本文關(guān)鍵詞：呼吸道合胞病毒的逆轉(zhuǎn)錄環(huán)介導(dǎo)等溫?cái)U(kuò)增檢測(cè)及流行病學(xué)分析，，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：人呼吸道合胞病毒(RSV)是一種非分節(jié)負(fù)鏈RNA病毒,基因組全長(zhǎng)15.2Kb左右,依據(jù)基因序列及抗原反應(yīng)性差異將所有RSV分為A和B兩族,每個(gè)族還可以分為多個(gè)基因型。RSV具有很強(qiáng)的感染性,且感染的致死率較高�，F(xiàn)在已經(jīng)發(fā)展了多種RSV檢測(cè)方法,然而這些方法都存在一定的缺陷。關(guān)于上海地區(qū)RSV的流行病學(xué)至今沒(méi)有很好的調(diào)查。 為了探索新的RSV檢測(cè)方法,我們利用逆轉(zhuǎn)錄環(huán)介導(dǎo)等溫?cái)U(kuò)增(Reverse transcription loop-mediated isothermal amplification, RT-LAMP)對(duì)RSV進(jìn)行了檢測(cè)。首先,利用生物信息學(xué)方法,對(duì)49株RSV全基因組序列進(jìn)行了多重比對(duì)分析,并找出基因組中的保守區(qū)域,設(shè)計(jì)出了針對(duì)A族和B族RSV的共12條引物。然后應(yīng)用正交設(shè)計(jì)的方法優(yōu)化得到了最適于所設(shè)計(jì)引物的反應(yīng)體系,并用該體系對(duì)引物的靈敏性和特異性進(jìn)行了檢測(cè)。針對(duì)靈敏性,利用該體系和所設(shè)計(jì)的引物測(cè)定了對(duì)A和B族的RSV的檢測(cè)限,發(fā)現(xiàn)對(duì)A族毒株檢測(cè)限為5X101.75TCID50/ml,對(duì)B族毒株的檢測(cè)限為5×10-0.5TCID50/ml,均低于臨床樣本中的RSV滴度。進(jìn)一步,使用本方法對(duì)77個(gè)呼吸道樣本進(jìn)行了檢測(cè),檢出率47%,與目前常用的RT-PCR檢測(cè)方法檢出率相當(dāng)。 為了對(duì)上海地區(qū)RSV的流行病學(xué)狀況進(jìn)行調(diào)查,我們收集了來(lái)自于南翔醫(yī)院從2009到2012年間的2407個(gè)呼吸道鼻咽拭子樣品,通過(guò)多重PCR檢測(cè)到184個(gè)RSV陽(yáng)性樣本,根據(jù)RSV樣本的時(shí)間分布發(fā)現(xiàn)上海地區(qū)在2009-2010流行季經(jīng)歷了一次RSV病毒大爆發(fā)。對(duì)184個(gè)樣本進(jìn)一步進(jìn)行了DNA序列測(cè)定,獲得了69條RSV內(nèi)G蛋白C末端區(qū)域序列(該區(qū)域?yàn)镽SV基因分型的通用區(qū)域),結(jié)合以前的報(bào)道,通過(guò)進(jìn)化分析確定上海地區(qū)分布著分屬A和B兩族的10個(gè)RSV基因型。根據(jù)兩族RSV的時(shí)間分布分析發(fā)現(xiàn),上海地區(qū)的流行毒株經(jīng)歷了從B族(2009—2010流行季)到A族(隨后兩個(gè)流行季)的轉(zhuǎn)變。根據(jù)基因型的時(shí)間分布發(fā)現(xiàn),在RSV爆發(fā)的季節(jié),有大量的基因型共流行,同時(shí)會(huì)有大量新基因型出現(xiàn)。在基因型分析中發(fā)現(xiàn),在2010-2011流行季上海地區(qū)發(fā)現(xiàn)了兩個(gè)月前在加拿大剛剛出現(xiàn)的ON1基因型,這暗示RSV可能在一個(gè)流行季中在不同大洲間傳播。
【關(guān)鍵詞】：呼吸道合胞病毒 環(huán)介導(dǎo)的等溫?cái)U(kuò)增 流行病學(xué) 基因型 病原診斷
【學(xué)位授予單位】：上海師范大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2014
【分類(lèi)號(hào)】：R373.14
【目錄】：

• 摘要3-5
• Abstract5-9
• 第一章 緒論9-27
• 1.1 呼吸道合胞病毒的發(fā)現(xiàn)9
• 1.2 病毒的理化性質(zhì)9-11
• 1.3 病毒的蛋白及基因組成11-15
• 1.4 病毒的感染和復(fù)制15-16
• 1.5 病毒間差異16-18
• 1.6 流行病學(xué)概況18-19
• 1.7 保護(hù)性免疫反應(yīng)19-21
• 1.8 病理特性21-22
• 1.9 動(dòng)物模型22-23
• 1.10 抗病毒藥物及疫苗23-25
• 1.11 選題意義25-27
• 第二章 RSV的RT-LAMP檢測(cè)試劑盒的開(kāi)發(fā)27-42
• 2.1 材料方法28-32
• 2.1.1 病毒株及臨床樣本28-29
• 2.1.2 RT-LAMP的引物設(shè)計(jì)29
• 2.1.4 RT-LAMP反應(yīng)條件優(yōu)化29-30
• 2.1.5 RT-LAMP反應(yīng)30-31
• 2.1.6 RT-PCR反應(yīng)31-32
• 2.2 結(jié)果32-39
• 2.2.1 RSV的RT-LAMP引物的設(shè)計(jì)32-35
• 2.2.2 反應(yīng)體系的優(yōu)化35-37
• 2.2.3 引物反應(yīng)性能分析37-38
• 2.2.4 該RT-LAMP檢測(cè)的檢測(cè)限的確定38-39
• 2.2.5 該RT-LAMP方法對(duì)臨床樣本的檢測(cè)能力39
• 2.3 小結(jié)39-42
• 第三章 上海地區(qū)RSV的流行病學(xué)分析42-58
• 3.1 材料方法43-46
• 3.1.1 樣本收集43
• 3.1.2 RNA提取及RSV感染鑒定43-44
• 3.1.3 RSV特異PCR擴(kuò)增及G基因第二高變區(qū)測(cè)序44-45
• 3.1.4 進(jìn)化分析45-46
• 3.2 結(jié)果46-57
• 3.2.1 樣本收集46-47
• 3.2.2 RSV感染的季節(jié)分布47-49
• 3.2.3 基因型在流行季節(jié)間的改變49
• 3.2.4 上海地區(qū)A族RSV的特點(diǎn)49-52
• 3.2.5 上海地區(qū)B族RSV的特點(diǎn)52-56
• 3.2.6 基因型在流行季節(jié)間的分布規(guī)律56
• 3.2.7 RSV毒株全球傳播趨勢(shì)56
• 3.2.8 短序列改變所受的選擇作用56-57
• 3.3 小結(jié)57-58
• 第四章 結(jié)論58-60
• 致謝60-61
• 參考文獻(xiàn)61-73
• 主要科研成果73-76
• 1, 論文73
• 2, 專(zhuān)利73-76
• 附件76

【相似文獻(xiàn)】

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本文編號(hào)：312261