本文關鍵詞：呼吸道合胞病毒的逆轉錄環(huán)介導等溫擴增檢測及流行病學分析，，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：人呼吸道合胞病毒(RSV)是一種非分節(jié)負鏈RNA病毒,基因組全長15.2Kb左右,依據(jù)基因序列及抗原反應性差異將所有RSV分為A和B兩族,每個族還可以分為多個基因型。RSV具有很強的感染性,且感染的致死率較高。現(xiàn)在已經(jīng)發(fā)展了多種RSV檢測方法,然而這些方法都存在一定的缺陷。關于上海地區(qū)RSV的流行病學至今沒有很好的調(diào)查。 為了探索新的RSV檢測方法,我們利用逆轉錄環(huán)介導等溫擴增(Reverse transcription loop-mediated isothermal amplification, RT-LAMP)對RSV進行了檢測。首先,利用生物信息學方法,對49株RSV全基因組序列進行了多重比對分析,并找出基因組中的保守區(qū)域,設計出了針對A族和B族RSV的共12條引物。然后應用正交設計的方法優(yōu)化得到了最適于所設計引物的反應體系,并用該體系對引物的靈敏性和特異性進行了檢測。針對靈敏性,利用該體系和所設計的引物測定了對A和B族的RSV的檢測限,發(fā)現(xiàn)對A族毒株檢測限為5X101.75TCID50/ml,對B族毒株的檢測限為5×10-0.5TCID50/ml,均低于臨床樣本中的RSV滴度。進一步,使用本方法對77個呼吸道樣本進行了檢測,檢出率47%,與目前常用的RT-PCR檢測方法檢出率相當。 為了對上海地區(qū)RSV的流行病學狀況進行調(diào)查,我們收集了來自于南翔醫(yī)院從2009到2012年間的2407個呼吸道鼻咽拭子樣品,通過多重PCR檢測到184個RSV陽性樣本,根據(jù)RSV樣本的時間分布發(fā)現(xiàn)上海地區(qū)在2009-2010流行季經(jīng)歷了一次RSV病毒大爆發(fā)。對184個樣本進一步進行了DNA序列測定,獲得了69條RSV內(nèi)G蛋白C末端區(qū)域序列(該區(qū)域為RSV基因分型的通用區(qū)域),結合以前的報道,通過進化分析確定上海地區(qū)分布著分屬A和B兩族的10個RSV基因型。根據(jù)兩族RSV的時間分布分析發(fā)現(xiàn),上海地區(qū)的流行毒株經(jīng)歷了從B族(2009—2010流行季)到A族(隨后兩個流行季)的轉變。根據(jù)基因型的時間分布發(fā)現(xiàn),在RSV爆發(fā)的季節(jié),有大量的基因型共流行,同時會有大量新基因型出現(xiàn)。在基因型分析中發(fā)現(xiàn),在2010-2011流行季上海地區(qū)發(fā)現(xiàn)了兩個月前在加拿大剛剛出現(xiàn)的ON1基因型,這暗示RSV可能在一個流行季中在不同大洲間傳播。
【關鍵詞】：呼吸道合胞病毒 環(huán)介導的等溫擴增 流行病學 基因型 病原診斷
【學位授予單位】：上海師范大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2014
【分類號】：R373.14
【目錄】：

