(guān)系的研究[D];蘇州大學(xué);2013年

中國(guó)碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前1條

1 丁一;過(guò)氧化物酶體增殖物激活受體α/γ單體型與BMI的交互作用對(duì)原發(fā)性高血壓的影響[D];蘇州大學(xué);2013年

  本文關(guān)鍵詞：遺傳印記效應(yīng)檢驗(yàn)及基于單倍型推斷Hardy-Weinberg平衡律檢驗(yàn)的統(tǒng)計(jì)方法研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

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本文編號(hào)：363300