目的對(duì)2016年長(zhǎng)沙地區(qū)一起由GⅡ型諾如病毒引起的急性胃腸炎暴發(fā)疫情致病原進(jìn)行全基因組序列測(cè)定,掌握其基因類型、分子進(jìn)化特征和抗原重組情況。方法提取疫情中患者糞便標(biāo)本的總RNA,反轉(zhuǎn)錄成cDNA,PCR擴(kuò)增病毒全基因組并采用Sanger法測(cè)序,比對(duì)拼接后獲得病毒全基因組序列;通過BLAST比對(duì)和諾如病毒在線分型工具（typing online tool）確定其基因型別;從GenBank中下載GⅡ型諾如病毒參考序列,采用DNA Star軟件進(jìn)行序列多序列比對(duì)和同源性分析,繪制系統(tǒng)遺傳進(jìn)化樹,基因重組特征分析采用SimPlot軟件。結(jié)果通過一代測(cè)序獲得病毒基因組序列長(zhǎng)7 491 bp,有3個(gè)開放閱讀框（ORF）,長(zhǎng)度分別為5 100 bp,1 647 bp,765 bp。多序列比對(duì)和同源分析發(fā)現(xiàn)ORF1區(qū)與GⅡ.P12型代表株同源性最高,VP1區(qū)則與GⅡ.3型同源性最高;因此,將該毒株命名為Hu/GⅡ.P12-GⅡ.3/CS02/2016/CHN。分子遺傳進(jìn)化分析顯示其與中國其他地區(qū)如北京、上海、廣東等地流行的GⅡ.P12-GⅡ.3重組型諾如病毒親緣關(guān)系最為接近�？乖亟M分析發(fā)現(xiàn)Hu/GⅡ... 

【文章來源】：現(xiàn)代預(yù)防醫(yī)學(xué). 2019,46(19)北大核心

【文章頁數(shù)】：4 頁

【部分圖文】：

長(zhǎng)沙Hu/GII.P12－GII.3/CS02/2016/CHN諾如病毒株全基因組序列的重組分析

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]2011-2016年珠海市諾如病毒暴發(fā)疫情分析[J]. 蕭松建,林毅雄,阮峰,譚愛軍.  現(xiàn)代預(yù)防醫(yī)學(xué). 2018(17)
[2]2015年鎮(zhèn)江地區(qū)832份腹瀉樣本諾如病毒感染狀況及進(jìn)化重組分析[J]. 郝世軒,徐虹,宋寅生,薛淵,許金鳳.  現(xiàn)代預(yù)防醫(yī)學(xué). 2017(22)
[3]一起諾如病毒GⅡ.17型引起的急性胃腸炎病原學(xué)診斷及基因特征分析[J]. 姚棟,陳靜芳,葉文,歐新華.  中國人獸共患病學(xué)報(bào). 2016(07)



本文編號(hào)：3126293