發(fā)布時(shí)間：2021-03-20 23:42

　　目的:本研究旨在利用加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析（weightened gene co-expression network analysis,WGCNA）法篩選出神經(jīng)母細(xì)胞瘤與危險(xiǎn)度分組參考因素、臨床特征等相關(guān)的基因。國(guó)際神經(jīng)母細(xì)胞瘤分期系統(tǒng)（International neuroblastoma staging system,INSS）分期作為神經(jīng)母細(xì)胞瘤危險(xiǎn)度分組的一項(xiàng)重要參考指標(biāo),是我們研究的重點(diǎn)。探討目的基因作為神經(jīng)母細(xì)胞瘤潛在的治療靶點(diǎn)及預(yù)后評(píng)估生物學(xué)標(biāo)志的可能性。方法:由GEO（Gene Expression Omnibus）數(shù)據(jù)庫(kù)獲取神經(jīng)母細(xì)胞瘤基因芯片GSE13136作為實(shí)驗(yàn)組,干細(xì)胞基因芯片GSE48022中的GSM1165505、GSM1165506、GSM1165507、GSM1165508作為對(duì)照組。實(shí)驗(yàn)組及對(duì)照組數(shù)據(jù)均為全基因組mRNA表達(dá)數(shù)據(jù),其中實(shí)驗(yàn)組包含30例兒童神經(jīng)母細(xì)胞瘤,對(duì)照組包含4例人骨髓間充質(zhì)干細(xì)胞。利用R語(yǔ)言軟件,經(jīng)歸一化處理后,采用芯片顯著性分析（significance analysis of microarrays,SAM）方法篩選神經(jīng)母細(xì)... 

【文章來(lái)源】：山東大學(xué)山東省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁(yè)數(shù)】：53 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

圖１加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析（ＷＧＣＮＡ）軟閾值（Ｐ?）的選擇??左右兩圖橫坐標(biāo)均表示軟閾值，左圖縱坐標(biāo)表示無(wú)尺度拓?fù)渲丿B網(wǎng)絡(luò)指數(shù)??

．?ｔ，?１４?＇＃?ｉ??Ｂ?１０?１２??５?６?Ｔ?９?＊??Ｓ＊?〇?＂Ｉ?Ｉ??１?！?§??９??２?？?－?ｊ?Ｓ＇??＼?：?ｓ§??！?〇?；?Ｉ??？?２０?２??ｈｉ?３?：??Ｉ?１?ｏ?５?＊?７?？?？?１０?ｔ２?１４?１６?Ｉｔ?２０??：?Ｉ?；?■??１?１?１?Ｈ??５?１０?１５?２０?Ｓ?１０?ｔ￥?２０??Ｓｏｆｔ?Ｔｈｒ？＾〇ｔｄ?（ｐａｗ）?ＳａｎＴＴｖＭｈ〇Ｋｌ（ｐｏ？ｒ＞??圖１加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析（ＷＧＣＮＡ）軟閾值（Ｐ?）的選擇??左右兩圖橫坐標(biāo)均表示軟閾值，左圖縱坐標(biāo)表示無(wú)尺度拓?fù)渲丿B網(wǎng)絡(luò)指Ｒ２?（ｓｃａｌｅ?ｆｒｅｅＲ２），右圖縱坐標(biāo)表示平均連接基因數(shù)。綜合兩圖分析，在同？?ｔ??足ｓｃａｌｅ?ｆｒｅｅＲ２盡可能接近１，且平均連接基因數(shù)盡可能多的條件下，本研宄最合適的軟閾值為５。??？ｏｆｌｔｔｉｒｖａｈｏＭ?ｐｏｗａｒ＊?６?＞ｃａｌ？?ｆｒ＊？?Ｒａ２ｂ?０?Ｓ４?？ｌｏｐ？？?－１１３?ｔｒｕｎｃ?０?Ｍ??

２．?２動(dòng)態(tài)剪切樹法確定基因模塊??以Ｐ＝５進(jìn)行網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建及基因模塊劃分，利用動(dòng)態(tài)剪切樹法共區(qū)分出５個(gè)基因模??塊，不同的顏色代表不同的基因模塊，灰色表示不屬于任何基因模塊（見(jiàn)圖３）。??〇?Ｃｌｕｓｔｅｒ?Ｄｅｎｄｒｏｇｒａｍ????Ｍｏｄｕｌｅ?（ｂｒａｎｃｈ）?ｃｏｌｏｒ????＼?ＩＩ??■?ｉ??圖３動(dòng)態(tài)樹剪切法區(qū)分基因模塊??Ｈｅｉｇｈｔ表不剪切高度，Ｃｌｕｓｔｅｒ?Ｄｅｎｄｒｏｇｒａｍ表示聚類樹，Ｍｏｄｕｌｅ表示基因模??塊，篩選出的聚類樹分支有相應(yīng)的基因模塊與之對(duì)應(yīng)。不同基因模塊中包含的基??因總數(shù)如表３所示：??表３基因模塊與對(duì)應(yīng)的基因數(shù)??基因模塊?ｙｅｌｌｏｗ?ｂｒｏｗｎ?ｇｒｅｅｎ?ｂｌｕｅ?ｔｕｒｑｕｏｉｓｅ??基因數(shù)?１３?２８?７?８１?１２０??２．?３腫癯加權(quán)共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)與臨床信息的聯(lián)系??神經(jīng)母細(xì)胞瘤基因芯片包含的臨床信息包塊：年齡、性別、ＩＮＳＳ分期、ＭＹＣＮ??擴(kuò)增狀態(tài)、ｌｐ缺失，均為非時(shí)間相關(guān)變量。以Ｐｅａｒｓｏｎ相關(guān)系數(shù)代（ｒ）表不模塊??基因與臨床特征的相關(guān)性，Ｐ值判斷相關(guān)性顯著程度（Ｐ＜０．０５代表相關(guān)性顯著），??２１??


本文編號(hào)：3091883