本文關(guān)鍵詞：食蟹猴2型糖尿病易感SNP標(biāo)記篩查研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：二型糖尿病（Type2Diabetes Mellitus,T2DM）已成為威脅人類健康的重大問題，為更好地揭示2型糖尿病的發(fā)病機(jī)制及尋找潛在的治療方案，相關(guān)的動物疾病模型是必不可少的工具。已有的基因組數(shù)據(jù)顯示，食蟹猴的基因組與人的同源性約94%，且食蟹猴模型能較好的模擬2型糖尿病的發(fā)病進(jìn)程，因此，食蟹猴2型糖尿病模型是研究糖尿病最理想的動物模型。研究表明，自發(fā)和誘導(dǎo)的食蟹猴2型糖尿病模型的成模率較低，很難滿足研究的需要，而如果把遺傳因素考慮在內(nèi)，則有可能提高建模率。食蟹猴與人的基因組高度同源，從理論上來說，食蟹猴與人之間具有更多共同的T2DM相關(guān)基因，因此，本研究以37個與人顯著關(guān)聯(lián)的T2DM易感突變位點(diǎn)為基礎(chǔ)，采用DNA池和關(guān)聯(lián)分析等方法研究食蟹猴對應(yīng)同源區(qū)域SNP位點(diǎn)與食蟹猴T2DM的關(guān)聯(lián)性，快速篩查出與食蟹猴T2DM相關(guān)的遺傳標(biāo)記。研究結(jié)果如下： (1)通過文獻(xiàn)閱讀，從人類已報道的T2DM易感SNP位點(diǎn)中篩選出54個極顯著關(guān)聯(lián)的SNP（P5.2×10~(-8)），下載這54個SNP上下游各1000bp的人類基因組序列，并用這54條2001bp的序列在剛報道的食蟹猴基因組序列上搜索同源序列（主要設(shè)置參數(shù)是：blastall-pblastn-FT-e1e-15-a4-m8），最終獲得37個食蟹猴同源序列，以37個序列為模板，設(shè)計37對引物，最終有31對引物PCR擴(kuò)增成功，經(jīng)測序驗(yàn)證為我們的目標(biāo)序列。為了快速篩查疾病和正常個體差異性的SNP標(biāo)記，我們采用了DNA池的方法：A池（10個2型糖尿病食蟹猴個體DNA等量混合）和B池（10個正常食蟹猴個體DNA等量混合），利用以上31對引物對A和B DNA池進(jìn)行PCR擴(kuò)增和測序，其中只有5對引物擴(kuò)增片段的測序結(jié)果在A池和B池中存在很大差異，這5對引物分別命名為：rs565、rs661、rs343、rs8326、rs146。而23對引物擴(kuò)增的序列峰圖在A池和B池之間差異不大。通過比較分析A池和B池同一位置SNP位點(diǎn)等位基因測序峰的高低，，初步篩查出13個差異較大的SNP位點(diǎn)，分別為SNP565A、SNP565B、SNP565C、SNP661A、SNP661B、SNP343A、SNP343B、SNP343C、SNP343D、SNP146A、SNP146B、SNP146C、SNP8326A。 (2)本研究分別在廣東藍(lán)島、高要康達(dá)和云南金杰康3個公司共采集了83個食蟹猴血樣（有疾病和正常個體），每個個體分別檢測3次以上的空腹血糖值和糖化血紅蛋白值，采用單個個體測序的方法對以上83個個體及上述13個SNP位點(diǎn)進(jìn)行基因分型，并進(jìn)行關(guān)聯(lián)統(tǒng)計分析。在13個SNPs中，有8個SNP位點(diǎn)的等位基因頻率在自發(fā)性T2DM組和對照組之間存在顯著性差異（P＜0.05），八個位點(diǎn)分別為SNP661A、SNP661B、SNP343A、 SNP343B、SNP343C、SNP565A、SNP565B、SNP565C；同時，SNP661A、SNP661B、SNP343A、SNP343B以及SNP343C這5個位點(diǎn)與空腹血糖值之間也存在顯著差異，但13個位點(diǎn)與糖化血紅蛋白值沒有任何顯著關(guān)聯(lián)。因此，在自發(fā)群體中，我們篩選出的SNP661A、SNP661B、SNP343A、SNP343B和SNP343C五個位點(diǎn)有可能是食蟹猴T2DM模型制備的遺傳標(biāo)記。而在誘導(dǎo)群體中，13個SNP的基因頻率在T2DM組和對照組之間沒有顯著性差異，這13個SNP也與空腹血糖值和糖化血紅蛋白值沒有任何顯著關(guān)聯(lián)。論文首次利用比較基因組學(xué)的方法將人類易感SNP位點(diǎn)信息應(yīng)用到靈長類疾病模型的研究上，這些遺傳標(biāo)記可能為開發(fā)食蟹猴T2DM模型提供一種新的策略。
【關(guān)鍵詞】：食蟹猴 2型糖尿病 單核苷酸多態(tài)性 易感基因
【學(xué)位授予單位】：華南理工大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2013
【分類號】：R-332;R587.1
【目錄】：

