運用芯片技術(shù)對CMT2L轉(zhuǎn)基因小鼠進行全基因組差異表達分析
發(fā)布時間:2021-11-19 04:10
目的:運用MouseRef-8v2.0Expression BeadChip (Illumina)芯片,對pCAGGS-HA-K141NHSPB8轉(zhuǎn)基因小鼠、CAGGS-HA-wtHSPB8轉(zhuǎn)基因小鼠和正常C57BL小鼠的坐骨神經(jīng)組織在不同時期(3月齡,6月齡和18月齡)的基因表達進行對比分析,通過生物信息學分析篩選差異表達基因,并對其中差異較大的基因,采用熒光定量RT-PCR進行mRNA水平的表達驗證,以期明確K141NHSPB8突變在CMT2L病程不同時期(發(fā)病前、發(fā)病時和發(fā)病后期)受調(diào)控基因表達譜的變化和可能的內(nèi)在分子通路,探討K141NHSPB8突變在CMT2L的可能發(fā)病機制。方法:1. pCAGGS-HA-wtHSPB8和pCAGGS-HA-K141N HSPB8的轉(zhuǎn)基因小鼠已經(jīng)在前期工作中構(gòu)建和鑒定成功。以月齡為3個月(發(fā)病前)、6個月(發(fā)病時)、18個月(病程后期)的pCAGGS-HA-K141NHSPB8轉(zhuǎn)基因小鼠為研究對象,以月齡匹配的pCAGGS-HA-wtHSPB8轉(zhuǎn)基因小鼠、C57BL小鼠為對比。2.運用全基因組表達芯片技術(shù)篩選差異表達的基因:提取3月齡、6月齡...
【文章來源】:中南大學湖南省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:60 頁
【學位級別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
縮略詞簡表
1 前言
2 材料與方法
2.1 主要儀器及試劑
2.1.1 基因芯片主要儀器及試劑
2.1.2 熒光定量RT-PCR主要儀器及試劑
2.2 實驗動物來源及分組
2.2.1 實驗動物來源
2.2.2 動物實驗分組
2.3 實驗步驟
2.3.1 小鼠坐骨神經(jīng)組織標本采集
2.3.2 小鼠坐骨神經(jīng)組織RNA提取
2.4 基因芯片分析流程
2.4.1 RNA純化
2.4.2 RNA質(zhì)量檢測
2.4.3 RNA擴增
2.4.4 Total RNA的去磷酸化、標記和雜交
2.4.5 芯片清洗及掃描
2.5 實時熒光定量RT-PCR實驗流程
2.5.1 小鼠坐骨神1經(jīng)組織RNA提取(同2.3.2)
2.5.2 反轉(zhuǎn)錄
2.5.3 syber green實時熒光定量PCR檢測myh4,fbp2,pck1,pgam2,ppp1r3c,rbp4,neb,mfn2,hspb1,nefl,rab7的表達
2.5.4 引物設(shè)計
2.5.5 熒光定量PCR檢測
2.6 統(tǒng)計學處理
2.6.1 基因芯片的數(shù)據(jù)提取及分析
2.6.2 qRT-PCR數(shù)據(jù)提取及分析
3 結(jié)果
3.1 RNA提取結(jié)果(如下表3-1)
3.2 篩選差異基因
3.2.1 差異基因蛋白相關(guān)聚類
3.2.2 差異基因功能相關(guān)聚類
3.3 qRT-PCR實驗結(jié)果
3.3.1 擴增曲線和溶解曲線如下
3.4 real time RT-PCR實驗結(jié)果
4 討論
4.1 CMT2與CMT2L轉(zhuǎn)基因小鼠
4.2 基因芯片技術(shù)與實時熒光定量PCR技術(shù)對本研究的意義
4.3 差異基因的結(jié)構(gòu)及功能分析
4.4 差異基因陽性結(jié)果分析
4.5 CMT2L與CMT2相關(guān)致病基因的關(guān)系
5 結(jié)論
參考文獻
綜述
參考文獻
致謝
攻讀學位期間主要研究成果
【參考文獻】:
期刊論文
