本文關(guān)鍵詞：DNA條形碼檢測技術(shù)在媒介鼠類鑒定中的研究與示范應(yīng)用，，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：目的 以國境口岸截獲鼠類和地區(qū)捕獲鼠類為對象,探索DNA條形碼檢測技術(shù)的準(zhǔn)確性和一般模式；探究DNA條形碼技術(shù)用于近緣種的鑒別；探索DNA條形碼技術(shù)用于國境口岸遠(yuǎn)洋油輪截獲的腐爛鼠類的鑒別；探索DNA條形碼技術(shù)追溯截獲媒介的地理來源的可行性。 方法 本研究通過對在貴州茂蘭、中俄邊境的黑瞎子島和山東黃島出入境口岸三個地區(qū)采集或截獲的2科5屬12種共320個鼠類個體,提取基因組DNA,擴增COI基因序列,并進行測序,部分序列上傳NCBI和BOLD數(shù)據(jù)庫,對所得序列進行多重序列比對,基于Kimura雙參數(shù)模型計算種內(nèi)種間遺傳距離,用NJ和MP法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹,并進行序列聚類和系統(tǒng)發(fā)育分析。 結(jié)果 貴州茂蘭捕獲的3個鼠種中,社鼠Rattus niviventer的平均種內(nèi)遺傳距離為0.008,黃胸鼠Rattus flavipectus為0.001,錫金小鼠Mus pahari為0.002,小于最小種間遺傳距離0.02。而社鼠和黃胸鼠的平均種間遺傳距離為0.142,社鼠和錫金小鼠的平均種間遺傳距離為0.185,黃胸鼠和錫金小鼠的平均種間遺傳距離為0.210。分別用MP法和NJ構(gòu)建分子系統(tǒng)進化樹,兩者得到的結(jié)果均具有相似的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu),茂蘭地區(qū)常見3種鼠類所有個體各形成一個單系,節(jié)點支持率是100%。 黑瞎子島地區(qū)41個鼠類樣本COI基因序列在NCBI數(shù)據(jù)庫進行BLAST比對后,結(jié)果顯示,相似性在99%-100%。對黑瞎子島地區(qū)兩對近緣種東方田鼠Aicrotus fortis和莫氏田鼠Aicrotus maximowiczii,紅背口Clethrionomys rufocanus和棕背口Clethrionomys rutilus COI基因序列進行分析,同一種鼠類不同個體的DNA條形碼序列差異很小,為0.003～0.008,平均為0.005；種間差異則很大,為0.108-0.346,平均為0.258。平均種間遺傳距離是種內(nèi)遺傳距離的51倍。NJ和MP法構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹,聚類分析。結(jié)果顯示,不同種類的鼠位于不同的分支,不同種屬的鼠類區(qū)別明顯。每一個單系分支對應(yīng)一個特異的物種,節(jié)點支持率為100%。在分支長度上,種間分支較長,種內(nèi)分支則很短。 黃島口岸截獲小鼠的COI基因序列在NCBI數(shù)據(jù)庫進行BLAST比對后,結(jié)果顯示,相似性為99%-100%的序列均為小家鼠Mus musculus。初步提示黃島口岸截獲的小鼠很可能是小家鼠。黃島口岸截獲小鼠的COI序列與來自圭亞那、墨西哥、加拿大、美國和中國的10個小家鼠COI序列相似性為97%-100%。10個小家鼠COI序列歸為高支持率的單系分支,分支內(nèi)平均遺傳距離為0.017,而同為鼠科的來自不同地區(qū)的褐家鼠Rattus norvegicus則歸為另一支,兩分支間遺傳距離為24%。在進行種內(nèi)遺傳距離和系統(tǒng)發(fā)育分析時,我們還發(fā)現(xiàn)黃島口岸截獲的小家鼠與來自不同地區(qū)的小家鼠雖同屬單系,但距離表現(xiàn)出微小差異。其中與來自中國的小家鼠距離相對較遠(yuǎn),與來自美國和加拿大的小家鼠距離居中,而與來自圭亞那和墨西哥的小家鼠距離最近。這種距離的差異特點表現(xiàn)出明顯的地域性。 結(jié)論 對鼠類COI基因進行多重序列比對、遺傳距離分析、序列聚類和系統(tǒng)發(fā)育構(gòu)建能夠很好的對鼠類進行分類和鑒定,可為鼠種DNA分類鑒定的一般模式提供參考�；贑OI基因的DNA條形碼不僅能夠糾正形態(tài)學(xué)鑒定中的錯誤,還能鑒別形態(tài)相近的近緣種。DNA條形碼技術(shù)能夠很好鑒定國境口岸截獲的腐爛小鼠,并能對國境口岸截獲小鼠的地理來源作出初步判斷�；贑OI基因的DNA條形碼技術(shù)能夠方便、快捷、準(zhǔn)確的鑒定鼠類。
【關(guān)鍵詞】：DNA條形碼 鼠類 COI
【學(xué)位授予單位】：安徽理工大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2014
【分類號】：R392
【目錄】：