• 摘要3-5
• Abstract5-9
• 第一章 緒論9-27
• 1.1 呼吸道合胞病毒的發(fā)現(xiàn)9
• 1.2 病毒的理化性質(zhì)9-11
• 1.3 病毒的蛋白及基因組成11-15
• 1.4 病毒的感染和復制15-16
• 1.5 病毒間差異16-18
• 1.6 流行病學概況18-19
• 1.7 保護性免疫反應19-21
• 1.8 病理特性21-22
• 1.9 動物模型22-23
• 1.10 抗病毒藥物及疫苗23-25
• 1.11 選題意義25-27
• 第二章 RSV的RT-LAMP檢測試劑盒的開發(fā)27-42
• 2.1 材料方法28-32
• 2.1.1 病毒株及臨床樣本28-29
• 2.1.2 RT-LAMP的引物設計29
• 2.1.4 RT-LAMP反應條件優(yōu)化29-30
• 2.1.5 RT-LAMP反應30-31
• 2.1.6 RT-PCR反應31-32
• 2.2 結果32-39
• 2.2.1 RSV的RT-LAMP引物的設計32-35
• 2.2.2 反應體系的優(yōu)化35-37
• 2.2.3 引物反應性能分析37-38
• 2.2.4 該RT-LAMP檢測的檢測限的確定38-39
• 2.2.5 該RT-LAMP方法對臨床樣本的檢測能力39
• 2.3 小結39-42
• 第三章 上海地區(qū)RSV的流行病學分析42-58
• 3.1 材料方法43-46
• 3.1.1 樣本收集43
• 3.1.2 RNA提取及RSV感染鑒定43-44
• 3.1.3 RSV特異PCR擴增及G基因第二高變區(qū)測序44-45
• 3.1.4 進化分析45-46
• 3.2 結果46-57
• 3.2.1 樣本收集46-47
• 3.2.2 RSV感染的季節(jié)分布47-49
• 3.2.3 基因型在流行季節(jié)間的改變49
• 3.2.4 上海地區(qū)A族RSV的特點49-52
• 3.2.5 上海地區(qū)B族RSV的特點52-56
• 3.2.6 基因型在流行季節(jié)間的分布規(guī)律56
• 3.2.7 RSV毒株全球傳播趨勢56
• 3.2.8 短序列改變所受的選擇作用56-57
• 3.3 小結57-58
• 第四章 結論58-60
• 致謝60-61
• 參考文獻61-73
• 主要科研成果73-76
• 1, 論文73
• 2, 專利73-76
• 附件76

【相似文獻】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 陳小芳,樓永良,董琳,呂建新;急性下呼吸道感染患兒呼吸道合胞病毒及其亞型的檢測及分析[J];中國實用兒科雜志;2005年04期

2 黃旭強;鄧力;溫惠虹;何春卉;江文輝;;呼吸道合胞病毒肺炎嬰兒的肺功能研究[J];中華兒科雜志;2007年03期

3 孟凡威;徐太林;李魯娟;;阿昔洛韋聯(lián)合痰熱清治療嬰幼兒呼吸道合胞病毒肺炎療效觀察[J];中國醫(yī)療前沿;2010年11期

4 蔣華芳;孔曉慧;;呼吸道合胞病毒檢測技術的研究進展[J];醫(yī)學綜述;2010年24期

5 曾軍榮;李榕嬌;;呼吸道合胞病毒的檢測方法[J];檢驗醫(yī)學與臨床;2011年11期

6 胥會英;韓新民;黃建萍;;小兒呼吸道合胞病毒肺炎中西醫(yī)對照治療成本-效果分析[J];遼寧中醫(yī)雜志;2013年06期

7 沈皆平,常汝虛,孫志勤,曾麗霞,李兆卿,潘瑞芳,張綠野,關啟鳴;廣州地區(qū)人群呼吸道合胞病毒抗體水平調(diào)查[J];新醫(yī)學;1981年06期

8 羅玉桃,鄭良珊,李潔嫦;廣州地區(qū)嬰幼兒呼吸道合胞病毒肺炎127例臨床觀察[J];廣東醫(yī)學;1982年02期

9 胡伯淵,紀耀沅;嬰兒肺炎呼吸道合胞病毒的分離鑒定[J];江蘇醫(yī)藥;1982年05期

10 董宗祈;孫志勤;姜濤;陳丹萍;劉三勝;;武漢地區(qū)人群呼吸道合胞病毒抗體水平的檢測及分析[J];武漢醫(yī)學;1982年02期

中國重要會議論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 趙曉東;;呼吸道合胞病毒單抗逃逸株適合度評價[A];中華醫(yī)學會第十四次全國兒科學術會議論文匯編[C];2006年

2 吳苔;孫偉;汪潔;陳理華;;新生兒呼吸道合胞病毒肺炎48例臨床分析[A];2007年浙江省兒科學、小兒外科學學術年會論文匯編[C];2007年

3 丁國標;;住院患兒急性下呼吸道感染病原學調(diào)查[A];中華醫(yī)學會第十三屆全國兒科呼吸學術會議論文匯編[C];2012年

4 趙惠芬;李莉;韓瑞珠;;567例呼吸道合胞病毒肺炎的臨床研究[A];全國中西醫(yī)結合兒科第十次學術會議論文集[C];2002年

5 鄭曉群;陳小芳;林虹;張信良;呂建新;;實時逆轉錄聚合酶鏈反應快速鑒別呼吸道合胞病毒亞型[A];浙江省生物化學與分子生物學學術交流會論文集[C];2005年

6 趙曉東;;肝素阻斷呼吸道合胞病毒與氣道上皮細胞黏附[A];中華醫(yī)學會第十四次全國兒科學術會議論文匯編[C];2006年

7 劉玉華;侯安存;趙高潮;王鳳蓮;烏珊娜;;中西藥聯(lián)合應用對呼吸道合胞病毒抑制作用的研究[A];第五次全國中西醫(yī)結合中青年學術研討會論文匯編[C];2004年

