HIV-1 B亞型毒株是全球最早發(fā)現(xiàn)的HIV毒株,在北美、西歐、東南亞都有廣泛流行,其所占比例分別為HIV感染者的98.42%、87.62%、38.00%。由其衍生而來的B′毒株已成為我國流行的主要毒株之一。本文選取了2002年到2008年間通過獻血途徑感染的182名感染者,經(jīng)PCR擴增和序列測定后獲得gag基因全長序列,與下載自Los Alamos HIV序列數(shù)據(jù)庫的62條中國B′亞型毒株和254條美國B亞型毒株gag基因全長序列一起,分析中國B′毒株與美國B毒株間的差別并研究其變異發(fā)生的規(guī)律。 對本研究獲得樣本gag基因系統(tǒng)進化分析結(jié)果表明,所有樣本均為B′亞型,并聚集為單一的進化簇。熵值和基因距離分析結(jié)果表明,我國HIV-1 B′亞型毒株gag基因變異率從大到小分別為p6、p2、p17、p1、p7和p24。在Gag蛋白HLA遞呈CTL表位中的氨基酸位點(n=258)的熵值顯著地高于表位外氨基酸位點(n=243)的熵值(P=0.015)。對主要同源區(qū)和親環(huán)素A結(jié)合基序分析的結(jié)果表明,主要同源區(qū)內(nèi)有10.44%的樣本發(fā)生了R154K的突變;親環(huán)素A結(jié)合基序內(nèi)有18.68%的樣本發(fā)生了H87Q/P突變,另外還有15.38%的樣本發(fā)生了V91I的突變。 中國B′亞型毒株(n=244)與美國B亞型毒株(n=254)比較分析發(fā)現(xiàn),二者平均熵值分別為0.14和0.17,美國B亞型毒株的變異大于中國B′亞型毒株。Entropy-Two分析發(fā)現(xiàn)二者在111個位點的氨基酸組成上有顯著性差異。其中25個位點的氨基酸組成呈現(xiàn)變異復(fù)雜度增加;其余86個位點呈現(xiàn)變異復(fù)雜度減少。一致性序列比較結(jié)果表明有17個位點在兩組中不同,其中76、79、94、102、118、125這6個位點在本研究及既往研究中都是差異有統(tǒng)計學(xué)意義的位點,且共享氨基酸都發(fā)生了改變。 為了分析中國B′亞型與美國B亞型毒株氨基酸組成不同的原因,將中國B′亞型gag基因序列按照樣品采集時間分為3組,以確定各位點的進化過程。結(jié)果表明,以第Ⅰ組(2002-2003年)序列為參考組,第Ⅱ組(2004-2005年)和第Ⅲ組(2007-2008年)序列中分別有18和31個位點的氨基酸組成有顯著性差異。在中國B′亞型毒株與美國B亞型毒株有顯著性差異的111個位點中,有13個位點在隨時間變化分析中同時出現(xiàn)。其中122、397、440位在兩種變異分析中均呈現(xiàn)變異復(fù)雜度增加趨勢,440位被已發(fā)表CTL表位覆蓋,122和397位尚無已發(fā)表的CTL表位,這些位點是否有未發(fā)現(xiàn)的新表位需要在今后免疫實驗中證明;62、102、369、371在兩種變異分析中均呈現(xiàn)變異復(fù)雜度減少趨勢,這4個位點都位于Gag蛋白重要功能區(qū);53、91、130、146、385、389在兩種比較中呈現(xiàn)相反變異的規(guī)律,提示病毒在不同宿主免疫壓力和環(huán)境選擇壓力下朝著不同方向進化。 本研究對HIV-1 B′毒株gag基因變異特征及變異規(guī)律進行了系統(tǒng)分析,該結(jié)果為HIV-1 CTL逃逸突變的研究奠定了基礎(chǔ),同時為研制有效藥物和疫苗提供了重要的參考數(shù)據(jù)。



本文編號：2151439