基于MassARRAY的人多瘤病毒高通量檢測方法的建立與應(yīng)用
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【摘要】:人多瘤病毒(human polyomaviruses, HPyVs)是一種在人體里廣泛存在的病毒。早期的人多瘤病毒家族只有BK多瘤病毒(BK polyomavirus, BKPyV)和JC多瘤病毒(JC polyomavirus, JCPyV)兩個成員,因其可在免疫功能不全的個體分別造成多瘤病毒腎炎和進(jìn)行性多灶性白質(zhì)腦病而被人們所關(guān)注。過去七年里,10種新型人多瘤病毒陸續(xù)被發(fā)現(xiàn),其中除可引發(fā)默克細(xì)胞癌的默克細(xì)胞多瘤病毒(Merkel cell polyomavirus, MCPyV)及可引發(fā)Trichodysplasia spinulosa的TS多瘤病毒(Trichodysplasia spinulosa-associated polyomavirus, TSPyV)外,其余病毒的病原學(xué)角色均尚不明確。人多瘤病毒頻繁在人糞便和胃腸道組織中被檢出,特別是人多瘤病毒中最新的三個成員MW多瘤病毒(Malawi polyomavirus, MWPyV),STL多瘤病毒(Saint Louis polyomavirus, STLPyV)和人多瘤病毒12型(Human polyomavirus12, HPyV12)最初均被發(fā)現(xiàn)于糞便或消化系統(tǒng)器官組織中,這使得人多瘤病毒與人體胃腸道疾病,尤其是腹瀉的關(guān)系引起人們關(guān)注。 本研究應(yīng)用美國西格諾公司的基質(zhì)輔助激光解析串聯(lián)飛行時間質(zhì)譜儀(MALDI-TOFMS)檢測平臺(MassARRAY),建立了一種基于多重PCR的高通量檢測方法,可同時檢測全部12種已知的人多瘤病毒。本實(shí)驗(yàn)運(yùn)用該方法進(jìn)行病例-對照研究,篩查了包含211份嬰幼兒腹瀉病人樣本和208份正常嬰幼兒樣本在內(nèi)的總計(jì)419份糞便樣本。本研究在樣本中篩查到五種人多瘤病毒:KI多瘤病毒(KI polyomavirus, KIPyV), WU多瘤病毒(WU Polyomavirus, WUPyV), MCPyV, MWPyV和STLPyV。結(jié)果顯示人多瘤病毒在病例組和對照組中的檢出率差異沒有顯著性;兩組中MWPyV的病毒載量差異沒有顯著性(p0.05);研究結(jié)果不支持人多瘤病毒作為腹瀉相關(guān)病原體的猜測。此外,本研究獲得了16條人多瘤病毒的全基因組序列,其中KIPyV,MCPyV, MWPyV和STLPyV的全基因組序列均為國內(nèi)首次報(bào)道。本研究為深入開展人多瘤病毒的病原學(xué)研究和基因組進(jìn)化提供了依據(jù)。
【關(guān)鍵詞】:人多瘤病毒 腹瀉 基質(zhì)輔助激光解析電離飛行時間質(zhì)譜 MassARRAY
【學(xué)位授予單位】:北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院
【學(xué)位級別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2014
【分類號】:R373
【目錄】:
- 目錄3-4
- 摘要4-5
- Abstract5-6
- 前言6-9
- 材料與方法9-24
- 1. 樣本9
- 2. 儀器9-10
- 3. 耗材10-11
- 4. 試劑與試劑盒11
- 5. 試劑配置11
- 6. 方法11-24
- 結(jié)果24-46
- 1. 基于MassARRAY的人多瘤病毒檢測方法的特異性與敏感度驗(yàn)證24-26
- 2. 十二種人多瘤病毒與嬰幼兒腹瀉的相關(guān)性研究26-46
- 討論46-50
- 文獻(xiàn)綜述50-61
- 1. 新型人多瘤病毒發(fā)現(xiàn)史概述50-56
- 2. 新人多瘤病毒與相關(guān)疾病研究進(jìn)展56-61
- 參考文獻(xiàn)61-68
- 碩士期間發(fā)表文章68-69
- 致謝69-71
【共引文獻(xiàn)】
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,本文編號:358217
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