8 林新;王建平;熊廣;余然;高雪;曲敬來;;呼吸道合胞病毒與成人支氣管哮喘急性發(fā)作的相關性研究[A];2006年全國危重病急救醫(yī)學學術會議論文集[C];2006年

9 梁園;陳尚勤;;新生兒呼吸道合胞病毒肺炎的臨床特點[A];2011年浙江省醫(yī)學會兒科學分會學術年會暨兒內(nèi)科疾病診治新進展國家級學習班論文匯編[C];2011年

10 錢月芳;高蘭平;湯華平;顧曉玲;馬澤南;莫建青;;呼吸道合胞病毒與嬰幼兒早期喘息的相關分析[A];2012年江浙滬兒科學術年會暨浙江省醫(yī)學會兒科學分會學術年會、兒內(nèi)科疾病診治新進展國家級學習班論文匯編[C];2012年

中國重要報紙全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 編譯 李勇;呼吸道合胞病毒新藥研發(fā)求破局[N];中國醫(yī)藥報;2012年

2 邵建國;帕利珠單抗打響保衛(wèi)戰(zhàn)[N];醫(yī)藥經(jīng)濟報;2010年

3 言鳳鳴;呼吸道合胞病毒易引發(fā)兒童感冒和肺炎[N];衛(wèi)生與生活報;2008年

4 伊遙;抗呼吸道合胞病毒感染“真空”待補[N];醫(yī)藥經(jīng)濟報;2012年

5 張見麟;小心呼吸道合胞病毒隨冷空氣而至[N];健康報;2003年

6 記者 李曉;4年追蹤揪出兒童感冒“元兇”[N];蘇州日報;2010年

7 ;幾種呼吸道病毒性疾病表現(xiàn)[N];中國醫(yī)藥報;2006年

8 李玉花;中藥治療扁桃體咽炎有特效[N];江蘇經(jīng)濟報;2000年

9 湖南省郴州市第三人民醫(yī)院 王小衡;媽媽感冒了，如何保護小寶寶[N];大眾衛(wèi)生報;2006年

10 國防科技大學 早良;感冒與流感的區(qū)別[N];大眾衛(wèi)生報;2001年

中國博士學位論文全文數(shù)據(jù)庫 前2條

1 劉曉鳴;呼吸道合胞病毒致大鼠腎病多種損傷機制研究[D];四川大學;2006年

2 蔣雄斌;CD8～+T細胞在呼吸道合胞病毒誘導的哮喘中的作用研究[D];南京醫(yī)科大學;2006年

中國碩士學位論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 豐達星;河南省呼吸道合胞病毒分子生物學研究[D];鄭州大學;2008年

2 秦弦;重慶地區(qū)呼吸道合胞病毒F和G基因變異分析（2009年-2011年）[D];重慶醫(yī)科大學;2012年

3 王瑞博;呼吸道合胞病毒重組融合蛋白TB10.4-F1免疫原性和安全性的研究[D];昆明理工大學;2011年

4 夏秋玲;呼吸道合胞病毒分離培養(yǎng)及其F蛋白基因變異分析[D];重慶醫(yī)科大學;2013年

5 黃雋敏;合肥地區(qū)成人上呼吸道五種常見病毒感染流行趨勢及呼吸道合胞病毒分離鑒定[D];安徽醫(yī)科大學;2008年

6 楊靖莉;急性呼吸道感染患兒中呼吸道合胞病毒的監(jiān)測[D];延邊大學;2007年

7 賀凌云;干擾素治療126例新生兒呼吸道合胞病毒肺炎療效觀察[D];重慶醫(yī)科大學;2013年

8 杜麗娜;重慶地區(qū)兒童呼吸道合胞病毒和偏肺病毒分子流行病學研究[D];重慶醫(yī)科大學;2010年

9 胡勇;福爾馬林滅活呼吸道合胞病毒疫苗增強疾病中細胞因子表達的初步研究及G蛋白的構建、表達和鑒定[D];浙江大學;2011年

10 李燕暉;RSV-IGIV抗病毒作用的實驗研究[D];第四軍醫(yī)大學;2005年

  本文關鍵詞：呼吸道合胞病毒的逆轉錄環(huán)介導等溫擴增檢測及流行病學分析，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

本文編號：312261