本文關(guān)鍵詞：基于全基因組測序技術(shù)對B.melitensis毒力基因的初篩，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：目的通過全基因組測序技術(shù)從3株布氏桿菌野生株的全基因組序列中初步篩選出布氏桿菌的關(guān)鍵毒力基因，為后續(xù)對布氏桿菌致腦損害毒力基因的篩選以及進(jìn)一步探討其致病機(jī)制的研究奠定基礎(chǔ)。 方法本研究通過對3株分離于布氏桿菌病患者外周血中的布氏桿菌分離株進(jìn)行培養(yǎng)與經(jīng)BCSP31PCR、傳統(tǒng)生化實(shí)驗(yàn)鑒定分型。提取細(xì)菌全基因組后利用IlluminaHiseq2000測序平臺對3株布氏桿菌進(jìn)行全基因組測序，再通過生物信息學(xué)分析結(jié)合文獻(xiàn)報(bào)道分析篩選出布氏桿菌可能致腦損害的關(guān)鍵毒力基因，通過檢索NCBI核酸數(shù)據(jù)庫查找出所選毒力基因的參考序列，利用所選參考序列分別與3株布氏桿菌的全基因組序列進(jìn)行BLAT比對分析。 結(jié)果3株分離菌經(jīng)BCSP31PCR、生化實(shí)驗(yàn)鑒定為布氏桿菌羊種3型；全基因組測序數(shù)據(jù)顯示每株布氏桿菌的基因組大小均約為3.29M；GC含量約為57.24%。通過比較基因組分析，SNP與In-Del的統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)提示菌株存在一些變異，，3株布氏桿菌與標(biāo)準(zhǔn)株參考序列的同源性比例均達(dá)到99.02%。生物信息學(xué)分析顯示，這3株布氏桿菌在逃避宿主吞噬細(xì)胞防御方面的基因調(diào)控功能較強(qiáng)；這些菌株有著發(fā)達(dá)的復(fù)制與新陳代謝功能，可以充分利用氨基酸、一些無機(jī)離子及碳水化合物作為主要的營養(yǎng)物質(zhì)與能量來源。BLAT比對分析發(fā)現(xiàn)所選毒力基因（wbkA、pgm、hemolysin、hemolysin III、Omp25）在這3株布氏桿菌全基因組序列中的比對分?jǐn)?shù)均達(dá)到99%以上。 結(jié)論Illumina Hiseq2000測序平臺可為篩選布氏桿菌毒力基因的研究提供技術(shù)保障。3株布氏桿菌在長時(shí)期的進(jìn)化過程中顯示出比較高的保守性。生物信息學(xué)分析提示這3株布氏桿菌在復(fù)制與新陳代謝，逃避宿主吞噬細(xì)胞防御方面的基因調(diào)控功能較為發(fā)達(dá)。經(jīng)過全基因組測序與BLAT序列比對已初步篩選出羊種3型布氏桿菌的毒力基因?yàn)閣bkA、pgm、hemolysin、hemolysin III和Omp25，根據(jù)文獻(xiàn)報(bào)道推測這些基因很可能就是在布氏桿菌致腦損害過程中參與調(diào)控的關(guān)鍵基因，其確切致病機(jī)制還需進(jìn)一步研究驗(yàn)證。
【關(guān)鍵詞】：羊種3型 布氏桿菌 毒力基因 Illumina Hiseq2000 生物信息學(xué)分析
【學(xué)位授予單位】：寧夏醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2014
【分類號】：R378.5
【目錄】：

• 摘要4-6
• ABSTRACT6-8
• 中英文縮略詞表8-10
• 前言10-15
• 材料與方法15-26
• 結(jié)果26-41
• 討論41-46
• 結(jié)論46-47
• 參考文獻(xiàn)47-54
• 文獻(xiàn)綜述54-71
• 綜述參考文獻(xiàn)65-71
• 致謝71-72
• 攻讀碩士學(xué)位期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文72-73
• 攻讀碩士學(xué)位期間參與申報(bào)和研究的課題73-74
• 攻讀碩士學(xué)位期間參加的學(xué)術(shù)會議74

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本文編號：275676