本文關(guān)鍵詞：基于差異共表達方法對膠質(zhì)瘤分子分型的研究以及對疾病間相關(guān)關(guān)系數(shù)據(jù)庫的開發(fā)，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：差異共表達方法是探索基因?qū)υ诓煌瑺顟B(tài)(如疾病與正常,處理組和對照組)下的表達相關(guān)性是否有顯著差異。由于基因間表達水平的相關(guān)性暗示某種調(diào)控關(guān)系的存在,所以共表達相關(guān)關(guān)系的改變或者說差異共表達本身就提示不同表型間調(diào)控關(guān)系改變。本文用差異共表達方法對膠質(zhì)瘤轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進行分析,識別到與膠質(zhì)瘤預(yù)后相關(guān)的三個轉(zhuǎn)錄因子(AHR, NFIL3和ZNF423),并用之對膠質(zhì)瘤進行分類,分成三個不同的分子亞型(ZG, NG和IG亞型),這三種亞型的生存模式顯著不同,并在獨立的數(shù)據(jù)集得到驗證。與已有分類系統(tǒng)相比,本文提供一個更少分子標簽且有效的膠質(zhì)瘤分類體系。接著探索三個基因的功能,發(fā)現(xiàn)這三個轉(zhuǎn)錄因子在藥靶上顯著富集,并且觀察到與這三個轉(zhuǎn)錄因子有關(guān)的調(diào)控關(guān)系在膠質(zhì)瘤發(fā)展過程有重要的作用。本文不僅建立膠質(zhì)瘤分子分型體系,還用差異表達分析方法進行疾病相關(guān)關(guān)系的研究并開發(fā)疾病相關(guān)關(guān)系數(shù)據(jù)庫。通過調(diào)研疾病數(shù)據(jù)庫,發(fā)現(xiàn)目前并沒有從數(shù)據(jù)出發(fā)闡述疾病相互關(guān)系的數(shù)據(jù)庫。我們對公共數(shù)據(jù)中人類疾病表達譜數(shù)據(jù)進行差異共表達分析,發(fā)現(xiàn)1326對顯著相似的疾病對,使用這些疾病關(guān)系開發(fā)疾病相關(guān)關(guān)系數(shù)據(jù)庫。疾病相關(guān)關(guān)系數(shù)據(jù)庫是第一個根據(jù)通過疾病間調(diào)控關(guān)系的相似性衡量疾病關(guān)系的數(shù)據(jù)庫,這對研究疾病的科研工作者和臨床醫(yī)生有重要的意義。
【關(guān)鍵詞】：差異共表達 膠質(zhì)瘤 分子分型 預(yù)后因子 疾病相關(guān)關(guān)系數(shù)據(jù)庫
【學位授予單位】：華東理工大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2015
【分類號】：R739.41
【目錄】：

• 摘要5-6
• abstract6-9
• 第1章 前言9-22
• 1.1 差異共表達方法研究現(xiàn)狀9-11
• 1.2 膠質(zhì)瘤研究現(xiàn)狀11-18
• 1.2.1 膠質(zhì)瘤分子分級研究現(xiàn)狀11-15
• 1.2.2 膠質(zhì)瘤分子標記物研究現(xiàn)狀15-18
• 1.2.2.1 IDH突變15-16
• 1.2.2.2 MGMT啟動子甲基化16-17
• 1.2.2.3 ARTX突變和TERT改變17
• 1.2.2.4 1p/19q缺失17-18
• 1.3 疾病關(guān)系背景知識18-21
• 1.3.1 疾病相關(guān)關(guān)系研究現(xiàn)狀18-19
• 1.3.2 常見的疾病數(shù)據(jù)庫與其他數(shù)據(jù)庫19-21
• 1.4 本課題的目的及意義21-22
• 第2章 整合差異共表達方法識別膠質(zhì)瘤分類的三個轉(zhuǎn)錄因子22-32
• 2.1 簡介22
• 2.2 數(shù)據(jù)來源和預(yù)處理22-24
• 2.3 方法24-26
• 2.3.1 差異共表達分析和差異調(diào)控分析24-25
• 2.3.2 分類方法25
• 2.3.3 生存分析25-26
• 2.4 結(jié)果和討論26-31
• 2.4.1 88個種子基因的分類效能和臨床相關(guān)性26-27
• 2.4.2 差異調(diào)控分析相關(guān)的分子標簽的識別和臨床相關(guān)性27-29
• 2.4.3 驗證集中三個轉(zhuǎn)錄因子分類的預(yù)后價值的確認29-31
• 2.5 本章小結(jié)31-32
• 第3章 3-TF-signature功能研究32-38
• 3.1 簡介32
• 3.2 數(shù)據(jù)32
• 3.2.1 藥靶數(shù)據(jù)32
• 3.2.2 其他膠質(zhì)瘤分子分級研究中的分子標簽32
• 3.3 方法32-33
• 3.3.1 調(diào)控網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建32-33
• 3.4 結(jié)果與討論33-36
• 3.4.1 DRA-siganture在膠質(zhì)瘤亞型中的表達情況33
• 3.4.2 3-TF-signature與其他研究中分子標簽功能比較33-35
• 3.4.3 3-TF-signature調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析35-36
• 3.5 本章小結(jié)36-38
• 第4章 疾病相關(guān)關(guān)系數(shù)據(jù)庫38-48
• 4.1 簡介38-40
• 4.2 數(shù)據(jù)庫中數(shù)據(jù)的處理40
• 4.2.1 基因表達數(shù)據(jù)40
• 4.2.2 通路40
• 4.2.3 疾病基因和藥物40
• 4.3 數(shù)據(jù)庫內(nèi)容40-41
• 4.3.1 疾病相關(guān)關(guān)系40-41
• 4.3.2 相似疾病對共同的屬性41
• 4.4 網(wǎng)頁41-44
• 4.5 查詢44-47
• 4.6 安裝實現(xiàn)47
• 4.7 本章小結(jié)47-48
• 第5章 結(jié)論與展望48-50
• 5.1 結(jié)論48
• 5.2 展望48-50
• 參考文獻50-65
• 致謝65-66
• 附錄66-118
• 附錄Ⅰ 附圖66-74
• 附錄Ⅱ 附表74-118
• 科研成果118

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本文編號：385099