本文選題：腹瀉住院兒童 + 杯狀病毒　； 參考：《中國(guó)疾病預(yù)防控制中心》2010年碩士論文

【摘要】： 背景 人類杯狀病毒(Human Caliciviruses, HuCV)包括諾如病毒(Norovirus)和札如病毒(Sapovirus),是引起非菌性急性胃腸炎暴發(fā)的主要病因,也是僅次于輪狀病毒引起嬰幼兒急性腹瀉的常見(jiàn)病原。國(guó)內(nèi)自方肇寅等于1995年首次在河南腹瀉患兒便樣中檢出諾如病毒以來(lái),其他研究人員相繼在長(zhǎng)春、廣州、蘭州、太原等地先后開(kāi)展了對(duì)杯狀病毒的流行病學(xué)調(diào)查,結(jié)果表明杯狀病毒感染在我國(guó)普遍存在,但是對(duì)于五歲以下腹瀉住院兒童杯狀病毒感染的分子流行特征尚缺乏系統(tǒng)研究。因此,系統(tǒng)開(kāi)展杯狀病毒分子流行病學(xué)研究,了解杯狀病毒在我國(guó)的流行規(guī)律、流行毒株特征,對(duì)我國(guó)病毒性腹瀉的預(yù)防控制工作具有重要意義。 目的 掌握我國(guó)甘肅地區(qū)杯狀病毒的分子流行病學(xué)特點(diǎn)和病毒進(jìn)化規(guī)律,為杯狀病毒引起的病毒性腹瀉防治提供科學(xué)依據(jù)。 方法 1.2007年10月至2008年9月,從甘肅省5個(gè)地區(qū)(蘭州、白銀、民勤、慶城和甘谷)收集2118份5歲以下腹瀉住院嬰幼兒糞便標(biāo)本,采用多重RT-PCR方法檢測(cè)杯狀病毒,采用基因測(cè)序、系統(tǒng)進(jìn)化和統(tǒng)計(jì)學(xué)方法分析杯狀病毒的分子流行特點(diǎn)。 2.通過(guò)PCR擴(kuò)增杯狀病毒RNA聚合酶區(qū)到3’末端的長(zhǎng)片段(約3kb,包括ORF1聚合酶區(qū)、ORF2和ORF3),分析2004年至2008年間甘肅省杯狀病毒基因的多樣性,對(duì)可疑重組株進(jìn)行系統(tǒng)進(jìn)化分析和Simplot分析。 結(jié)果 1.2007年10月至2008年9月,甘肅省2118份腹瀉樣本中有131份為杯狀病毒陽(yáng)性,檢出率為6.19%。其中諾如病毒檢出率為4.86%(103/2118),札如病毒檢出率為1.32%(28/2118)。12～17月齡腹瀉兒童杯狀病毒檢出率最高(7.73%),其次是6～11月齡腹瀉兒童(7.08%)和18～23月齡腹瀉兒童(7.07%),24～59月齡組檢出率最低(3.31%)。甘肅省5歲以下腹瀉住院兒童杯狀病毒感染全年均有發(fā)生,分別在2007年10月～2008年1月間,2008年6月～8月呈現(xiàn)出感染高峰。甘肅地區(qū)城市患兒檢出率為5.66%,農(nóng)村患兒檢出率為6.72%。本研究獲得諾如病毒毒株104株,9種基因型別。GⅠ-1基因型占3.85%(4/104),GⅠ-2基因型占9.62%(10/104),GⅠ-4基因型占0.96%(1/104),GⅠ-5基因型占3.85%(4/104)；GⅡ-3基因型占21.15%(22/104),GⅡ-4變異株2006b占52.88%(55/104),GⅡ-7基因型占4.81%(5/104),GⅡ-13基因型占0.96%(1/104),GⅡ-16基因型占1.92%(2/104)。共獲得札如病毒毒株28株,5種基因型別。GⅠ-1基因型占32.14%(11/28),GⅠ-3基因型占3.57%(1/28),GⅠ-6基因型占3.75%(1/28)；GⅡ-1基因型占53.57%(15/28)；GⅣ基因型占7.14%(2/28)。 2.對(duì)2004年至2008年甘肅省杯狀病毒3kb序列分別進(jìn)行聚合酶區(qū)和衣殼蛋白區(qū)進(jìn)行系統(tǒng)進(jìn)化分析表明,在102株諾如病毒陽(yáng)性毒株中,71株毒株在兩個(gè)區(qū)域分型結(jié)果一致,64株為GⅡ-4/2006b變異株,3株為GⅡ-4/Sakai株,3株為GⅡ-3基因型,1株為GⅠ-3基因型；發(fā)現(xiàn)29株諾如病毒在聚合酶區(qū)和衣殼蛋白區(qū)型別不一致,為可疑重組株,25株屬于Sakai/GⅡ-3(聚合酶／衣殼蛋白)重組株,2株屬于GⅡ-3/GⅡ-17型,1株屬于GⅡb/GⅡ-13型和1株屬于GⅡ-5/GⅡ-16型。2株只獲得了聚合酶序列,型別分別為GⅡ-4/2006b株和GⅠ-2型。在25株札如病毒陽(yáng)性毒株中,23株在聚合酶區(qū)和衣殼蛋白區(qū)分型結(jié)果一致,5株為GⅠ-1基因型,1株為GⅠ-6基因型,15株為GⅡ-1基因型,1株GⅡ-4基因型,1株為可能的新型別。2株在兩區(qū)域型別不一致,為疑似重組株,包括1株GⅠ-1/GⅠ-4重組株和1株GⅡ/GⅣ組間重組株。利用Simplot重組分析軟件對(duì)杯狀病毒可能的重組株進(jìn)一步分析分析,由于一些重組類型假定母本株缺少完整的核酸序列信息,我們只對(duì)諾如病毒Sakai/GⅡ-3重組株(代表株為43266/Lanzhou/2005株)和札如病毒GⅡ/GⅣ重組株(342074株)進(jìn)行分析。根據(jù)分析結(jié)果,43266株在聚合酶區(qū)與sakai株同源性最高,在聚合酶區(qū)后,與sakai株核苷酸相似性突然降低,與Mexico株的同源性最高,重組的可能區(qū)域在729bp左右,正好與諾如病毒ORF1/ORF2重疊區(qū)對(duì)應(yīng),證實(shí)了重組的存在。利用同樣的方法分析可能重組的札如病毒342074株(342074/Qingcheng/2008),342074株在聚合酶區(qū)后核苷酸相似性突然減低,342074株在聚合酶區(qū)與GⅡ型參考株的核苷酸相似性為74.0-77.6%,在衣殼蛋白區(qū)與GⅡ型參考株的核昔酸相似性只有54.0-55.2%,聚合酶區(qū)與衣殼蛋白區(qū)核苷酸相似性的差異超過(guò)20%,提示342074株極有可能發(fā)生了重組。 結(jié)論 1.杯狀病毒是甘肅地區(qū)5歲以下住院兒童腹瀉的一個(gè)重要病原,諾如病毒檢出率高于札如病毒。主要感染2歲以內(nèi)兒童,冬季和夏季為感染高峰。杯狀病毒檢出率具有地區(qū)差異。 2.我國(guó)甘肅地區(qū)5歲以下住院兒童杯狀病毒呈現(xiàn)遺傳多樣性特征,諾如病毒在甘肅地區(qū)存在包括GⅠ-1、GⅠ-2、GⅡ-3、GⅡ-4等9個(gè)基因型,GⅡ-4/2006b也是我國(guó)甘肅地區(qū)的流行優(yōu)勢(shì)株；札如病毒包括GⅠ-1、GⅠ-3、GⅠ-6、GⅡ-1、和GⅣ共5個(gè)型別,GⅡ-1基因型是流行優(yōu)勢(shì)株。 3.通過(guò)對(duì)甘肅地區(qū)2004年～2008年間杯狀病毒基因多樣性分析,確定了變異株2006b已取代Sakai株成為甘肅地區(qū)諾如病毒流行優(yōu)勢(shì)株,重組株Sakai/GⅡ-3次之,并發(fā)現(xiàn)國(guó)內(nèi)未見(jiàn)報(bào)道的重組株GⅡ-3/GⅡ-17和GⅡ-5/GⅡ-16。 4.本研究發(fā)現(xiàn)了1株札如病毒為遺傳組間重組類型,另1株毒株可能為全新的基因型。
[Abstract]:Background