• 摘要5-7
• Abstract7-12
• 第一章 緒論12-23
• 1.1 食蟹猴形態(tài)、分布及應(yīng)用現(xiàn)狀12-13
• 1.1.1 食蟹猴簡介12
• 1.1.2 食蟹猴應(yīng)用現(xiàn)狀12-13
• 1.2 糖尿病概述13-16
• 1.2.1 糖尿病簡介13-14
• 1.2.2 糖尿病發(fā)病機(jī)制14-16
• 1.3 國內(nèi)外動物模型研究現(xiàn)狀16-19
• 1.3.1 2 型糖尿病疾病模型研究進(jìn)展16-18
• 1.3.2 T2DM 非人靈長類動物模型研究進(jìn)展18-19
• 1.4 單核苷酸多態(tài)性的檢測及應(yīng)用19-21
• 1.5 研究內(nèi)容和意義21-23
• 第二章 生物信息學(xué)方法獲取 DNA 序列23-32
• 2.1 引言23-25
• 2.1.1 人類 T2DM 易感基因和易感染色體區(qū)域研究進(jìn)展23-24
• 2.1.2 其他動物 T2DM 易感基因研究24-25
• 2.2 材料與方法25-27
• 2.2.1 已報道的糖尿病患者的 SNP 位點(diǎn)的獲得25
• 2.2.2 SNP 位點(diǎn)以及上下游序列的獲得25
• 2.2.3 找出對應(yīng)食蟹猴同源 SNP25-27
• 2.3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果與討論27-31
• 2.3.1 54 個人類 SNP 位點(diǎn)以及上下游延伸序列的位置27-29
• 2.3.2 食蟹猴同源 SNP29-31
• 2.4 本章小結(jié)31-32
• 第三章 DNA 池法篩選候選 SNP32-46
• 3.1 引言32
• 3.2 實(shí)驗(yàn)材料與設(shè)備32-34
• 3.2.1 供試樣本32
• 3.2.2 主要儀器設(shè)備32-33
• 3.2.3 主要試劑和耗材33
• 3.2.4 主要試劑的配制33-34
• 3.3 實(shí)驗(yàn)過程與方法34-37
• 3.3.1 外周血樣采集34
• 3.3.2 基因組 DNA 的提取34-35
• 3.3.3 引物設(shè)計35-36
• 3.3.4 DNA 池（Pool）法初篩遺傳標(biāo)記36-37
• 3.4 實(shí)驗(yàn)結(jié)果和討論37-45
• 3.4.1 血液 DNA 提取結(jié)果37-38
• 3.4.2 引物結(jié)果38-40
• 3.4.3 A、B 池樣品的信息表40-41
• 3.4.4 混合池基因組 PCR 的電泳結(jié)果41-42
• 3.4.5 A、B 池的測序結(jié)果42-44
• 3.4.6 結(jié)果與討論44-45
• 3.5 本章小結(jié)45-46
• 第四章 候選 SNP 與食蟹猴 2 型糖尿病的關(guān)聯(lián)分析46-58
• 4.1 引言46
• 4.2 實(shí)驗(yàn)材料與設(shè)備46-47
• 4.2.1 供試樣本46
• 4.2.2 主要儀器設(shè)備46-47
• 4.2.3 主要試劑和耗材47
• 4.2.4 主要試劑的配制47
• 4.3 實(shí)驗(yàn)過程與方法47-50
• 4.3.1 血液樣品采集47-48
• 4.3.2 DNA 的提取48
• 4.3.3 引物設(shè)計48
• 4.3.4 聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)（PCR）48-49
• 4.3.5 PCR 產(chǎn)物電泳檢測49
• 4.3.6 PCR 產(chǎn)物的測序及基因分型49
• 4.3.7 SNP 位點(diǎn)與 2 型糖尿病關(guān)聯(lián)統(tǒng)計分析49-50
• 4.4 實(shí)驗(yàn)結(jié)果和討論50-56
• 4.4.1 個體基因組 PCR 的電泳結(jié)果50
• 4.4.2 PCR 產(chǎn)物的測序結(jié)果及基因分型50-52
• 4.4.3 SNP 位點(diǎn)與 2 型糖尿病關(guān)聯(lián)統(tǒng)計分析52-56
• 4.5 本章小結(jié)56-58
• 結(jié)論與展望58-60
• 參考文獻(xiàn)60-69
• 攻讀碩士學(xué)位期間取得的研究成果69-70
• 致謝70-71
• 附件71

【參考文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 靳麗莎;郝香芬;彭白露;張艷春;萬玉玲;季芳;夏機(jī)良;劉曉明;;六個肥胖相關(guān)基因在食蟹猴2型糖尿病不同發(fā)病時期的差異表達(dá)[J];動物學(xué)研究;2011年01期

2 梁斌;吳曉云;;非人靈長類糖尿病動物模型研究進(jìn)展[J];動物學(xué)研究;2011年01期

3 萬玉玲;張艷春;彭白露;李學(xué)家;季芳;靳麗莎;饒軍華;劉曉明;;中老年食蟹猴群體自發(fā)型糖尿病的篩選[J];動物學(xué)研究;2011年03期

4 陳玲;衡先培;林青;y嚳說

本文編號：331407