目的:應(yīng)用生物信息學(xué)方法挖掘膠質(zhì)母細胞瘤（GBM）的相關(guān)基因,進而探討發(fā)病機制,為GBM臨床診斷和靶向治療提供理論依據(jù)。方法:從GEO（Gene Expression Omnibus）數(shù)據(jù)庫下載基因芯片數(shù)據(jù)集GSE4290和GSE15824,應(yīng)用GEO2R篩選GBM的差異表達基因（DEGs）。采用DAVID數(shù)據(jù)庫進行GO富集和KEGG通路富集分析,分別應(yīng)用STRING數(shù)據(jù)庫和Cytoscape軟件構(gòu)建蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)和關(guān)鍵基因模塊,篩選GBM靶基因。進一步運用ONCOMINE數(shù)據(jù)庫驗證臨床組織樣本中靶基因與GBM的關(guān)系。結(jié)果:共篩選出76個DEGs,富集分析結(jié)果顯示DEGs在血管生成的正調(diào)節(jié)、抗原的呈遞和處理、信號轉(zhuǎn)導(dǎo)、調(diào)節(jié)自噬等方面存在顯著富集。共挖掘出POSTN、TAGLN、CALD1、EPCAM 4個GBM靶基因,經(jīng)證實均在臨床GBM組織樣本中存在顯著上調(diào)且靶基因的上調(diào)與患者的不良預(yù)后密切相關(guān)。結(jié)論:通過生物信息學(xué)共挖掘出4個與GBM顯著相關(guān)的靶基因,可能是未來GBM發(fā)病機制、臨床診斷、治療的重要研究靶點。 

【文章來源】：現(xiàn)代腫瘤醫(yī)學(xué). 2020,28(23)

【文章頁數(shù)】：6 頁

【部分圖文】：

差異表達基因的韋恩圖

本研究進一步采用CentiScaPe插件尋找與GBM關(guān)系最密切的靶基因,共篩選出4個節(jié)點度數(shù)顯著較高的靶基因,靶基因的名稱、縮寫及其功能如表1所示。ONCOMINE數(shù)據(jù)庫結(jié)果證實了在不同的臨床膠質(zhì)母細胞瘤的組織樣本數(shù)據(jù)集中與正常腦組織樣本相比靶基因均出現(xiàn)明顯高表達,結(jié)果具有顯著統(tǒng)計學(xué)差異(圖5),且研究發(fā)現(xiàn)5年生存狀況和總預(yù)后狀況不良的患者中靶基因表達顯著高于預(yù)后良好患者(圖6),表明了靶基因的顯著高表達對GBM患者的5年生存狀況和總生存狀況均具有不良影響,故4個靶基因是膠質(zhì)母細胞瘤發(fā)生發(fā)展的關(guān)鍵分子,是膠質(zhì)母細胞瘤診斷和治療的重要靶點。圖3 STRING構(gòu)建的DEGs蛋白互作網(wǎng)絡(luò)圖

STRING構(gòu)建的DEGs蛋白互作網(wǎng)絡(luò)圖

【參考文獻】：
期刊論文
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本文編號：2969886