• 摘要5-7
• Abstract7-14
• 引言14-16
• 第一部分 探索DNA條形碼檢測技術(shù)用于媒介鼠類鑒定的一般模式16-26
• 1.1 材料16-18
• 1.1.1 試劑16
• 1.1.2 儀器16-17
• 1.1.3 樣品采集17-18
• 1.2 方法18-19
• 1.2.1 引物合成18
• 1.2.2 基因組DNA提取18
• 1.2.3 PCR擴增18-19
• 1.2.4 序列測定19
• 1.2.6 序列校正19
• 1.2.7 BLAST比對19
• 1.2.8 COI序列分析和系統(tǒng)樹構(gòu)建19
• 1.3 結(jié)果19-24
• 1.3.1 21個鼠類樣品COI基因PCR擴增結(jié)果19-20
• 1.3.2 COI基因片段的BLAST比對結(jié)果20-21
• 1.3.3 COI基因序列分析21
• 1.3.4 分子系統(tǒng)樹21-24
• 1.4 討論24-26
• 第二部分 DNA條形碼技術(shù)對近緣種的鑒定26-35
• 2.1 材料26-28
• 2.1.1 試劑26-27
• 2.1.2 儀器27
• 2.1.3 樣品采集27-28
• 2.2 方法28-29
• 2.2.1 基因組DNA提取28
• 2.2.2 PCR反應(yīng)和序列測定28-29
• 2.2.3 COI序列分析和系統(tǒng)樹構(gòu)建29
• 2.3 結(jié)果29-33
• 2.3.1 41個鼠類標(biāo)本COI基因擴增結(jié)果29
• 2.3.2 COI基因的BLAST比對結(jié)果29
• 2.3.3 種內(nèi)與種間遺傳距離29-30
• 2.3.4 系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建30-33
• 2.4 討論33-35
• 第三部分 DNA條形碼技術(shù)鑒定國境口岸截獲的腐爛鼠并追蹤地理來源35-47
• 3.1 材料35-36
• 3.1.1 試劑35-36
• 3.1.2 儀器36
• 3.1.3 樣品采集36
• 3.2 方法36-39
• 3.2.1 基因組DNA提取37
• 3.2.2 PCR反應(yīng)37
• 3.2.3 純化回收37
• 3.2.4 對純化產(chǎn)物進行再次擴增37
• 3.2.5 序列測定37
• 3.2.6 序列校正37
• 3.2.7 BLAST比對37
• 3.2.8 同屬同種、同屬異種和鄰近屬種序列的下載37-38
• 3.2.9 COI序列分析和系統(tǒng)樹構(gòu)建38-39
• 3.3 結(jié)果39-44
• 3.3.1 腐爛小鼠COI基因擴增結(jié)果39
• 3.3.2 COI基因的BLAST比對結(jié)果39-40
• 3.3.3 兩兩比對的種內(nèi)與種間遺傳距離40-42
• 3.3.4 平均種內(nèi)遺傳距離和平均種間遺傳距離42
• 3.3.5 系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建42-44
• 3.4 討論44-47
• 結(jié)論47-48
• 參考文獻48-51
• 后記或致謝51-52
• 作者簡介及讀研期間主要科研成果52-53

【參考文獻】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 金建麗;劉鑄;郝愛平;楊春文;金志民;;棕背(鼠平)和紅背(鼠平)種間區(qū)分的分子方法[J];動物學(xué)雜志;2009年03期

2 韋健紅;吳文如;喻良文;林小樺;李薇;;DNA條形碼技術(shù)在生物分類中的應(yīng)用[J];廣東藥學(xué)院學(xué)報;2010年04期

3 程希婷;王愛民;顧志峰;王嫣;戰(zhàn)欣;石耀華;;DNA條形碼研究進展[J];基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué);2011年06期

4 武宇鵬;丁亮;李捷;武春生;范仁俊;朱朝東;;DNA條形碼的應(yīng)用進展及討論[J];環(huán)境昆蟲學(xué)報;2011年01期

5 吳薇;;DNA條碼技術(shù)在醫(yī)學(xué)媒介生物鑒定中的應(yīng)用前景展望[J];畜牧與飼料科學(xué);2012年01期

6 王穎;方紹慶;劉明杰;岳巧云;邵柏;;DNA條形碼技術(shù)在媒介蠅類分子鑒定中的應(yīng)用[J];口岸衛(wèi)生控制;2013年03期

7 趙玉強;丁運昭;;口岸檢疫處理風(fēng)險分析及對策研究[J];旅行醫(yī)學(xué)科學(xué);2011年03期

8 陳亨賜;姚峰;;江蘇口岸醫(yī)學(xué)媒介生物監(jiān)測與防控對策[J];中華衛(wèi)生殺蟲藥械;2009年02期

9 陳春生;張曉龍;張雪蓮;范泉水;牛文忠;胡小兵;格龍;房鍵慧;曹曉梅;潘其禮;王靜;;基于CO1基因序列的DNA條形碼在中尼邊境鼠類物種鑒定中的應(yīng)用[J];西南國防醫(yī)藥;2012年01期

10 劉海龍;;系統(tǒng)生物學(xué):走向整體論的生物學(xué)[J];系統(tǒng)科學(xué)學(xué)報;2009年01期

  本文關(guān)鍵詞：DNA條形碼檢測技術(shù)在媒介鼠類鑒定中的研究與示范應(yīng)用，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

本文編號：337655