[1]基于脈象Hilbert-Huang變換和樣本熵的動脈硬化癥檢測研究[J]. 楊成,王學民,孫濤,郁洪強,李想,周鵬. 生物醫(yī)學工程學雜志. 2012(06)
[2]軸突型腓骨肌萎縮癥2L型致病基因HSPB8突變導致細胞內(nèi)聚集物形成的機理研究[J]. 張如旭,唐北沙,資曉宏,夏昆,潘乾,張付峰,李書劍,趙國華,郭科. 中華醫(yī)學遺傳學雜志. 2006(06)
[3]中國人腓骨肌萎縮癥小熱休克蛋白27基因突變分析[J]. 劉小民,唐北沙,趙國華,夏昆,張付峰,潘乾,蔡芳,胡正茂,張成,陳彪,沈璐,張如旭,江泓. 中華醫(yī)學遺傳學雜志. 2005(05)
本文編號:3504259
【文章來源】:中南大學湖南省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:60 頁
【學位級別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
縮略詞簡表
1 前言
2 材料與方法
2.1 主要儀器及試劑
2.1.1 基因芯片主要儀器及試劑
2.1.2 熒光定量RT-PCR主要儀器及試劑
2.2 實驗動物來源及分組
2.2.1 實驗動物來源
2.2.2 動物實驗分組
2.3 實驗步驟
2.3.1 小鼠坐骨神經(jīng)組織標本采集
2.3.2 小鼠坐骨神經(jīng)組織RNA提取
2.4 基因芯片分析流程
2.4.1 RNA純化
2.4.2 RNA質(zhì)量檢測
2.4.3 RNA擴增
2.4.4 Total RNA的去磷酸化、標記和雜交
2.4.5 芯片清洗及掃描
2.5 實時熒光定量RT-PCR實驗流程
2.5.1 小鼠坐骨神1經(jīng)組織RNA提取(同2.3.2)
2.5.2 反轉(zhuǎn)錄
2.5.3 syber green實時熒光定量PCR檢測myh4,fbp2,pck1,pgam2,ppp1r3c,rbp4,neb,mfn2,hspb1,nefl,rab7的表達
2.5.4 引物設(shè)計
2.5.5 熒光定量PCR檢測
2.6 統(tǒng)計學處理
2.6.1 基因芯片的數(shù)據(jù)提取及分析
2.6.2 qRT-PCR數(shù)據(jù)提取及分析
3 結(jié)果
3.1 RNA提取結(jié)果(如下表3-1)
3.2 篩選差異基因
3.2.1 差異基因蛋白相關(guān)聚類
3.2.2 差異基因功能相關(guān)聚類
3.3 qRT-PCR實驗結(jié)果
3.3.1 擴增曲線和溶解曲線如下
3.4 real time RT-PCR實驗結(jié)果
4 討論
4.1 CMT2與CMT2L轉(zhuǎn)基因小鼠
4.2 基因芯片技術(shù)與實時熒光定量PCR技術(shù)對本研究的意義
4.3 差異基因的結(jié)構(gòu)及功能分析
4.4 差異基因陽性結(jié)果分析
4.5 CMT2L與CMT2相關(guān)致病基因的關(guān)系
5 結(jié)論
參考文獻
綜述
參考文獻
致謝
攻讀學位期間主要研究成果
【參考文獻】:
期刊論文
[1]基于脈象Hilbert-Huang變換和樣本熵的動脈硬化癥檢測研究[J]. 楊成,王學民,孫濤,郁洪強,李想,周鵬. 生物醫(yī)學工程學雜志. 2012(06)
[2]軸突型腓骨肌萎縮癥2L型致病基因HSPB8突變導致細胞內(nèi)聚集物形成的機理研究[J]. 張如旭,唐北沙,資曉宏,夏昆,潘乾,張付峰,李書劍,趙國華,郭科. 中華醫(yī)學遺傳學雜志. 2006(06)
[3]中國人腓骨肌萎縮癥小熱休克蛋白27基因突變分析[J]. 劉小民,唐北沙,趙國華,夏昆,張付峰,潘乾,蔡芳,胡正茂,張成,陳彪,沈璐,張如旭,江泓. 中華醫(yī)學遺傳學雜志. 2005(05)
本文編號:3504259
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