Human Caliciviruses ( HuCV ) , which is the main cause of the outbreak of non - bacterial acute gastroenteritis , is the main cause of the outbreak of non - bacterial acute gastroenteritis .



Purpose



In order to provide scientific basis for the prevention and treatment of viral diarrhea caused by cup - like virus , the molecular epidemiology and virus evolution of the calicivirus in Gansu are mastered .



method



1 . From October 2007 to September 2008 , 2118 hospitalized infant and infant fecal specimens were collected from 5 districts of Gansu Province ( Lanzhou , Baiyin , Minqin , Qingcheng and Glands ) . Using multiplex RT - PCR to detect the cup - like virus , the molecular epidemic characteristics of the cup - like virus were analyzed by gene sequencing , systematic evolution and statistical method .



2 . The diversity of calicivirus genes in Gansu Province from 2004 to 2008 was analyzed by PCR amplification of long fragments ( about 3 kb , including ORF1 polymerase region , ORF 2 and ORF3 ) from the RNA polymerase region to the 3 ' end of the calicivirus RNA polymerase region , and the system evolution analysis and Simplot analysis of suspected recombinant strains were analyzed .



Results



1 . In October 2007 to September 2008 , 131 of 2118 diarrhea samples in Gansu Province were calicivirus positive , the detection rate was 6.19 % . Among them , the positive rate was 4.86 % ( 103 / 2118 ) .
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本文編號(hào)：1810006