發(fā)布時間：2018-03-19 08:15

  本文選題：高通量測序　切入點：肌張力障礙　出處：《北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院》2016年碩士論文　論文類型：學(xué)位論文

【摘要】：背景肌張力障礙(dystonia)是一種運動障礙性疾病,通常以持續(xù)或偶發(fā)的肌肉收縮而引起的異常運動或姿勢為特征。肌張力障礙的臨床表現(xiàn)根據(jù)受累肌肉的部位、收縮強度和不同肌肉的組合而有不同表現(xiàn)�，F(xiàn)階段對肌張力障礙進行臨床診斷多按照臨床表現(xiàn)和病史依據(jù)醫(yī)生的臨床經(jīng)驗進行診斷,難以滿足臨床準確診斷的要求。而各種輔助檢查也做不到準確快速。臨床診斷中正急需一種快速準確的診斷方法目的應(yīng)用Ion AmliSeq多重PCR定制序列捕獲系統(tǒng)結(jié)合Ion Torrent PGM高通量測序平臺檢測肌張力障礙患者的目標基因突變,在找尋肌張力障礙致病基因新突變的基礎(chǔ)上評估高通量測序技術(shù)在肌張力障礙臨床診斷上應(yīng)用的可能性。方法使用的個性化定制panel包括25個肌張力障礙明確致病基因及相關(guān)易感基因的全部外顯子區(qū)域,應(yīng)用Ion AmliSeq多重PCR定制序列捕獲系統(tǒng)對病人的目的基因區(qū)域進行捕獲,通過Ion Torrent PGM高通量測序平臺進行靶向重測序,對得到的變異數(shù)據(jù)進行肌張力障礙候選基因突變分析。結(jié)果本研究共使用Ion Chip 318芯片6張,318V2芯片12張,平均測序深度為134±23,覆蓋度為96.12%±0.71%,單張芯片最高產(chǎn)生數(shù)據(jù)達到900MB(IonChip 318V2)。經(jīng)測序后數(shù)據(jù)分析和Sanger測序驗證,在肌張力障礙的致病基因上共檢測到15(60%,15/25)個突變,其中4種為已知變異,11種為之前未報道的新突變。結(jié)論應(yīng)用Ion AmliSeq多重PCR定制序列捕獲系統(tǒng)結(jié)合Ion Torrent PGM高通量測序平臺可以完成對肌張力障礙的基因篩查工作。
[Abstract]:Background dystonia is a dystonia, usually characterized by abnormal movement or posture caused by continuous or occasional muscle contraction. The clinical manifestations of dystonia are based on the site of the affected muscle. The contractile intensity and the combination of different muscles have different manifestations. At this stage, the clinical diagnosis of dystonia is mostly based on the clinical manifestations and the history of the disease according to the doctor's clinical experience. It is difficult to meet the requirement of clinical accurate diagnosis, and all kinds of auxiliary examination can not be done accurately and quickly. In clinical diagnosis, a fast and accurate diagnostic method is urgently needed; to apply Ion AmliSeq multiple PCR custom sequence capture system combined with Ion Torrent. PGM high-throughput sequencing platform was used to detect target gene mutations in patients with dystonia. On the basis of searching for new mutations in dystonia gene, the possibility of high throughput sequencing in clinical diagnosis of dystonia was evaluated. The personalized panel used by the method includes 25 specific pathogenicity of dystonia. All exon regions of genes and associated susceptibility genes, The target gene region of patients was captured by Ion AmliSeq multiplex PCR customized sequence capture system, and targeted resequencing was carried out by Ion Torrent PGM high-throughput sequencing platform. The mutational data were analyzed by candidate gene mutation analysis of dystonia. Results in this study, Ion Chip 318 chip 6 pieces of 318V2 chip was used to analyze the mutation. The average depth of sequencing was 134 鹵23, the coverage was 96.12% 鹵0.71, and the maximum data produced by single chip was 900MB IonChip 318V2. After sequencing and Sanger sequencing, a total of 1560g / 1525) mutations were detected in the pathogenic gene of dystonia. Four of them are known mutations and 11 are new mutations that have not been reported before. Conclusion Gene screening for dystonia can be completed by using Ion AmliSeq multiplex PCR custom sequence capture system and Ion Torrent PGM high-throughput sequencing platform.
【學(xué)位授予單位】：北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號】：R746

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本文編號：1633399